Jest to polecenie DetectChimera, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
sim4dbutils - narzędzia do pracy z plikami wyrównania generowanymi przez sim4db
convertPolishes - konwersja pomiędzy formatami sim4db i GFF3
filterPolishes - filtruj dopasowania w oparciu o tożsamość sekwencji, pokrycie i długość.
mergePolishes - scalaj wyrównania z wielu plików
sortPolishes - sortuj dopasowania według cDNA lub indeksu sekwencji genomowej lub nazwy sekwencji
convertToExtent - Konwertuj z formatu sim4db na format jednowierszowy rozdzielany tabulatorami
fixPolishesIID — Aktualizuje plik sim4db, aby używał indeksu sekwencji określonego pliku fasta.
Może być również użyty do wyodrębnienia podzbioru linii trasowania z pliku sim4db.
depthOfPolishes — generuje rozdzielony tabulatorami histogram głębokości polerowania przy różnych
rozmiary okien.
headPolishes - drukuj pierwsze N wyrównań w pliku, podobnie do głowa(1)
pickBestPolish - zgłaszaj tylko „najlepsze” dopasowanie dla każdego cDNA
pickUniquePolish - zgłasza wyrównania, w których istnieje jednoznaczne jedno najlepsze wyrównanie dla
każdy cDNA.
plotCoverageVsIdentity — generuje (1) histogram procentowej tożsamości, (2) a
histogram procentowego pokrycia oraz (3) listę procentowej tożsamości i pokrycia (dla
używać na wykresie punktowym).
uniqPolishes - Odfiltrowuje wszystkie dopasowania dla cDNA z wieloma dopasowaniami (-uniq) lub
z pojedynczym wyrównaniem (-dupl). Podobny do jedyny w swoim rodzaju(1)
realignPolishes - przelicz wyrównania wymienione w pliku sim4db.
reportAlignmentDifferences - generuje histogram rodzajów błędów w zbiorze
linie trasowania Nieobsługiwane i Nieaktualna
ComparePolishes - Koreluj wyrównania w dwóch plikach.
convertToAtac - Konwertuje z formatu sim4db na format ATAC.
detectChimera — sprawdza dopasowania sekwencji, które mogą być chimeryczne.
mappedCoverage — podaje ilość sekwencji zapytania (EST, cDNA), która jest objęta
linie trasowania.
parseSNP — analizuje wyrównania dla SNP.
removeDuplicate — przeszukuje dane wejściowe w poszukiwaniu zduplikowanych linii trasowania.
vennPolishes — Generuje diagram Venna dla wielu plików sim4db. Używany wewnętrznie by
ESTMapper czystePolery
podsumowaniePolerów
OPIS
Te programy to szereg narzędzi do pracy sim4db(1) wygenerowane pliki wyrównania.
Korzystaj z DetectChimera online, korzystając z usług onworks.net
