Dit is de opdrachtprimerse die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
primers - Eenvoudige versie van primer3 om PCR-primers te kiezen
KORTE INHOUD
primers -volgorde vervolg [-doelregio reeks] [-klein geheel getal] [-maximaal formaat geheel getal]
[-maxdifftm drijven] [-leg vlag uit boolean] [-getalretour geheel getal] -uitbestand uitbestand
primers -Help
PRODUCTBESCHRIJVING
primers is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Softwaresuite"). Het maakt deel uit van de commandogroep(en) "Nucleic:Primers".
OPTIES
Invoer sectie
-volgorde vervolg
De volgorde waaruit primers moeten worden gekozen. De reeks moet worden gepresenteerd 5' -> 3'
Extra sectie
-doelregio reeks
Als er een of meer doelwitten zijn opgegeven, moet er ten minste één worden geflankeerd door een legaal primerpaar
van hen. Een doel kan een eenvoudige sequentieherhalingssite zijn (bijvoorbeeld een CA-herhaling) of
een polymorfisme met één basenpaar. De waarde moet een door spaties gescheiden lijst zijn van
, paren waar is de index van de eerste basis van een doel, en
is de laatste Bijv. 50,51 vereist primers om de 2 basen op positie 50 te omringen
en 51.
-klein geheel getal
Minimaal aanvaardbare lengte van een primer. Moet groter zijn dan 0 en kleiner dan of gelijk aan
naar MAX-SIZE. Standaardwaarde: 18
-maximaal formaat geheel getal
Maximaal aanvaardbare lengte (in basen) van een primer. Momenteel kan deze parameter niet zijn
groter dan 35. Deze limiet wordt bepaald door de maximale oligogrootte waarvoor Primer3's
smelttemperatuur is geldig. Standaardwaarde: 27
-maxdifftm drijven
Maximaal acceptabel (niet-ondertekend) verschil tussen de smelttemperaturen van de
voorwaartse en achterwaartse primers. Standaardwaarde: 100.0
uitgang sectie
-leg vlag uit boolean
Als deze vlag niet-0 is, produceer dan LINKS-LEG UIT en RECHTS-LEG UIT, uitvoer, die zijn
bedoeld om informatie te geven over het aantal primerparen dat Primer3 heeft onderzocht,
en statistieken over het aantal dat om verschillende redenen is weggegooid. Standaardwaarde: N
-getalretour geheel getal
Het maximale aantal primerparen dat moet worden geretourneerd. Teruggegeven primerparen worden gesorteerd op
hun 'kwaliteit', met andere woorden door de waarde van de objectieve functie (waarbij een lagere
nummer geeft een beter primerpaar aan). Let op: stel deze parameter in op een grote
waarde zal de looptijd verlengen. Standaardwaarde: 5
-uitbestand uitbestand
Gebruik primerse online met behulp van onworks.net-services
