vcf_filter - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

vcf_filter - Filter een VCF-bestand

KORTE INHOUD

vcf_filter [-h] [--geen kortsluiting] [--niet-gefilterd] [--uitvoer OUTPUT] [--lokaal script
LOCAL_SCRIPT] invoerfilter [filter_args] [filter [filter_args]] ...

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit script maakt deel uit van PyVCF.

OPTIES

positie- argumenten:
invoerbestand om te verwerken (gebruik - voor STDIN) (standaard: Geen)

optioneel argumenten:
-h, --help
Toon dit helpbericht en sluit af. (standaard: Onwaar)

--geen kortsluiting
Stop de filterverwerking op een site niet als een filter wordt geactiveerd (standaard: False)

--uitvoer OUTPUT
Bestandsnaam voor uitvoer [STDOUT] (standaard: <_io.TextIOWrapper name=' 'modus='w'
encoding='ANSI_X3.4-1968'>)

--niet-gefilterd
Voer alleen sites uit die aan de filters voldoen (standaard: False)

--lokaal script LOCAL_SCRIPT
Python-bestand in de huidige werkmap met de filterklassen (standaard: Geen)

mgq:
Filtert sites met alleen varianten van lage kwaliteit. Het is mogelijk om een ​​hoge standplaats te hebben
kwaliteit met veel oproepen van lage kwaliteit. Dit filter vereist dat ten minste één oproep hierboven staat
een drempelkwaliteit.

--genotype-kwaliteit GENOTYPE_KWALITEIT
Filter sites zonder genotypen boven deze kwaliteit (standaard: 50)

alleen snp:
Kies alleen SNP-varianten

dps:
Drempelleesdiepte per monster

--diepte-per-monster DEPTH_PER_SAMPLE
Minimaal vereiste dekking in elk monster (standaard: 5)

gemiddelde dps:
Drempel gemiddelde leesdiepte per monster (read_ depth / sample_count)

--gem.diepte-per-sample AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Minimaal vereiste gemiddelde dekking per monster (standaard: 3)

eb:
Filter sites die lijken op gecorreleerde sequentiefouten. Een beetje sequencen
Technologieën, met name pyrosequencing, produceren mutatiehotspots waar sprake is van een
constant geluidsniveau, wat enige referentie en enkele heterozygote oproepen produceert. Dit
filter berekent een Bayes-factor voor elke locatie door de binominale waarschijnlijkheid te vergelijken
van de waargenomen allelische diepten onder: * Een model met een constante fout gelijk aan de
MAF. * Een model waarbij elk monster de ploïdie is die door de beller wordt gerapporteerd. De test
waarde is de log van de Bayes-factor. Hogere waarden zijn waarschijnlijker fouten.
Let op: dit filter vereist rpy2

--eblr EBLR
Filter sites boven deze oddsratio van het foutenlogboek (standaard: -10)

vierkante:
Filter sites van lage kwaliteit

--site-kwaliteit SITE_KWALITEIT
Filter sites onder deze kwaliteit (standaard: 30)

Gebruik vcf_filter online met behulp van onworks.net-services