Jest to polecenie ecoPCR, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
ecoPCR - poszukiwanie hybrydyzacji sekwencji i taksonomii z podanymi starterami
STRESZCZENIE
ekoPCR [opcje] <nucleotidic wzory>
OPIS
ecoPCR to elektroniczne oprogramowanie PCR opracowane przez firmy LECA i Helix-Project. Pomaga
oszacować jakość starterów kodów kreskowych.
OPCJE
-a : Stężenie soli w M do obliczenia Tm (domyślnie 0.05 M)
-c : Weź pod uwagę, że sekwencje bazy danych są [c]kołowe
-d : [D]atabase : aby dopasować oczekiwany format bazy danych
musi zostać najpierw sformatowany przez format ecoPCR(1) programu. format ecoPCR(1) tworzy
trzy typy plików:
.sdx: zawiera sekwencje
.tdx: zawiera informacje dotyczące taksonomii
.rdx: zawiera rangę taksonomii
ecoPCR wymaga wszystkich typów plików. W rezultacie musisz napisać radykalną bazę danych
bez żadnego przedłużenia. Na przykład /ecoPCRDB/gbmam
-D : Utrzymuje określoną liczbę nukleotydów po każdej stronie in silico
amplifikowane sekwencje (w tym amplifikowany fragment DNA plus dwa cele
sekwencje starterów).
-e : [E]rror : maksymalne błędy dozwolone przez oligonukleotyd (domyślnie 0)
-h : [Pomoc] - drukuj Wsparcie
-i : [Ja] ignoruję podany identyfikator taksonomii.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz pomoc w pisaniu ecofind
-h po więcej informacji.
-k : Tryb [K]ingdom: ustaw tryb królestwa
domyślnie tryb super królestwa.
-l : minimalna [L]ength : określa minimalną długość amplifikacji.
-L : maksymalna [L] długość : zdefiniuj maksymalną długość amplifikacji.
-m : Metoda korekcji soli do obliczania Tm (SANTALUCIA: 1
lub OWCZARZY:2, domyślnie=1)
-r : [R]ogranicza wyszukiwanie do podanego identyfikatora taksonomicznego.
Identyfikatory taksonomii są dostępne za pomocą programu ecofind. zobacz pomoc w pisaniu ecofind
-h po więcej informacji.
pierwszy argument: oligonukleotyd dla nici bezpośredniej
drugi argument: oligonukleotyd dla nici odwrotnej
Opis wyników tabeli:
kolumna 1: numer dostępu
kolumna 2: długość sekwencji
kolumna 3: identyfikator taksonomiczny
kolumna 4: ranga
kolumna 5: Identyfikator taksonomiczny gatunku
kolumna 6: nazwa naukowa
kolumna 7: identyfikator taksonomiczny rodzaju
kolumna 8: nazwa rodzaju
kolumna 9: identyfikator taksonomiczny rodziny
kolumna 10: nazwisko
kolumna 11: identyfikator taksonomiczny superkrólestwa
kolumna 12: nazwa superkrólestwa
kolumna 13: pasmo (bezpośrednie lub odwrotne)
kolumna 14: pierwszy oligonukleotyd
kolumna 15: liczba błędów w pierwszym wątku
kolumna 16: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu
kolumna 17: drugi oligonukleotyd
kolumna 18: liczba błędów w drugim wątku
kolumna 19: Tm dla hybrydyzacji startera 1 w tym miejscu
kolumna 20: długość amplifikacji
kolumna 21: sekwencja
kolumna 22: definicja
Skorzystaj z funkcji ecoPCR online, korzystając z usług onworks.net
