Dit is de Linux-app genaamd simulation_pcr waarvan de laatste release kan worden gedownload als simulation_PCR-v1.2.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam simulation_pcr gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
simuleren_pcr
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
Het beoordelen van primerspecificiteit en het voorspellen van zowel gewenste als off-target amplificatieproducten is een essentiële stap voor een robuust PCR-assayontwerp. Dit script voorspelt potentiële polymerasekettingreactie (PCR) amplicons in een grote sequentiedatabase zoals NCBI nt van singleplex of een grote gemultiplexte set primers, waardoor gedegenereerde primer- en probe-bases mogelijk zijn, met target mismatch-tolerantie en ampliconlengtebereik in te stellen door de gebruiker. De PCR-amplicon-simulatiecode annoteert ook amplicons met geninformatie die automatisch wordt gedownload van NCBI, en optioneel kan het voorspellen of er ook TaqMan/Luminex-sondeovereenkomsten zijn binnen voorspelde amplicons. Het is een open source Perl-opdrachtregelscript genaamd simulation_PCR.pl dat de BLAST-programma's (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn en blastdbcmd aanroept, en het hulpprogramma NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
