Jest to polecenie glam2-purge, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
glam2-purge - Usuwa zbędne sekwencje z pliku FASTA
STRESZCZENIE
glam2-czyszczenie filet wynik [Opcje]
OPIS
glam2-czyszczenie jest zmodyfikowaną wersją Andrew Neuwalda oczyścić program usuwający zbędne
sekwencje z pliku FASTA. Jest to zalecane, aby zapobiec bardzo podobnemu
sekwencje zniekształcające poszukiwania motywów. Purge działa zarówno z DNA, jak i białkiem
sekwencje i tworzy plik wyjściowy taki, że żadne dwie sekwencje nie mają (bez przerw) lokalnego
wynik dopasowania większy niż próg określony przez użytkownika. Plik wyjściowy ma nazwę
. . Wynik dopasowania opiera się na macierzy BLOSUM62 dla białek oraz na a
Schemat punktacji +5/-1 dla DNA. Czyszczenie może być również użyte do maskowania powtórzeń tandemowych. Używa
Program XNU do tego celu.
OPCJE
-n
Sekwencje to DNA (domyślnie: białko).
-b
Użyj metody heurystyki wybuchowej (domyślna dla białka).
-e
Użyj metody wyczerpującej (domyślnej dla DNA).
-q
Zachowaj pierwszą sekwencję w zestawie.
-x
Użyj xnu, aby zamaskować powtórzenia tandemowe białka.
Korzystaj z glam2-purge online, korzystając z usług onworks.net
