gmx-dyndom - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-dyndom - Interpolacja i ekstrapolacja rotacji struktury

STRESZCZENIE

dynamika gmx [-f [<.pdf>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-pierwszy kąt ] [-ostatni kąt ] [-nramka ]
[-maxkąt ] [-tłum ] [-głowa ]
[-ogon ]

OPIS

gmx dynamizm czyta .pdf plik wyjściowy z DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). To
odczytuje współrzędne, współrzędne osi obrotu i plik indeksu zawierający
domeny. Co więcej, jako polecenie pobiera pierwszy i ostatni atom pliku strzałki
argumenty linii (głowa i ogon), a na koniec pobiera wektor translacji (podany w
plik informacyjny DynDom) i kąt obrotu (również jako argumenty wiersza poleceń). Jeśli kąt
określonej przez DynDom, powinno być możliwe odzyskanie drugiej użytej struktury
generowanie wyjścia DynDom. Tak powinno być ze względu na ograniczoną dokładność numeryczną
zweryfikowane poprzez obliczenie RMSD dla wszystkich atomów (przy użyciu gmx potwierdza) zamiast poprzez porównanie plików
(używając różnicy).

Celem tego programu jest interpolacja i ekstrapolacja rotacji znalezionej przez
DynDom. W rezultacie powstają niefizyczne struktury z długimi lub krótkimi wiązaniami lub nakładającymi się atomami
mogą być produkowane. Do walidacji może być konieczna kontrola wzrokowa i minimalizacja energii
struktura.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.pdf>] (dyndom.pdb)
Plik banku danych białka

-n [<.ndx>] (domeny.ndx)
Plik indeksu

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xtc/.trr/...>] (obrócony.xtc)
Trajektoria: xtc tr Gro g96 pdb tng

Inne opcje:

-pierwszy kąt (0)
Kąt obrotu wokół wektora obrotu

-ostatni kąt (0)
Kąt obrotu wokół wektora obrotu

-nramka (11)
Liczba kroków na ścieżce

-maxkąt (0)
DymDom wyznaczył kąt obrotu wokół wektora obrotu

-tłum (0)
Tłumaczenie (angstromy) wzdłuż wektora obrotu (patrz plik informacyjny DynDom)

-głowa (0 0 0)
Pierwszy atom wektora strzałki

-ogon (0 0 0)
Ostatni atom wektora strzałki

Korzystaj z gmx-dyndom online, korzystając z usług onworks.net