Jest to dsimulator poleceń, który można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
dsimulator - generuj syntetyczne odczyty dla losowego genomu
STRESZCZENIE
symulator Genlen: podwójne [-cpodwójny(20.)] [-bpodwójny(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-epodwójny(.15)][-Mfilet]
OPIS
symulator najpierw generuje fałszywy genom wielkości Genlen*1Mb długości, z przesunięciem AT równym
-b. Następnie generuje przykładowe odczyty o średniej długości -m od logarytmu normalnej długości
rozkład z odchyleniem standardowym -s, ale ignoruje odczyty o długości mniejszej niż -x. To
zbiera wystarczającą liczbę odczytów, aby pokryć genom -c razy i przedstawia -e błędy ułamkowe do
każdy odczyt, w którym stosunek insercji, usunięć i podstawień jest ustalany przez zdefiniowanie
stałe INS_RATE (domyślnie 73%) i DEL_RATE (domyślnie 20%) w pliku generate.c. Można
kontroluj także szybkość, z jaką odczyty są wybierane z nici do przodu i do tyłu
ustawienie zdefiniowanej stałej FLIP_RATE (domyślnie 50/50). The -r opcja zasiewa losowość
generator liczb do generowania genomu, dzięki czemu można go generować w sposób powtarzalny
ten sam podstawowy genom do pobrania próbki. Jeśli brakuje tego parametru, to identyfikator zadania
wywołania uruchamia generator liczb losowych. Wyjście jest wysyłane do standardu
wyjście (tzn. jest to potok UNIX). Wyjście jest w formacie Pacbio .fasta odpowiednim jako dane wejściowe
do fasta2DB(1). Wreszcie, -M opcja żąda, aby współrzędne, z których każdy odczytał
zostały pobrane, są zapisywane do wskazanego pliku, po jednym wierszu na odczyt, zakodowane w formacie ASCII.
Ten plik „mapy” zasadniczo mówi, gdzie każdy odczyt należy do zespołu i jest bardzo
przydatne do debugowania i testowania. Jeśli odczytana para to powiedz b, e, to jeśli b < e the
odczyt został pobrany z [b,e] w kierunku do przodu, a jeśli b > e z [e,b] w
odwrotny kierunek.
Korzystaj z dsimulatora online, korzystając z usług onworks.net