Dit is de Windows-app genaamd kSNP waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als kSNP4.1-source-code.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam kSNP gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start een OS OnWorks online emulator vanaf deze website, maar een betere Windows online emulator.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Windows-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie en installeer deze.
- 7. Download Wine van de softwarebronnen voor Linux-distributies. Eenmaal geïnstalleerd, kunt u vervolgens dubbelklikken op de app om ze met Wine uit te voeren. Je kunt ook PlayOnLinux proberen, een mooie interface via Wine waarmee je populaire Windows-programma's en -games kunt installeren.
Wine is een manier om Windows-software op Linux uit te voeren, maar zonder dat Windows vereist is. Wine is een open-source Windows-compatibiliteitslaag die Windows-programma's rechtstreeks op elke Linux-desktop kan uitvoeren. In wezen probeert Wine genoeg van Windows opnieuw te implementeren, zodat het al die Windows-applicaties kan draaien zonder Windows echt nodig te hebben.
kSNP
Ad
PRODUCTBESCHRIJVING
kSNP4 identificeert de pan-genoom-SNP's in een reeks genoomsequenties en schat fylogenetische bomen op basis van die SNP's. De ontdekking van SNP is gebaseerd op k-mer-analyse en vereist geen uitlijning van meerdere sequenties of de selectie van een referentiegenoom, dus kSNP4 kan honderden microbiële genomen als invoer gebruiken. Een SNP-locus wordt gedefinieerd door een oligo met lengte k die een centraal SNP-allel omringt. kSNP100 kan zowel complete (voltooide) genomen als onvoltooide genomen analyseren in samengestelde contigs of onbewerkte, niet-geassembleerde lezingen. Voltooide en onvoltooide genomen kunnen samen worden geanalyseerd, en kSNP kan automatisch Genbank-bestanden van de voltooide genomen downloaden en de informatie in die bestanden opnemen in de SNP-annotatie.
Er zijn geen programmeervaardigheden vereist om kSNP4 te gebruiken
Gardner, SN en Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak en BG Hall. 2015 Bioinformatica 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatica/btv271
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
