FeatureCounts - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

FeatureCounts - wysoce wydajny i dokładny program podsumowujący odczyty

ZASTOSOWANIE

Liczba funkcji [opcje] -a -o plik_wejściowy1 [plik_wejściowy2]
...

Wymagane argumenty:

-a
Nazwa pliku adnotacji. Domyślnie w formacie GTF. Widzieć -F opcja dla większej liczby formatów.

-o
Nazwa pliku wyjściowego, w tym liczba odczytów. Oddzielny plik zawierający podsumowanie
statystyka wyników zliczania jest również zawarta w wyjściu (` .streszczenie')

pliki_wejściowe
Lista plików wejściowych w formacie BAM lub SAM. Użytkownicy nie muszą określać, czy jest to BAM lub
SOB.

Argumenty opcjonalne:

-A
Nazwa pliku rozdzielanego przecinkami, w tym nazwy aliasów chromosomów używane do dopasowania
nazwy chromosomów użyte w adnotacji z nazwami użytymi w danych wejściowych BAM/SAM, jeśli są
różny. Informacje na temat formatu pliku można znaleźć w Podręczniku użytkownika.

-F
Określ format dostarczonego pliku adnotacji. Dopuszczalne formaty to `GTF' i
`SAF'. Domyślnie `GTF'. Zobacz Podręcznik użytkownika, aby zapoznać się z opisem formatu SAF.

-t
Określ typ elementu w adnotacji GTF. `ekson' domyślnie. Funkcje używane do odczytu
zliczanie zostanie wyodrębnione z adnotacji przy użyciu podanej wartości.

-g
Określ typ atrybutu w adnotacji GTF. Domyślnie `gene_id'. Zastosowane metafunkcje
do zliczania odczytów zostanie wyodrębniona z adnotacji przy użyciu podanej wartości.

-f Wykonaj liczenie odczytów na poziomie funkcji (np. liczenie odczytów eksonów zamiast
geny).

-O Przypisz odczyty do wszystkich ich nakładających się meta-funkcji (lub funkcji, jeśli -f is
określony).

-s
Wykonaj zliczanie odczytów specyficzne dla nici. Możliwe wartości: 0 (bez łańcucha), 1
(skręcone) i 2 (skręcone odwrotnie). 0 domyślnie.

-M Zliczane będą również odczyty z wielu mapowań. W przypadku odczytu multimappingu wszystkie są zgłaszane
wyrównania będą liczone. Znacznik `NH' w wejściu BAM/SAM jest używany do wykrywania
odczyty z wielu mapowań.

-Q
Minimalny wynik jakości mapowania, jaki musi spełnić odczyt, aby został zaliczony. Dla
odczyty ze sparowanymi końcami, przynajmniej jeden koniec powinien spełniać to kryterium. 0 domyślnie.

-T
Liczba wątków. 1 domyślnie.

-v Wersja wyjściowa programu.

-J Policzyć liczbę odczytów obsługujących każde połączenie ekson-ekson. Skrzyżowania były
zidentyfikowane na podstawie odczytów obejmujących egzony na wejściu (zawierających „N” w CIGAR
strunowy). Wyniki liczenia są zapisywane w pliku o nazwie „ .jcounts'

-G
Plik Fasta zawierający genom referencyjny użyty do wygenerowania wejściowego SAM lub
Pliki BAM. Ten argument jest potrzebny tylko podczas liczenia połączeń.

-R Wyprowadź szczegółowy wynik przypisania dla każdego odczytu. Zostanie wygenerowany plik tekstowy
każdy plik wejściowy, w tym nazwy odczytów i odczyty meta-funkcji/funkcji
przypisane do. Więcej informacji znajduje się w Podręczniku użytkownika.

--największe nakładanie się
Przypisz odczyty do metafunkcji/funkcji, która ma największą liczbę nakładających się elementów
zasady.

--minNakładanie się
Określ minimalną wymaganą liczbę zachodzących na siebie zasad między odczytem a a
meta-funkcja/cecha, do której przypisany jest odczyt. 1 domyślnie.

--odczyt2poz <5: 3>
Zmniejsz odczyty do najbardziej podstawowych 5' lub 3' najbardziej podstawowych. Następnie przeprowadzane jest zliczanie odczytu
w oparciu o pojedynczą podstawę, do której odczyt jest redukowany.

--czytajRozszerzenie5 Odczyty są rozszerzane w górę o bazy od nich
koniec 5'.

--czytajRozszerzenie3 Odczyty są rozszerzane w górę o bazy od nich
koniec 3'.

--frakcja
Użyj liczby ułamkowej 1/n zamiast 1 (jednej) liczby dla każdego zgłoszonego wyrównania
odczytu multi-mapowania w zliczaniu odczytów. n to całkowita liczba zgłoszonych wyrównań
dla odczytu multi-mapowania. Ta opcja musi być używana razem z opcją '-M'.

--podstawowy
Policz tylko podstawowe linie trasowania. Podstawowe wyrównania są identyfikowane za pomocą bitu 0x100 w
Pole FLAG SAM/BAM.

--ignoreDup
Ignoruj ​​zduplikowane odczyty w liczeniu odczytów. Zduplikowane odczyty są identyfikowane za pomocą bitu
Ox400 w polu BAM/SAM FLAG. Cała para odczytów jest ignorowana, jeśli jeden z odczytów jest
duplikat odczytu dla sparowanych danych końcowych.

--countSplitAlignmentsTylko Zliczaj tylko podzielone linie trasowania (tj. linie trasowania z
ciąg CIGAR zawierający `N'). Przykładem rozszczepionych dopasowań są odczyty obejmujące egzony
w danych seq RNA.

-p Policz fragmenty (pary odczytów) zamiast pojedynczych odczytów. Dla każdej pary odczytów jej
dwa odczyty muszą sąsiadować ze sobą na wejściu BAM/SAM.

-P Sprawdź poprawność odległości między sparowanymi końcami podczas liczenia par odczytów. Używać -d i -D do
ustawić progi.

-d
Minimalna długość fragmentu/szablonu, domyślnie 50.

-D
Maksymalna długość fragmentu/szablonu, domyślnie 600.

-B Policz tylko pary odczytów, których oba końce zostały pomyślnie wyrównane.

-S
Określ orientację dwóch odczytów z tej samej pary, domyślnie „fr”.
(do przodu/do tyłu).

-C Nie licz par odczytów, których dwa końce są mapowane na różne chromosomy
lub mapowanie do tego samego chromosomu, ale na różnych niciach.

--nie sortuj
Nie sortuj odczytów na wejściu BAM/SAM. Pamiętaj, że wymagane są odczyty z tej samej pary
znajdować się obok siebie na wejściu.

--maxMOp
Maksymalna liczba operacji „M” dozwolona w łańcuchu CIGAR . 10 domyślnie. Obydwa
„X” i „=” są traktowane jako „M”, a sąsiednie operacje „M” są łączone w CIGAR
ciąg.

Korzystaj z funkcji FeatureCounts online, korzystając z usług onworks.net