Dit is de Linux-app genaamd Kallisto waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Kallisto_windows-v0.50.0.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd Kallisto gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
Kallisto
PRODUCTBESCHRIJVING
Kallisto is een programma voor een vrijwel optimale kwantificering van transcriptabundanties uit RNA-Seq-gegevens, of meer in het algemeen van doelsequenties met behulp van sequencing-leesbewerkingen met hoge doorvoer. Het is gebaseerd op het idee om pseudo-uitlijning te gebruiken om snel de compatibiliteit van leeswaarden en doelen te bepalen, zonder dat uitlijning nodig is.
Volgens benchmarks die op een Mac-desktopcomputer zijn uitgevoerd, kan Kallisto in minder dan 30 minuten 3 miljoen menselijke bulk-RNA-seq-lezingen kwantificeren met alleen de leessequenties en een transcriptoomindex, die op zichzelf al meer dan 10 minuten kan duren om op te bouwen. En omdat het gebruik maakt van pseudo-uitlijning, is het robuust tegen fouten bij het lezen en behoudt het de belangrijkste informatie die nodig is voor kwantificering. Dit maakt Kallisto niet alleen snel, maar ook zeer nauwkeurig. In veel benchmarks presteert het zelfs aanzienlijk beter dan bestaande tools.
Voordelen
- Maakt gebruik van pseudo-uitlijning
- Snel en nauwkeurig
- Gekwantificeerde bulk-RNA-Seq kan worden geanalyseerd met speurneus
- Kan worden gebruikt met bustools om RNA-seq-gegevens van één cel voor te verwerken
Programmeertaal
C
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
