Jest to polecenie fpromlke, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
fpromlk - Filogeneza białek według maksymalnego prawdopodobieństwa
STRESZCZENIE
fpromlk -sekwencja seqsetall -międzydrzewo drzewo [-nkategorie liczba całkowita] -oceniać szyk
-kategorie niska zabudowa [-ciężary niska zabudowa] -długości boolean [model podstęp]
[-gamma podstęp] -współczynnik gamma unosić się -ngamacat liczba całkowita -współczynnik niewarunkowy unosić się
-ninvarcat liczba całkowita -invarfrac unosić się -nhmmkategorie liczba całkowita -hmm stawki szyk
-hmmprawdopodobieństwo szyk -adjsite boolean -lambda unosić się -mętlik liczba całkowita
-nasionko liczba całkowita -światowy boolean [-wyjście liczba całkowita] -plik wyjściowy plik wyjściowy [-pstrąg przełącznik]
-plik drzewa zewnętrznego plik wyjściowy [-wydrukuj dane boolean] [-postęp boolean] [-odcisk drzewa boolean]
[-hipstana boolean]
fpromlk -Pomoc
OPIS
fpromlk to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Filogeny:Molecular sequence”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja seqsetall
Plik zawierający jedno lub więcej dopasowań sekwencji
-międzydrzewo drzewo
-nkategorie liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-oceniać szyk
-kategorie niska zabudowa
-ciężary niska zabudowa
Dodatkowy Sekcja
-długości boolean
Wartość domyślna: N
model podstęp
Wartość domyślna: Jones-Taylor-Thornton
-gamma podstęp
Wartość domyślna: n
-współczynnik gamma unosić się
Wartość domyślna: 1
-ngamacat liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-współczynnik niewarunkowy unosić się
Wartość domyślna: 1
-ninvarcat liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-invarfrac unosić się
Wartość domyślna: 0.0
-nhmmkategorie liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-hmm stawki szyk
Wartość domyślna: 1.0
-hmmprawdopodobieństwo szyk
Wartość domyślna: 1.0
-adjsite boolean
Wartość domyślna: N
-lambda unosić się
Wartość domyślna: 1.0
-mętlik liczba całkowita
-nasionko liczba całkowita
Wartość domyślna: 1
-światowy boolean
Wartość domyślna: N
-wyjście liczba całkowita
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy plik wyjściowy
-pstrąg przełącznik
Wartość domyślna: Y
-plik drzewa zewnętrznego plik wyjściowy
-wydrukuj dane boolean
Wartość domyślna: N
-postęp boolean
Wartość domyślna: Y
-odcisk drzewa boolean
Wartość domyślna: Y
-hipstana boolean
Wartość domyślna: N
Korzystaj z fpromlke online, korzystając z usług onworks.net
