babel - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

babel, Obabel — konwerter plików danych z zakresu chemii i modelowania molekularnego

STRESZCZENIE

babel [-H opcje-pomocy]
babel [OPCJE] [-i typ wejściowy] w pliku [-o Typ wyjścia] plik wyjściowy

Obabel [-H opcje-pomocy]
Obabel [OPCJE] [-i typ wejściowy | -"ciąg UŚMIECHU"] w pliku [-o Typ wyjścia] -O plik wyjściowy

OPIS

babel to wieloplatformowy program przeznaczony do konwersji między wieloma formatami plików używanymi w
modelowanie molekularne i chemia obliczeniowa oraz obszary pokrewne.

Obabel i babel są nieco inne. Pierwszy jest bliższy normalnej konwencji uniksowej
dla programów wiersza poleceń i bardziej elastyczny, gdy użytkownik musi określić wartości parametrów
na opcjach. Z babel działa to tylko wtedy, gdy opcja jest ostatnią w linii; z Obabel
żadne takie ograniczenie nie ma zastosowania. Ponadto zawiera skrót do wprowadzania ciągów SMILES, które:
może być użyty zamiast pliku wejściowego.

Open Babel to także kompletny zestaw narzędzi dla programistów do tworzenia oprogramowania chemicznego. Do
więcej informacji znajdziesz na stronach internetowych Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPCJE

Jeśli podane są tylko pliki wejściowe i wyjściowe, Open Babel odgadnie typ pliku z
rozszerzenie nazwy pliku.

-"ciąg UŚMIECHU"
Wpisz ciąg SMILES i użyj go zamiast pliku wejściowego. Ciąg SMILES powinien wyglądać tak:
ujęte w cudzysłów. Można użyć więcej niż jednego, a tytuł cząsteczki może być
uwzględnione, jeśli są ujęte w cudzysłowie.

-a Opcje
Opcje wprowadzania specyficzne dla formatu. Widzieć -H identyfikator formatu dla opcji dozwolonych przez konkretnego
format

--addtotytuł
Dołącz tekst do aktualnego tytułu cząsteczki

--dodaj formułę
Dołącz wzór cząsteczkowy po aktualnym tytule cząsteczki

-b Zamień wiązania celowe: np. [N+]([O-])=O na N(=O)=O

-c Wyśrodkuj współrzędne atomowe w (0,0,0)

-C Połącz cząsteczki w pierwszym pliku z innymi o tej samej nazwie

-e Kontynuuj po błędach

-d Usuń wodór

---poziom błędu 2
Filtruj poziom wyświetlanych błędów i ostrzeżeń:
1 = tylko błędy krytyczne
2 = uwzględnij również ostrzeżenia (domyślnie)
3 = dołącz również komunikaty informacyjne
4 = dołącz komunikaty „dziennika audytu” o zmianach danych
5 = dołącz również komunikaty debugowania

-f # W przypadku wprowadzania wielu wpisów rozpocznij import z molekułą # jako pierwszym wpisem

-F Wyprowadź dostępne typy odcisków palców

-h Dodaj wodory

-H Wyprowadzanie informacji o użytkowaniu

-H identyfikator formatu
Informacje o formatowaniu danych wyjściowych i opcje dla określonego formatu

-Hala
Informacje o formatowaniu danych wyjściowych i opcje dla wszystkich formatów

-i
Określa format wejściowy, zobacz poniżej dostępne formaty

-j

--Przystąp
Połącz wszystkie cząsteczki wejściowe w jeden wpis cząsteczki wyjściowej

-k Tłumaczenie słów kluczowych modelowania chemii obliczeniowej (np. GAMESS i Gaussian)

-m Utwórz wiele plików wyjściowych, aby umożliwić:
- Dzielenie jednego pliku wejściowego - umieść każdą cząsteczkę w kolejno ponumerowanej
pliki wyjściowe
- Konwersja wsadowa - przekonwertuj każdy z wielu plików wejściowych na określony
format wyjściowy

-l # W przypadku wielu wpisów, zatrzymaj import z cząsteczką # jako ostatnim wpisem

-o identyfikator formatu
Określa format wyjściowy, zobacz poniżej dostępne formaty

-O plik wyjściowy
Określ plik wyjściowy. Ta opcja dotyczy Obabel tylko.

-p Dodaj wodory odpowiednie dla pH (użyj przekształceń w phmodel.txt)

--własność
Dodaj lub zamień właściwość (np. w pliku MDL SD)

-s INTELIGENTNE
Konwertuj tylko cząsteczki pasujące do określonego wzorca SMARTS

--oddzielny
Oddziel rozłączone fragmenty na indywidualne zapisy molekularne

-t Wszystkie pliki wejściowe opisują pojedynczą cząsteczkę

--tytuł tytuł
Dodaj lub zastąp tytuł molekularny

-x Opcje
Opcje wyjściowe specyficzne dla formatu. Widzieć -H identyfikator formatu dla opcji dozwolonych przez konkretnego
format

-v INTELIGENTNE
Konwertuj tylko cząsteczki NIE pasujący wzór SMARTS określony

-V Numer wersji wyjściowej i wyjście

-z Skompresuj dane wyjściowe za pomocą gzip

FILE FORMATY

Następujące formaty są obecnie obsługiwane przez Open Babel:
acr - Kryształ Carine ASCI
alc — format alchemii
arc -- Format Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [Tylko do odczytu]
bgf — format MSI BGF
pudełko -- Dock 3.5 Format pudełka
bs — format z piłką i kijem
c3d1 -- Chem3D w formacie kartezjańskim 1
c3d2 -- Chem3D w formacie kartezjańskim 2
caccrt — format kartezjański kakao
pamięć podręczna — format CAChe MolStruct [tylko do zapisu]
cacint -- Cacao Format wewnętrzny [Tylko do zapisu]
can -- kanoniczny format SMILES
samochód -- format Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [tylko do odczytu]
ccc -- format CCC [tylko do odczytu]
cdx -- format binarny ChemDraw [tylko do odczytu]
cdxml -- format ChemDraw CDXML
cht — format Chemtool [tylko do zapisu]
cif — plik informacji krystalograficznych
cml -- Język znaczników chemicznych
cmlr -- format reakcji CML
com -- Gaussian 98/03 Wprowadzanie kartezjańskie [tylko zapis]
copy -- Kopiuje nieprzetworzony tekst [Tylko do zapisu]
crk2d -- Format diagramu 2D zestawu zasobów chemicznych
crk3d -- Zestaw zasobów chemicznych w formacie 3D
csr — format Accelrys/MSI Quanta CSR [tylko zapis]
cssr -- format CSD CSSR [tylko do zapisu]
ct — format tabeli połączeń ChemDraw
dmol -- format współrzędnych Dmol3
ent -- format banku danych białkowych
fa -- format FASTA [Tylko do zapisu]
fasta -- format FASTA [Tylko do zapisu]
fch — format pliku punktów kontrolnych w formacie Gaussa [tylko do odczytu]
fchk — format pliku punktów kontrolnych w formacie Gaussa [tylko do odczytu]
fck — format pliku punktów kontrolnych w formacie Gaussa [tylko do odczytu]
wyczyn -- Format funkcji
fh — format Fenske-Hall Z-Matrix [Tylko do zapisu]
fix -- format SMILES FIX [Tylko do zapisu]
fpt — format odcisku palca [tylko do zapisu]
fract -- Swobodny format ułamkowy
fs -- Otwórz bazę danych Babel FastSearching
fsa — format FASTA [Tylko do zapisu]
g03 -- Gaussian 98/03 Dane wyjściowe [tylko do odczytu]
g98 -- Gaussian 98/03 Dane wyjściowe [tylko do odczytu]
gam -- GAMES Output [tylko do odczytu]
gamin -- GAMESS Input [Tylko do zapisu]
gamout -- GAMESS Output [tylko do odczytu]
gau -- Gaussian 98/03 Wprowadzanie kartezjańskie [Tylko do zapisu]
gjc -- Gaussian 98/03 Wprowadzanie kartezjańskie [tylko do zapisu]
gjf -- Gaussian 98/03 Wprowadzanie kartezjańskie [tylko do zapisu]
gpr -- Format Ghemiczny
gr96 -- format GROMOS96 [Tylko do zapisu]
hin -- format HIN HyperChem
inchi -- IUPAC InChI [Tylko do zapisu]
inp -- Wejście GAMES [Tylko do zapisu]
ins -- format ShelX [tylko do odczytu]
jin — format wejściowy Jaguara [Tylko do zapisu]
jout -- format wyjściowy Jaguara [tylko do odczytu]
mdl -- format MDL MOL
mmd — format makromodelu
mmod -- format MacroModel
mol -- format MDL MOL
mol2 — format Sybyl Mol2
molreport -- Raport dotyczący otwartej cząsteczki Babel [Tylko do zapisu]
moo -- Format wyjściowy MOPAC [tylko do odczytu]
mop -- format kartezjański MOPAC
mopcrt -- format kartezjański MOPAC
mopin -- MOPAC Wewnętrzny
mopout -- Format wyjściowy MOPAC [tylko do odczytu]
mpc -- format kartezjański MOPAC
mpd — format deskryptora Sybyl [tylko do zapisu]
mpqc -- format wyjściowy MPQC [tylko do odczytu]
mpqcin -- uproszczony format wejściowy MPQC [Tylko do zapisu]
nw -- format wejściowy NWChem [Tylko do zapisu]
nwo -- format wyjściowy NWChem [tylko do odczytu]
pc — format PubChem [tylko do odczytu]
pcm -- format PCModel
pdb — format banku danych białek
pov -- format wejściowy POV-Ray [tylko do zapisu]
pqs -- format Parallel Quantum Solutions
prep — format Amber Prep [Tylko do odczytu]
qcin -- format wejściowy Q-Chem [Tylko do zapisu]
qcout -- format wyjściowy Q-Chem [Tylko do odczytu]
raport — format raportu Open Babel [Tylko do zapisu]
res -- format ShelX [tylko do odczytu]
rxn -- format MDL RXN
sd — format MDL MOL
sdf — format MDL MOL
smi -- format SMILES
sy2 — format Sybyl Mol2
tdd — format termiczny
test -- Format testu [Tylko do zapisu]
therm -- format termiczny
tmol -- format współrzędnych TurboMole
txyz — format Tinker MM2 [Tylko do zapisu]
unixyz -- format UniChem XYZ
vmol -- format ViewMol
xed -- format XED [Tylko do zapisu]
xml — Ogólny format XML [tylko do odczytu]
xyz -- format współrzędnych kartezjańskich XYZ
yob -- YASARA.org format YOB
zin -- format wejściowy ZINDO [Tylko do zapisu]

FORMAT OPCJE

Poszczególne formaty plików mogą mieć dodatkowe opcje formatowania.

Opcje formatu wejściowego są poprzedzone 'a', np. -as

Opcje formatu wyjściowego są poprzedzone 'x', np. -xn

Aby uzyskać więcej szczegółowych informacji i opcji, użyj -H
np. -Hcml

PRZYKŁADY

Konwersja standardowa:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Konwersja z pliku SMI w STDIN do pliku Mol2 zapisanego w STDOUT:
babel -imi -omol2
Podziel plik wielocząsteczkowy na nowy1.smi, nowy2.smi itd.:
babel infile.mol nowy.smi -m

Korzystaj z babel online, korzystając z usług onworks.net