Dit is de Linux-app met de naam Pontos die online onder Linux moet worden uitgevoerd en waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als Pontos-3.0.jar. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam Pontos online uit om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
Pontos om online onder Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
Pontos is een gebruiksvriendelijk, grafisch Java-programma voor de berekening van niet-gecorrigeerde afstandsmatrices (of gelijkenissen) van DNA-sequentie-uitlijningen in PHYLIP-formaat. Het creëert ook "verschillende" uitlijningen van reguliere (en vice versa).Het kan op verschillende manieren omgaan met hiaten en onduidelijkheden.
Hiaten kunnen zijn:
- allemaal gebruikt;
- allemaal genegeerd;
- alleen genegeerd aan het einde van de reeksen, op een paarsgewijze manier;
- alleen aan de uiteinden genegeerd, maar nu globaal (in feite wordt de hele uitlijning bijgesneden tot de verste sequenties van de uiteinden).
Dubbelzinnigheden (dingen zoals R, Y, N, W, etc. in een DNA-sequentie) kunnen worden behandeld als:
- dubbelzinnigheden als altijd anders beschouwen;
- ambiguïteit als gedeeltelijk verschillend beschouwen (bijv. R zou 0.5 verschillen van A of G);
- negeer dubbelzinnigheden in elke paarsgewijze vergelijking;
- verwijder alle kolommen, globaal, die enige dubbelzinnigheid vertonen.
Pontos is geschreven in Linux, maar zou op elk systeem moeten draaien waar Java werkt. Pontos is gelicentieerd onder de GPL versie 3.
Toehoorders
Wetenschap/Onderzoek, Eindgebruikers/Desktop
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
Java
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/pontos/. Het is gehost in OnWorks om op een gemakkelijkste manier online te kunnen worden uitgevoerd vanuit een van onze gratis besturingssystemen.
