sfetch - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

sfetch - haal een reeks uit een flatfile-database.

KORTE INHOUD

halen [Opties] volgnaam

PRODUCTBESCHRIJVING

halen haalt de reeks op met de naam volgnaam uit een sequentiedatabase.

Welke database wordt gebruikt, wordt gecontroleerd door de -d en -D opties, of "kleine databases" en
"grote databanken". De directorylocatie van "grote databases" kan worden gespecificeerd door:
omgevingsvariabelen, zoals $SWDIR voor Swissprot en $GBDIR voor Genbank (zie -D voor
complete lijst). Voor "kleine databases" moet een volledig bestandspad worden opgegeven. Door
standaard, als geen van beide opties is opgegeven en de naam eruitziet als een Swissprot-ID
(het heeft bijvoorbeeld een _ teken), wordt de omgevingsvariabele $SWDIR gebruikt om te proberen
de volgorde ophalen volgnaam van Swissprot.

Er is een verscheidenheid aan andere opties beschikbaar waarmee subreeksen kunnen worden opgehaald (-f,-t);
opvragen op toegangsnummer in plaats van op naam (-a); de geëxtraheerde reeks opnieuw formatteren
in verschillende andere formaten (-F); enzovoort.

Als de database SSI-geïndexeerd is, zal het ophalen van sequenties uiterst efficiënt zijn;
anders kan het ophalen pijnlijk traag zijn (mogelijk moet de hele database in het geheugen worden ingelezen)
vinden volgnaam). SSI-indexering wordt aanbevolen voor alle grote of permanente databases. De
programma index maakt SSI-indexen voor elk sequentiebestand.

halen heette oorspronkelijk krijgtseq, en werd hernoemd omdat het botste met een GCG-programma
van dezelfde naam.

OPTIES

-a Interpreteren volgnaam als toegangsnummer, niet als identificatienummer.

-d
Haal de reeks op uit een reeksbestand met de naam . Als een GSI-index
.gsi bestaat, wordt het gebruikt om het ophalen te versnellen.

-f
Extraheer een deelvolgorde vanaf positie , in plaats van van 1. Zie -T.
If groter dan (zoals gespecificeerd door de -t optie), dan de reeks
wordt geëxtraheerd als zijn omgekeerde complement (aangenomen wordt dat het een nucleïnezuursequentie is).

-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.

-o
Stuur de uitvoer naar een bestand met de naam . Standaard gaat de uitvoer naar
stevig.

-r
Hernoem de reeks in de uitvoer na extractie. Standaard is de
oorspronkelijke sequentie-identificatie zou behouden blijven. Handig, bijvoorbeeld bij het ophalen
een sequentiefragment; de coördinaten van het fragment kunnen aan de naam worden toegevoegd
(dit is wat Pfam doet).

-t
Extraheer een deelvolgorde die eindigt op positie , in plaats van aan het einde van de
volgorde. Zien -F. If is minder dan (zoals gespecificeerd door de -f optie),
dan wordt de sequentie geëxtraheerd als zijn omgekeerde complement (aangenomen wordt dat
nucleïnezuursequentie)

-D
Haal de sequentie op uit de hoofdreeks database gecodeerd . Voor elk
code, er is an omgeving houden variabele die het directorypad daar naartoe specificeert
databank. Herkende codes en hun bijbehorende omgevingsvariabelen zijn: -Dsw
(Swissprot, $ SWDIR); -Dpir (PIR, $PIRDIR); -Dem (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); en - Dowl (UIL, $OWLDIR). Elke database wordt gelezen
in zijn oorspronkelijke flatfile-formaat.

-F
Formatteer de geëxtraheerde reeks opnieuw in een ander formaat. (Standaard is de volgorde
wordt uit de database geëxtraheerd in hetzelfde formaat als de database.) Beschikbaar
formaten zijn embleren, vast, genbank, gcg, sprinter, Zuker, ig, pir, inktvis, en rauw.

EXPERT OPTIES

--informeren
Specificeer dat het sequentiebestand de indeling heeft , in plaats van de standaard FASTA
formaat. Veelvoorkomende voorbeelden zijn Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
of PHYLIP; zie de gedrukte documentatie voor een volledige lijst van geaccepteerde formaten
namen. Deze optie overschrijft het standaardformaat (FASTA) en de -B Babelvis
autodetectie optie.

Sfetch online gebruiken met onworks.net-services