Jest to polecenie gmod_make_gff_from_dbxref.plp, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - narzędzie do tworzenia pliku gff3 z listą dbxrefs i
szybkie pliki.
SYNOPSY
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_katalog \
<dbxref_list
WIERSZ POLECEŃ OPCJE
--fasta_dir Katalog zawierający pliki fasta (wymagane)
--tmp_dir Katalog tymczasowy (domyślnie: / Tmp)
--wpisz termin SO do użycia dla tworzonych obiektów (domyślnie: region)
--source Kolumna 2 pliku GFF (domyślnie: .)
OPIS
To narzędzie pobiera listę identyfikatorów db oddzielonych tabulatorami i przystąpienia w wierszu poleceń
(tak jak by wyprodukował gmod_extract_dbxref_from_gff.pl) wraz z katalogiem zawierającym
fasta i tworzy plik GFF. Skrypt próbuje kilku opcji identyfikacji pliku
przystąpienie w linii opisu fasta. To są rodzaje rzeczy, które obecnie
próbuje:
>mi|5419616|mn|TC130707|
aby uzyskać TC130707
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
aby uzyskać CG180994.1
>mi|12821100|min|2_11498(1330441) |
aby uzyskać 2_11498.
> 123456
aby uzyskać 123456 (tj. całą linię, co jest ostatecznością).
Jeśli masz linię opisu inną niż ta i potrzebujesz pomocy przy modyfikowaniu
ten skrypt do pracy z Twoimi danymi, wyślij e-mailem na listę mailingową schematu:
[email chroniony]. Jeśli sam zmodyfikujesz skrypt, aby działał z twoim
data, wyślij również pocztą e-mail na listę mailingową schematu, aby zgłosić zmiany, aby mogły być
wliczone w cenę.
Użyj gmod_make_gff_from_dbxref.plp online, korzystając z usług onworks.net
