EngelsFransDuitsItaliaansPortugeesRussianSpaans

OnWorks-favicon

mipe2dbSTS - Online in de cloud

Voer mipe2dbSTS uit in OnWorks gratis hostingprovider via Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

Dit is de opdracht mipe2dbSTS die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator

PROGRAMMA:

NAAM


mipe2dbSTS.pl - Genereert invoerbestand voor verzending naar dbSTS
opgenomen in uitvoer: STS-sectie van dbSTS-indiening
gebaseerd op MIPE-versie v1.1
argumenten: * mipe_file
* configuratiebestand
* (optioneel) lijst met PCR-ID's

Het configuratiebestand bestaat uit regels met een sleutel en een waarde, gescheiden door een gelijkteken ('=').
De sleutel bestaat uit de naam in kleine letters van het NCBI-indieningsbestand (zie website dbSTS), gevolgd door
een onderstrepingsteken en de naam in kleine letters van het veld in dat bestand.
De volgende velden moeten worden gedefinieerd in het configuratiebestand:
pub_title=
pub_authors=
source_name=
source_organism=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Voor protocol_protocol, buffer_buffer en sts_pcr_profile zijn meer regels nodig (zie voorbeeld).

Een voorbeeld van een configuratiebestand ziet er als volgt uit:
pub_title=Genetische toewijzing van kippen-SNP's
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name=Genomisch DNA van kippen
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=Dierenfokkerij en Genomics Groep
cont_inst=Wageningen Universiteit
cont_addr=Postbus 338, 6700 AH Wageningen, Nederland
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=Sjabloon: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: elke 4 uM
protocol_protocol=dNTP's: elke 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 eenheden
protocol_protocol=Volume: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8

Gebruik mipe2dbSTS online met onworks.net-services


Ad


Ad

Nieuwste Linux & Windows online programma's