Jest to polecenie bp_revtrans-motifp, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
bp_revtrans-motif - Odwrotne tłumaczenie motywu białkowego podobnego do Profama
WERSJA
Wersja 0.01
STRESZCZENIE
Z pliku:
bp_revtrans-motif.pl -i motywy.txt
Korzystanie z rur:
bp_revtrans-motif.pl < motywy.txt > wyjście.txt
Używanie interaktywnie w wierszu poleceń:
$bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}
OPIS
Skrypt ten pobiera motyw białkowy jako dane wejściowe i zwraca zdegenerowany oligonukleotyd
odpowiadająca mu sekwencja. Głównym powodem takiego działania jest zdegenerowanie projektu
startery, które amplifikują dany wzór sekwencji.
Motyw wejściowy składa się z ciągu jednoliterowych reszt z dowolnym z poniższych
elementy składniowe:
[...] : Pozycja nadmiarowa.
Pozycja, w której dozwolona jest więcej niż jedna reszta. Przykład:
[TS]YW[RKSD]
^^^^^
[^...] : Stanowisko zanegowane.
Pozycja, w której dozwolona jest jakakolwiek pozostałość, zapisana dla pozycji w nawiasach. Przykład:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n, m,...} : Powtarzający się motyw.
Motyw, który się powtarza n or m czasy. Może mieć dowolną z poprzednich składni
elementy. Przykład:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
Dozwolone litery to te, które odpowiadają 20 naturalnym aminokwasom oraz:
B = N + D
Z = Q + E
X = Wszystko
OPCJE
-i plik wejściowy:
Plik z listą motywów do odwrotnego tłumaczenia.
-h
Wyświetl ten komunikat pomocy.
Użyj bp_revtrans-motifp online, korzystając z usług onworks.net
