Jest to polecenie fastq-multx, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastq-multx - ea-utils: zamień % na identyfikator kodu kreskowego w pliku kodów kreskowych
STRESZCZENIE
fastq-mulx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [kolego.fq -o r2.%.fq] ...
OPIS
fastq-multx: nieprawidłowa opcja -- 'h' Nieznana opcja `-h'.
Wersja: 1.02.684
Pliki wyjściowe muszą zawierać znak „%”, który jest zastępowany identyfikatorem kodu kreskowego w kodach kreskowych
plik. Plik wyjściowy może być nie dotyczy, aby odrzucić odpowiednie dane (użyj tego dla kodu kreskowego
Czytać)
Plik kodów kreskowych (-B) wygląda tak:
...
Domyślnie jest zgadywać -miska or -eol w oparciu o przejrzyste statystyki.
If -g jest używany, to jego parametrem jest pas indeksowy, podobnie jak często występujące sekwencje
używany.
If -l jest używany, wówczas wypróbowywane są wszystkie kody kreskowe w pliku, a *grupa* zawierająca *najwięcej*
wybrane są mecze.
Zgrupowany plik kodów kreskowych (-l or -L) wygląda tak:
...
Powiązane odczyty, jeśli są dostarczane, są synchronizowane
OPCJE
-o FIL1 Pliki wyjściowe (wymagany jeden na wejście) -g SEQFIL Określ kody kreskowe z
indeksowane, czytaj SEQFIL -l BCFIL Określ kody kreskowe na podstawie dowolnego odczytu, używając BCFIL jako wzorca
podstęp -L BCFIL Określ kody kreskowe z , używając BCFIL jako listy głównej -B BCFIL
Użyj kodów kreskowych z określonego pliku, nie wykonuj kroku określania -b wytrzymałość
początek linii (5') do dopasowania kodu kreskowego -e Wymuś koniec linii (3') dla kodu bat
dopasowywanie -t NUM Podziel próg automatycznego ustalenia przez współczynnik NUM (1), > 1 = więcej
wrażliwy -G NAZWA Użyj grup pasujących tylko do NAZWY -x Nie przycinaj kodów kreskowych
przed zapisaniem miejsca docelowego -n Nie wykonuj, po prostu wydrukuj prawdopodobną listę kodów kreskowych
-v C Sprawdź, czy identyfikator partnera pasuje do znaku C (użyj „” dla iluminy) -m N
Zezwalaj na maksymalnie N niedopasowań, o ile są one unikalne (1) -d N Wymagaj minimum
odległość N pomiędzy najlepszym i następnym najlepszym (2) -q N Wymagaj minimalnej wartości Phred
jakość N, aby zaakceptować bazę kodów kreskowych (0)
Korzystaj z fastq-multx online, korzystając z usług onworks.net
