mia-2dmyomilles - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mia-2dmyomilles - Voer een registratie uit van een reeks 2D-afbeeldingen.

KORTE INHOUD

mia-2dmyomilles -i -o [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

mia-2dmyomilles Dit programma wordt gebruikt om een ​​aangepaste versie van de ICA-gebaseerde versie uit te voeren
registratiebenadering beschreven in Milles et al. 'Volledig geautomatiseerde bewegingscorrectie in
First-Pass Myocardial Perfusion MR Image Sequences', Trans. Med. In beeld brengen., 27(11)
1611-1621, 2008. Veranderingen omvatten de extractie van de quasi-periodieke beweging in vrije
op ademhalen verkregen datasets en de mogelijkheid om in plaats daarvan affiene of rigide registratie uit te voeren
alleen van de optimalisatie van vertalingen.

OPTIES

Bestand-IO
-i --in-file=(invoer, vereist); snaar
invoer perfusie dataset

-o --out-file=(uitvoer, vereist); snaar
output perfusie dataset

-r --geregistreerd=
bestandsnaambasis voor geregistreerde bestanden

--save-referenties=
sla synthetische referentieafbeeldingen op in deze bestandsbasis

--opslaan-bijgesneden=
sla de bijgesneden afbeeldingsset op in dit bestand

--save-functie=
sla de functieafbeeldingen op die resulteren uit de ICA en enkele tussenliggende afbeeldingen
gebruikt voor de RV-LV-segmentatie met de opgegeven bestandsnaam als basis voor PNG-bestanden.
Sla ook de coëfficiënten op van de aanvankelijke beste en de uiteindelijke IC-menging
Matrix.

Help & Info
-V --verbose=waarschuwing
uitgebreide output, print berichten van een bepaald niveau en hogere prioriteiten.
Ondersteunde prioriteiten vanaf het laagste niveau zijn:
info ‐ Berichten op laag niveau
opsporen ‐ Functie-aanroep traceren
mislukken ‐ Rapporteer testfouten
waarschuwing ‐ Waarschuwingen
fout ‐ Meld fouten
debug ‐ Uitvoer debuggen
Bericht ‐ Normale berichten
fataal ‐ Rapporteer alleen fatale fouten

--auteursrechten
copyrightinformatie afdrukken

-h-help
print deze hulp

-? --gebruik
een korte help afdrukken

--versie
print het versienummer en sluit af

ICA
-C --componenten=0
ICA-componenten 0 = automatische schatting ICA-componenten 0 = automatisch
schatting

--normaliseren
genormaliseerde IC's

--geen-gemiddeldestrip
haal het gemiddelde niet uit de mengcurven

-g --raad eens
gebruik de initiële schatting voor myocardiale perfusie

-s --segschaal=1.4
segmenteer en schaal het bijsnijdvak rond het LV (0=geen segmentatie)segment en
schaal het bijsnijdvak rond de LV (0=geen segmentatie)

-k --overslaan=0
sla afbeeldingen aan het begin van de serie over, net zoals bij andere
modaliteiten sla afbeeldingen aan het begin van de serie over zoals bij andere
modaliteiten

-m --max-ica-iter=400
maximum aantal iteraties in ICAmaximaal aantal iteraties in ICA

-E --segmethode=functies
Segmentatie methode:
delta-piek ‐ verschil van de piekverbeteringsbeelden
functionaliteiten ‐ functie afbeeldingen
delta-functie ‐ verschil van de functie-afbeeldingen

In behandeling
--draden=-1
Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking. Dit aantal moet lager zijn
of gelijk aan het aantal logische processorcores in de machine. (-1:
automatische schatting). Maximaal aantal te gebruiken threads voor verwerking, This
getal moet lager zijn dan of gelijk zijn aan het aantal logische processorkernen in
de machine. (-1: automatische schatting).

Registratie
-c --kosten=ssd
registratiecriterium

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,stap=1.0
Optimizer gebruikt voor minimalisatieOptimizer gebruikt voor minimalisatie For
ondersteunde plug-ins zie PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=stijf
transformatietypetransformatietype Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS:2dimage/transformatie

-l --mg-niveaus=3
niveaus met meerdere resolutiesniveaus met meerdere resoluties

-R --referentie=-1
Globale referentie waarop alle afbeeldingen moeten worden uitgelijnd. Indien ingesteld op niet-negatief
waarde, de afbeeldingen worden uitgelijnd met deze referenties en de bijgesneden uitvoer
de afbeeldingsdatum wordt in de originele afbeeldingen geïnjecteerd. Verlaat op -1 als je
maakt niet uit. In dit geval worden alle beelden geregistreerd op een gemiddelde positie van
de bewegingGlobal-referentie waarop alle afbeeldingen moeten worden uitgelijnd. Indien ingesteld op a
niet-negatieve waarde, de afbeeldingen worden uitgelijnd met deze referenties, en de
de datum van de bijgesneden uitvoerafbeelding wordt in de originele afbeeldingen geïnjecteerd. Vertrekken
op -1 als het je niet uitmaakt. In dit geval worden alle afbeeldingen geregistreerd onder a
gemiddelde positie van de beweging

-P --passen=2
registratiepassenregistratiepassen

PLUG-INS: 1d/splinebc

spiegel Spline interpolatie randvoorwaarden die spiegelen op de grens

(geen parameters)

herhaling Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die de waarde bij de grens herhalen

(geen parameters)

nul Randvoorwaarden voor spline-interpolatie die nul aanneemt voor waarden buiten

(geen parameters)

PLUG-INS: 1d/splinekernel

bsplijn B-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [0, 5]
Spline graad.

omoms OMoms-spline kernel creatie, ondersteunde parameters zijn:

d = 3; int in [3, 3]
Spline graad.

PLUG-INS: 2D-afbeelding/transformatie

affiniteit Affiene transformatie (zes vrijheidsgraden). De ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

stijf Starre transformaties (dwz rotatie en translatie, drie graden van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

omwenteling Rotatietransformaties (dat wil zeggen rotatie rond een bepaald centrum, één graad van
vrijheid). Ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

rot-centrum = [[0,0]]; 2dfvector
Relatief rotatiecentrum, dwz <0.5,0.5> komt overeen met het midden van de
ondersteuning rechthoek.

spline Vrijevormtransformatie die kan worden beschreven door een set B-spline-coëfficiënten
en een onderliggende B-spline-kernel., ondersteunde parameters zijn:

anisoraat = [[0,0]]; 2dfvector
anisotrope coëfficiënt in pixels, niet-positieve waarden zijn
overschreven door de 'rate' waarde..

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

pit = [bspline:d=3]; fabriek
transformation spline kernel.. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

boete = ; fabriek
Transformatiestraftermijn. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 2dtransform/splinepenalty

tarief = 10; zweven in [1, inf)
isotrope coëfficiënt in pixels.

vertalen Alleen vertaling (twee vrijheidsgraden), ondersteunde parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

vf Deze plug-in implementeert een transformatie die een vertaling definieert voor elke
punt van het raster dat het domein van de transformatie definieert., ondersteund
parameters zijn:

grensoverschrijdend = spiegel; fabriek
randvoorwaarden voor beeldinterpolatie. Voor ondersteunde plug-ins zie
PLUGINS: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabriek
beeld interpolator kernel. Zie voor ondersteunde plug-ins
PLUGINS: 1d/splinekernel

PLUG-INS: 2dtransformatie/splinestraf

divkrul divcurl penalty op de transformatie, ondersteunde parameters zijn:

krullen = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op curl.

div = 1; zweven in [0, inf)
strafgewicht op divergentie.

norm = 0; boel
Stel in op 1 als de straf moet worden genormaliseerd met betrekking tot de afbeelding
grootte.

gewicht = 1; drijven in (0, inf)
gewicht van strafenergie.

PLUG-INS: minimalizer/enkele kosten

gda's Gradiëntafdaling met automatische stapgroottecorrectie. Ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

max-stap = 2; verdubbelen (0, inf)
Maximale absolute stapgrootte.

maxer = 200; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

min-stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Minimale absolute stapgrootte.

xtola = 0.01; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de wijziging toegepast op x lager is dan deze waarde.

gdsq Gradiëntafdaling met kwadratische stapschatting, ondersteunde parameters zijn:

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de relatieve verandering van het criterium lager is dan..

gtol = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van de helling onder deze waarde ligt.

maxer = 100; uint in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

schaal = 2; verdubbelen (1, inf)
Fallback vaste stapgrootte schaling.

stap = 0.1; verdubbelen (0, inf)
Eerste stapgrootte.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stop als de inf-norm van x-update onder deze waarde ligt.

gsl optimalisatie-plug-in gebaseerd op de multimin-optimizers van de GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, ondersteunde parameters zijn:

eps = 0.01; verdubbelen (0, inf)
op gradiënt gebaseerde optimalisatieprogramma's: stop wanneer |grad| < eps, simplex: stop wanneer
enkelzijdig formaat < eps..

iter = 100; uint in [1, inf)
maximaal aantal iteraties.

opteren = gd; dictaat
Specifieke te gebruiken optimizer.. Ondersteunde waarden zijn:
vriendjes - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (meest efficiënte versie)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves geconjugeerd gradiëntalgoritme
gd ‐ Hellingsdaling.
simplex ‐ Simplex-algoritme van Nelder en Mead
cg-pr ‐ Polak-Ribière geconjugeerd gradiëntalgoritme

stap = 0.001; verdubbelen (0, inf)
initiële stapgrootte.

tol = 0.1; verdubbelen (0, inf)
een tolerantieparameter.

nlopt Minimizer-algoritmen met behulp van de NLOPT-bibliotheek, voor een beschrijving van de
Optimizers zie 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', ondersteunde parameters zijn:

ftola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

ftolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van de objectieve waarde is hieronder
deze waarde.

hoger = inf; dubbele
Hogere grens (gelijk voor alle parameters).

lokaal-opt = geen; dictaat
lokaal minimalisatie-algoritme dat mogelijk vereist is voor de hoofd
minimalisatie-algoritme.. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
geen ‐ specificeer geen algoritme
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten

te verlagen = -inf; dubbele
Ondergrens (gelijk voor alle parameters).

maxer = 100; int in [1, inf)
Stopcriterium: het maximale aantal iteraties.

opteren = ld-lbfgs; dictaat
belangrijkste minimalisatie-algoritme. Ondersteunde waarden zijn:
gn-oorspronkelijke-direct-l ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie,
lokaal bevooroordeeld)
g-mlsl-lds ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (volgorde met lage discrepantie,
lokale gradiëntgebaseerde optimalisatie en grenzen vereisen)
gn-direct-l-noscal ‐ Rechthoeken verdelen (niet geschaald, lokaal bevooroordeeld)
gn-isres ‐ Verbeterde strategie voor stochastische rangorde-evolutie
ld-tnewton ‐ Afgeknotte Newton
gn-direct-l-rand ‐ Rechthoeken verdelen (lokaal bevooroordeeld, gerandomiseerd)
In-newuoa ‐ Derivatenvrije onbeperkte optimalisatie door iteratief
Geconstrueerde kwadratische benadering
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald, lokaal)
bevooroordeeld, willekeurig)
gn-origineel-direct ‐ Dividing Rectangles (oorspronkelijke implementatie)
ld-tnewton-voorwaarde ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton
ld-tnewton-herstart ‐ Afgekapte Newton met herstart van de steilste afdaling
gn-direct ‐ Rechthoeken verdelen
auglag-eq ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme met gelijkheidsbeperkingen
Slechts
ln-eldermead ‐ Nelder-Mead simplex-algoritme
In-cobyla ‐ Beperkte optimalisatie DOOR lineaire benadering
gn-crs2-lm ‐ Gecontroleerd willekeurig zoeken met lokale mutatie
ld-var2 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 2
ld-var1 ‐ Verschuiving van variabele metrische gegevens met beperkt geheugen, rang 1
ld-mma ‐ Methode voor het verplaatsen van asymptoten
ld-lbfgs-nocedaal - Geen
g-mlsl ‐ Single-Linkage op meerdere niveaus (lokale optimalisatie vereist en
grenzen)
ld-lbfgs ‐ BFGS met weinig opslagruimte
gn-direct-l ‐ Rechthoeken delen (lokaal bevooroordeeld)
In-bobyqa ‐ Afgeleide-vrije Bound-constrained Optimization
ln-sbplx ‐ Subplex-variant van Nelder-Mead
ln-newuoa-gebonden ‐ Derivatenvrij Bound-constrained Optimalisatie door
Iteratief geconstrueerde kwadratische benadering
auglag ‐ Augmented Lagrangiaanse algoritme
In-praxis ‐ Gradiëntvrije lokale optimalisatie via de hoofdas
Methode
gn-direct-noscaal ‐ Rechthoeken delen (niet geschaald)
ld-tnewton-precond-herstart ‐ Voorgeconditioneerde afgeknotte Newton met
steilste afdaling opnieuw starten
ld-slsqp ‐ Sequentiële kleinste-kwadraten kwadratische programmering

stap = 0; verdubbelen in [0, inf)
Initiële stapgrootte voor gradiëntvrije methoden.

stoppen = -inf; dubbele
Stopcriterium: functiewaarde valt onder deze waarde.

xtola = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de absolute verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

xtolr = 0; verdubbelen in [0, inf)
Stopcriterium: de relatieve verandering van alle x-waarden ligt daaronder
waarde.

VOORBEELD

Registreer de perfusiereeks gegeven in 'segment.set' met behulp van automatische ICA-schatting.
Sla aan het begin twee afbeeldingen over en gebruik anders de standaardparameters. Bewaar de
resulteren in 'geregistreerd.set'.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o geregistreerd.set -k 2

AUTEUR(s)

Gert Wolny

COPYRIGHT

Op deze software rust copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Duitsland en Madrid, Spanje. Het komt
met ABSOLUUT GEEN GARANTIE en u mag het herdistribueren onder de voorwaarden van de GNU
ALGEMENE PUBLIEKE LICENTIE Versie 3 (of later). Voer voor meer informatie het programma uit met de
optie '--copyright'.

Gebruik mia-2dmyomilles online met behulp van onworks.net-services