mipe2dbSTS - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

mipe2dbSTS.pl - Genereert invoerbestand voor verzending naar dbSTS
opgenomen in uitvoer: STS-sectie van dbSTS-indiening
gebaseerd op MIPE-versie v1.1
argumenten: * mipe_file
* configuratiebestand
* (optioneel) lijst met PCR-ID's

Het configuratiebestand bestaat uit regels met een sleutel en een waarde, gescheiden door een gelijkteken ('=').
De sleutel bestaat uit de naam in kleine letters van het NCBI-indieningsbestand (zie website dbSTS), gevolgd door
een onderstrepingsteken en de naam in kleine letters van het veld in dat bestand.
De volgende velden moeten worden gedefinieerd in het configuratiebestand:
pub_titel=
pub_auteurs=
bronnaam=
bron_organisme=
vervolgnaam=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_adr=
protocolnaam=
protocol_protocol=
buffernaam=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Voor protocol_protocol, buffer_buffer en sts_pcr_profile zijn meer regels nodig (zie voorbeeld).

Een voorbeeld van een configuratiebestand ziet er als volgt uit:
pub_title=Genetische toewijzing van kippen-SNP's
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name=Genomisch DNA van kippen
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[e-mail beveiligd]
cont_lab=Dierenfokkerij en Genomics Groep
cont_inst=Wageningen Universiteit
cont_addr=Postbus 338, 6700 AH Wageningen, Nederland
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=Sjabloon: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: elke 4 uM
protocol_protocol=dNTP's: elke 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 eenheden
protocol_protocol=Volume: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8

Gebruik mipe2dbSTS online met onworks.net-services