Dit is de Linux-app genaamd ParamIT waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als ParamITPack-1.0.tar.bz2. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam ParamIT gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
ParamIT
PRODUCTBESCHRIJVING
ParamIT is een toolkit die helpt bij de ontwikkeling van moleculair-mechanische krachtveldparameterisering van kleine, sleepachtige moleculen binnen het CHARMM General Force Field (CGenFF)-protocol. De ontwikkelde toolkit helpt de onderzoekers op de volgende manieren: 1) het automatiseren van het aanmaken van meerdere invoerbestanden voor kwantum- en moleculaire mechanica-programma's, 2) het automatiseren van de uitvoeranalyse en 3) het gebruik van volledige MM-programma's vervangen door een sneller gespecialiseerd programma. De ontwikkelde tools omvatten: 1) generator van molecuul-watercomplexen met grafische gebruikersinterface (GUI), 2) semi-automatische frequentieanalyse met behulp van symbolische potentiële energieverdelingsmatrix en vergelijking van geoptimaliseerde interne coördinaten, 3) GUI voor ladingsaanpassing met drie modi : handleiding, Monte-Carlo-sampling of brute kracht, en 4) GUI voor aanpassing van dihedrale termen. Het gebruik van deze tools vermindert de arbeidsinspanning, vermindert handmatige invoerfouten en vermindert de tijd die nodig is voor nauwkeurige MM-parametreringsinspanningen.
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel, Tk
Programmeertaal
C, Python
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/paramit/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
