Dit is de Linux-app genaamd sRNAWorkbench waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als UEA_Workbench_4.7_update.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd sRNAWorkbench gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
sRNAWerkbank
PRODUCTBESCHRIJVING
Een reeks tools voor het analyseren van kleine RNA-gegevens (sRNA) van Next Generation Sequencing-apparaten. Inclusief expressieprofilering van bekend mirco-RNA (miRNA), identificatie van nieuw miRNA in deep-sequencing-gegevens en identificatie van andere interessante herkenningspunten binnen high-throughput genetische gegevens
Voordelen
- Adapter Remover: verwijdert adapterfragmenten uit onbewerkte korte leessequentiegegevens en voert gegevens uit naar FASTA-formaat.
- Filter: produceert een gefilterde versie van een sRNA-dataset, gecontroleerd door verschillende door de gebruiker gedefinieerde criteria, waaronder sequentielengte, overvloed, complexiteit, overdracht en verwijdering van ribosomaal RNA.
- miRCat2 (miRNA Categorisatie): voorspelt volwassen miRNA's en hun voorlopers op basis van een sRNA-dataset en een genoom.
- SiLoCo (Short interfererende RNA Locus Comparison): vergelijkt sRNA-expressieniveaus in meerdere monsters door sRNA's te groeperen in loci op basis van genomische locatie
- ta-siRNA (trans-werkend kort interfererend RNA): voorspelling van gefaseerde ta-siRNA's in sRNA-datasets van planten.
- miRProf (miRNA Profiler): bepaalt genormaliseerde expressieniveaus van sRNA's die overeenkomen met bekende miRNA's in miRBase.
- Haarspeldannotatie: genereert een secundaire structuur uit een RNA-sequentie en markeert interessante gebieden met behulp van RNAplot
- VisSR (Visualisatie van sRNA's): genereer een visuele weergave van sRNA's en door de gebruiker geïmporteerde genomische kenmerken.
- PAREsnip2: Identificeer miRNA-doelen die blijken uit het degradoom
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Java-swing
Programmeertaal
C++, java
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
