xml2dcm - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

xml2dcm - Converteer XML-document naar DICOM-bestand of dataset

KORTE INHOUD

xml2dcm [opties] xmlbestand-in dcmbestand-uit

PRODUCTBESCHRIJVING

De xml2dcm hulpprogramma converteert de inhoud van een XML-document (Extensible Markup Language).
naar DICOM-bestand of dataset. Er wordt verwacht dat het XML-document valideert tegen de DTD
(Documenttypedefinitie) die wordt beschreven in het bestand dcm2xml.dtd. Een geschikt XML-bestand
kan worden gemaakt met behulp van de dcm2xml gereedschap (optie +Wb aanbevolen om binaire gegevens op te nemen).

PARAMETERS

xmlfile-in XML-invoerbestandsnaam die moet worden geconverteerd (stdin: "-")

dcmfile-out DICOM-uitvoer bestandsnaam

OPTIES

algemeen opties
-h-help
print deze helptekst en sluit af

--versie
versie-informatie afdrukken en afsluiten

--argumenten
druk uitgebreide opdrachtregelargumenten af

-q --stil
stille modus, print geen waarschuwingen en fouten

-v --uitgebreid
uitgebreide modus, afdrukverwerkingsdetails

-d --debuggen
foutopsporingsmodus, foutopsporingsinformatie afdrukken

-ll --log-niveau [l]evel: tekenreeksconstante
(fataal, fout, waarschuwen, info, debuggen, traceren)
gebruik niveau l voor de logger

-lc --log-config [f]bestandsnaam: string
gebruik configuratiebestand f voor de logger

invoer opties
invoer bestandsformaat:

+f --lees-meta-info
meta-informatie lezen indien aanwezig (standaard)

-f --negeer-meta-info
negeer de meta-informatie van bestanden

verwerking opties
geldigmaking:

+Vd --validate-document
valideer het XML-document tegen DTD

+Vn --check-naamruimte
controleer de XML-naamruimte in de hoofdmap van het document

unieke identificatiegegevens:

+Ug --genereer-nieuwe-uids
genereer een nieuwe Study/Series/SOP Instance UID

-Uo --overschrijf-uids niet
overschrijf bestaande UID's niet (standaard)

+Uo --overschrijf-uids
bestaande UID's overschrijven

uitgang opties
uitvoer bestandsformaat:

+F --schrijf-bestand
schrijf bestandsformaat (standaard)

-F --schrijf-dataset
schrijf dataset zonder bestandsmeta-informatie

+Fu --update-meta-info
update bepaalde bestandsmeta-informatie

syntaxis voor uitvoeroverdracht:

+t= --schrijf-xfer-zelfde
schrijf met dezelfde TS als invoer (standaard)

+te --write-xfer-klein
schrijf met expliciete VR little endian TS

+tb --write-xfer-big
schrijf met expliciete VR big endian TS

+ti --schrijf-xfer-impliciet
schrijf met impliciete VR little endian TS

+td --write-xfer-leeggelopen
schrijf met leeggelopen expliciete VR little endian TS

waarderepresentaties na 1993:

+u --enable-nieuwe-vr
ondersteuning voor nieuwe VR's inschakelen (UN/UT) (standaard)

-u --disable-nieuwe-vr
ondersteuning voor nieuwe VR's uitschakelen, converteren naar OB

groepslengte codering:

+g= --groepslengte-herberekenen
herbereken groepslengtes indien aanwezig (standaard)

+g --groep-lengte-maken
schrijf altijd met groepslengte-elementen

-g --groep-lengte-verwijderen
schrijf altijd zonder groepslengte-elementen

lengtecodering in reeksen en items:

+e --lengte-expliciet
schrijf met expliciete lengtes (standaard)

-e --lengte-undefined
schrijf met ongedefinieerde lengtes

dataset trailing padding (niet met --write-dataset):

-p= --padding-vasthouden
verander de opvulling niet (standaard indien niet --write-dataset)

-p --padding-off
geen opvulling (impliciet als --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]temp-pad: geheel getal
align bestand op veelvoud van f bytes en items op
veelvoud van i bytes

compressieniveau leeglopen (alleen met --write-xfer-deflated):

+cl --compressie-niveau [l]evel: geheel getal (standaard: 6)
0=ongecomprimeerd, 1=snelste, 9=beste compressie

OPMERKINGEN

De basisstructuur van de verwachte XML-invoer ziet er als volgt uit:



<bestandsformaat xmlns="http://dicom.offis.de/dcmtk">

<element tag = "0002,0000" vr = "UL" vm = "1" len = "4"
naam = "MetaElementGroupLength">
166

...
<element tag = "0002,0013" vr = "SH" vm = "1" len = "16"
naam = "ImplementatieVersieNaam">
OFFIS_DCMTK_353



<element tag = "0008,0005" vr = "CS" vm = "1" len = "10"
naam = "SpecifiekeKarakterSet">
ISO_IR 100

...


<element tag = "0028,3002" vr = "xs" vm = "3" len = "6"
naam = "LUTDescriptor">
256 \ 0 \ 8

...

...

...
<element tag="7fe0,0010" vr="OW" vm="1" len="262144"
naam = "PixelData" geladen = "geen" binary = "verborgen">




De tags 'file-format' en 'meta-header' ontbreken mogelijk voor DICOM-datasets.

Karakter codering
De DICOM-tekencodering wordt automatisch bepaald op basis van het element met tag
'0008,0005' (specifieke tekenset) - indien aanwezig. De volgende tekensets zijn
momenteel ondersteund (vereist libxml opnemen iconv steun, zie --versie uitgang):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latijn 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latijn 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latijn 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latijn 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latijn 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cyrillisch "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Arabisch "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Grieks "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hebreeuws "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Meerdere tekensets worden niet ondersteund (alleen de eerste waarde van 'Specifiek teken
Set' wordt gebruikt voor de tekencodering in geval van waardemultipliciteit).

Bekijk dcm2xml documentatie voor meer details over de XML-structuur.

binair Data
Binaire gegevens kunnen worden gecodeerd als een reeks hexadecimale getallen, gescheiden door een backslash
'\' of in Base64-formaat (binair='base64'). Daarnaast kunnen er ook binaire gegevens uitgelezen worden
bestand (binair='bestand'). In dit geval moet de bestandsnaam worden opgegeven als de elementwaarde,
bv

submap/pixeldata.raw

Houd er rekening mee dat de inhoud van het bestand wordt gelezen zoals het is. De verwachting is dat OW-gegevens dat wel zullen zijn
little endian besteld en wordt indien nodig geruild. Er zullen geen controles worden uitgevoerd om dit te garanderen
dat de hoeveelheid gegevens redelijk is in termen van andere attributen zoals Rijen of
Kolommen.

Samendrukking
Als libxml is gecompileerd met zlib-ondersteuning, wordt het invoerbestand (xmlbestand-in) kan ook zijn
gecomprimeerd met ZIP, wat meestal resulteert in veel kleinere bestanden. Zie uitvoer van optie
--versie om te controleren of zlib-ondersteuning beschikbaar is.

Beperkingen
Verschillende versies van libxml kunnen verschillende limieten hebben voor de maximale lengte van een XML
elementwaarde. Daarom moet het gebruik van zeer lange elementwaarden (bijv. for
pixelgegevens).

Let op: xml2dcm ondersteunt momenteel DICOMDIR-bestanden niet volledig. Concreet,
de waarde van de verschillende offsetgegevenselementen wordt door deze tool niet automatisch bijgewerkt.

LOGGEN

Het niveau van de logboekuitvoer van de verschillende opdrachtregelprogramma's en onderliggende bibliotheken kan
door de gebruiker worden opgegeven. Standaard worden alleen fouten en waarschuwingen naar de standaard geschreven
foutstroom. Optie gebruiken: --uitgebreid ook informatieve berichten zoals verwerkingsdetails
zijn gerapporteerd. Optie --debuggen kan worden gebruikt om meer details te krijgen over de interne activiteit,
bijvoorbeeld voor foutopsporingsdoeleinden. Andere logniveaus kunnen worden geselecteerd met optie --loggen-
niveau. in --stil modus worden alleen fatale fouten gerapporteerd. In zulke zeer ernstige foutgebeurtenissen,
de toepassing wordt meestal beëindigd. Voor meer details over de verschillende logniveaus,
zie documentatie van module 'oflog'.

In het geval dat de logoutput naar een bestand moet worden geschreven (optioneel met logfile-rotatie),
naar syslog (Unix) of de gebeurtenislogboek (Windows) optie --log-config kan worden gebruikt. Dit
configuratiebestand maakt het ook mogelijk om alleen bepaalde berichten naar een bepaalde uitvoer te leiden
stream en voor het filteren van bepaalde berichten op basis van de module of applicatie waar ze
worden gegenereerd. Een voorbeeldconfiguratiebestand vindt u in /logger.cfg.

COMMAND LINE

Alle opdrachtregelprogramma's gebruiken de volgende notatie voor parameters: vierkante haken omsluiten
optionele waarden (0-1), drie volgpunten geven aan dat meerdere waarden zijn toegestaan
(1-n), een combinatie van beide betekent 0 tot n waarden.

Opdrachtregelopties worden onderscheiden van parameters door een voorlopend '+'- of '-'-teken,
respectievelijk. Gewoonlijk zijn de volgorde en positie van de opdrachtregelopties willekeurig
kan overal verschijnen). Als opties elkaar echter uitsluiten, is de meest rechtse verschijning
is gebruikt. Dit gedrag komt overeen met de standaard evaluatieregels van gewone Unix-shells.

Bovendien kunnen een of meer opdrachtbestanden worden opgegeven met een '@'-teken als voorvoegsel voor
de bestandsnaam (bijv @commando.txt). Zo'n commandoargument wordt vervangen door de inhoud van
het corresponderende tekstbestand (meerdere spaties worden behandeld als een enkel scheidingsteken tenzij
ze verschijnen tussen twee aanhalingstekens) voorafgaand aan elke verdere evaluatie. Houd er rekening mee dat:
een commandobestand kan geen ander commandobestand bevatten. Deze eenvoudige maar effectieve aanpak
maakt het mogelijk om veelvoorkomende combinaties van opties/parameters samen te vatten en vermijdt langdradig en
verwarrende opdrachtregels (een voorbeeld wordt gegeven in bestand /dumppat.txt).

MILIEU

De xml2dcm hulpprogramma zal proberen om DICOM-gegevenswoordenboeken te laden die zijn gespecificeerd in de
DCMDICTPAD omgevingsvariabele. Standaard, dwz als de DCMDICTPAD variabele omgeving
is niet ingesteld, het bestand /dicom.dic wordt geladen tenzij het woordenboek is gebouwd
in de toepassing (standaard voor Windows).

Het standaardgedrag moet de voorkeur hebben en de DCMDICTPAD alleen omgevingsvariabele
gebruikt wanneer alternatieve gegevenswoordenboeken vereist zijn. De DCMDICTPAD variabele omgeving
heeft hetzelfde formaat als de Unix-shell PATH variabele in dat een dubbele punt (':') scheidt
inzendingen. Op Windows-systemen wordt een puntkomma (';') als scheidingsteken gebruikt. Het datadictionary
code zal proberen om elk bestand te laden dat is gespecificeerd in de DCMDICTPAD omgevingsvariabele. Het
is een fout als er geen datadictionary kan worden geladen.

Gebruik xml2dcm online met behulp van onworks.net-services