Dit is het commando TransDecoder.Predict dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
Transdecoder - Transcriptome eiwitvoorspelling
GEBRUIK
Vereist:
-T transcripties.fasta
Algemene opties:
--retain_long_orfs behouden alle gevonden ORF's die gelijk zijn aan of langer zijn dan deze vele nucleotiden, zelfs als er geen ander bewijs is
markeert het als codering (standaard: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /pad/naar/pfam_db.hmm om te zoeken
hmmscan gebruiken (die toegankelijk zou moeten zijn via uw PATH-instelling)
--retain_blastp_hits
geavanceerde opties
--trein FASTA-bestand met ORF's om Markov Mod te trainen voor eiwitidentificatie; anders
langste gebruikte niet-redundante ORF's
-T Indien geen --train, top langste ORF's om Markov Model te trainen (hexameerstatistieken) (standaard: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.VOORSPELLEN(1)
Gebruik TransDecoder.Predict online met behulp van onworks.net-services
