Jest to polecenie fastq-stats, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fastq-stats - ea-utils: generuje wiele łatwo przyswajalnych statystyk
STRESZCZENIE
statystyki fastq [Opcje]
OPIS
Wersja: 1.01 $Id: fastq-stats.cpp 652 2013-09-17 17:40:32Z Earonesty $
Tworzy wiele łatwo przyswajalnych statystyk dla wymienionych plików
Opcje
-c cyklmax: maksymalna liczba cykli, dla których tworzone są następujące statystyki jakości [35] -w INT
window: maksymalny rozmiar okna do generowania statystyk zduplikowanych odczytów [2000000] -d odpluskwić:
drukuje instrukcje debugowania -D nie duplikuj statystyk odczytu -s INT liczba górna
zduplikowane odczyty do wyświetlenia -x Statystyki wyjściowe FIL Fastx (wymaga nazwy pliku wyjściowego) -b
Podział podstawy wyjściowej FIL według jakości sygnału w każdym cyklu.
Ustawia cyklemax na najdłuższą długość odczytu
-L FIL Liczy się długość wyjściowa
Na standardowe wyjście wypisywane są następujące dane:
czyta: #czyta w pliku fastq
len: odczytaj długość. mean i stdev są dostępne dla zmiennych długości odczytu
phred: używana skala phred
rozmiar okna
: Liczba odczytów wykorzystanych do wygenerowania statystyk zduplikowanych odczytów
cykl-max
: Liczba podstaw do oceny pod kątem duplikacji
dups : Liczba odczytów, które są duplikatami
%dup: Pct odczytów, które są zduplikowane
unikalny duplikat sekw
: Sekwencje numerów, które są zduplikowane
minimalna liczba dup
: Najmniejsza liczba duplikatów dla dowolnej sekwencji duplikatów
dupsekw
: Wyświetla listę 10 najczęstszych duplikatów odczytów wraz ze średnią licznika i odchyleniem standardowym
qual : Jakość podstawowa min, max i średnia
%A,%T,%C,%G
: procenty podstawowe
całkowite podstawy
: całkowita liczba zasad
Korzystaj z fastq-stats online, korzystając z usług onworks.net
