Jest to polecenie ecoPCR, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
ecoPCR - wyszukiwanie sekwencji i hybrydyzacja taksonomii z podanymi starterami
STRESZCZENIE
ecoPCR [opcje] <nucleotidic wzory>
OPIS
ecoPCR to elektroniczne oprogramowanie PCR opracowane przez firmy LECA i Helix-Project. Pomaga
oszacować jakość starterów kodów kreskowych.
OPCJE
-a : Stężenie soli w M dla obliczenia Tm (domyślnie 0.05 M)
-c : Weź pod uwagę, że sekwencje bazy danych są [c]circular
-d : [D]baza : aby dopasować oczekiwany format, baza danych
musi być najpierw sformatowany przez ecoPCRformat(1) program. ecoPCRformat(1) tworzy
trzy typy plików:
.sdx : zawiera sekwencje
.tdx : zawiera informacje dotyczące taksonomii
.rdx : zawiera rangę taksonomii
ecoPCR wymaga wszystkich typów plików. W rezultacie musisz napisać radykalną bazę danych
bez przedłużenia. Na przykład /ecoPCRDB/gbmam
-D : Utrzymuje określoną liczbę nukleotydów po każdej stronie in silico
amplifikowane sekwencje (w tym amplifikowany fragment DNA plus dwa cele)
sekwencje starterów).
-e : [E]rror : maksymalne błędy dozwolone przez oligonukleotyd (domyślnie 0)
-h : [Pomoc] - drukuj Wsparcie
-i : [I]ignoruję podany identyfikator taksonomii.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz jego pomoc, wpisując ecofind
-h po więcej informacji.
-k : [K]tryb królestwa: ustaw tryb królestwa
domyślnie tryb superkrólestwa.
-l : minimalna [L]ength : określa minimalną długość amplifikacji.
-L : maksymalna [L]ength : określa maksymalną długość amplifikacji.
-m : Metoda korekcji soli do obliczenia Tm (SANTALUCIA : 1
lub OWCZARZY:2, domyślnie=1)
-r : [R]ogranicza wyszukiwanie do podanego identyfikatora taksonomicznego.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz jego pomoc, wpisując ecofind
-h po więcej informacji.
pierwszy argument : oligonukleotyd dla nici bezpośredniej
drugi argument : oligonukleotyd dla odwróconej nici
Opis wyniku tabeli:
kolumna 1: numer dostępu
kolumna 2 : długość sekwencji
kolumna 3 : identyfikator taksonomiczny
kolumna 4 : ranga
kolumna 5: identyfikator taksonomiczny gatunku
kolumna 6: nazwa naukowa
kolumna 7: identyfikator taksonomiczny rodzaju
kolumna 8: nazwa rodzaju
kolumna 9 : identyfikator taksonomiczny rodziny
kolumna 10: nazwisko
kolumna 11: identyfikator taksonomiczny superkrólestwa
kolumna 12: nazwa super królestwa
kolumna 13 : nić (bezpośrednia lub odwrotna)
kolumna 14 : pierwszy oligonukleotyd
kolumna 15: liczba błędów dla pierwszej nici
kolumna 16: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu
kolumna 17 : drugi oligonukleotyd
kolumna 18: liczba błędów dla drugiej nici
kolumna 19: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu
kolumna 20: długość amplifikacji
kolumna 21 : sekwencja
kolumna 22: definicja
Korzystaj z ecoPCR online za pomocą usług onworks.net