angielskufrancuskihiszpański

Uruchom serwery | Ubuntu > | Fedora > |


Ulubiona usługa OnWorks

ecoPCR - Online w chmurze

Uruchom ecoPCR u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przez Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS

Jest to polecenie ecoPCR, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS

PROGRAM:

IMIĘ


ecoPCR - wyszukiwanie sekwencji i hybrydyzacja taksonomii z podanymi starterami

STRESZCZENIE


ecoPCR [opcje] <nucleotidic wzory>

OPIS


ecoPCR to elektroniczne oprogramowanie PCR opracowane przez firmy LECA i Helix-Project. Pomaga
oszacować jakość starterów kodów kreskowych.

OPCJE


-a : Stężenie soli w M dla obliczenia Tm (domyślnie 0.05 M)

-c : Weź pod uwagę, że sekwencje bazy danych są [c]circular

-d : [D]baza : aby dopasować oczekiwany format, baza danych
musi być najpierw sformatowany przez ecoPCRformat(1) program. ecoPCRformat(1) tworzy
trzy typy plików:

.sdx : zawiera sekwencje

.tdx : zawiera informacje dotyczące taksonomii

.rdx : zawiera rangę taksonomii

ecoPCR wymaga wszystkich typów plików. W rezultacie musisz napisać radykalną bazę danych
bez przedłużenia. Na przykład /ecoPCRDB/gbmam

-D : Utrzymuje określoną liczbę nukleotydów po każdej stronie in silico
amplifikowane sekwencje (w tym amplifikowany fragment DNA plus dwa cele)
sekwencje starterów).

-e : [E]rror : maksymalne błędy dozwolone przez oligonukleotyd (domyślnie 0)

-h : [Pomoc] - drukuj Wsparcie

-i : [I]ignoruję podany identyfikator taksonomii.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz jego pomoc, wpisując ecofind
-h po więcej informacji.

-k : [K]tryb królestwa: ustaw tryb królestwa
domyślnie tryb superkrólestwa.

-l : minimalna [L]ength : określa minimalną długość amplifikacji.

-L : maksymalna [L]ength : określa maksymalną długość amplifikacji.

-m : Metoda korekcji soli do obliczenia Tm (SANTALUCIA : 1
lub OWCZARZY:2, domyślnie=1)

-r : [R]ogranicza wyszukiwanie do podanego identyfikatora taksonomicznego.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz jego pomoc, wpisując ecofind
-h po więcej informacji.

pierwszy argument : oligonukleotyd dla nici bezpośredniej

drugi argument : oligonukleotyd dla odwróconej nici

Opis wyniku tabeli:

kolumna 1: numer dostępu

kolumna 2 : długość sekwencji

kolumna 3 : identyfikator taksonomiczny

kolumna 4 : ranga

kolumna 5: identyfikator taksonomiczny gatunku

kolumna 6: nazwa naukowa

kolumna 7: identyfikator taksonomiczny rodzaju

kolumna 8: nazwa rodzaju

kolumna 9 : identyfikator taksonomiczny rodziny

kolumna 10: nazwisko

kolumna 11: identyfikator taksonomiczny superkrólestwa

kolumna 12: nazwa super królestwa

kolumna 13 : nić (bezpośrednia lub odwrotna)

kolumna 14 : pierwszy oligonukleotyd

kolumna 15: liczba błędów dla pierwszej nici

kolumna 16: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu

kolumna 17 : drugi oligonukleotyd

kolumna 18: liczba błędów dla drugiej nici

kolumna 19: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu

kolumna 20: długość amplifikacji

kolumna 21 : sekwencja

kolumna 22: definicja

Korzystaj z ecoPCR online za pomocą usług onworks.net


Ad


Ad