To jest polecenie gmx-make_ndx, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-make_ndx - Tworzy pliki indeksu
STRESZCZENIE
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natomy ] [-[nie]bliźniak]
OPIS
Grupy indeksowe są niezbędne w prawie każdym programie GROMACS. Wszystkie te programy mogą
generować domyślne grupy indeksów. TYLKO musisz używać gmx make_ndx kiedy potrzebujesz SPECJALNEGO
grupy indeksów. Istnieje domyślna grupa indeksów dla całego systemu, 9 domyślnych grup indeksów
dla białek, a dla każdej innej nazwy reszty generowana jest domyślna grupa indeksowa.
Gdy nie podano pliku indeksu, również gmx make_ndx wygeneruje grupy domyślne. Z
w edytorze indeksu można wybrać nazwy i numery atomów, reszt i łańcuchów. Kiedy bieg
plik wejściowy jest dostarczany, możesz także wybrać typ atomu. Możesz użyć NOT, AND i OR, you
może rozszczepiać grupy na łańcuchy, reszty lub atomy. Możesz usuwać grupy i zmieniać ich nazwy.
Numeracja atomów w edytorze i pliku indeksu zaczyna się od 1.
Połączenia -bliźniak switch duplikuje wszystkie grupy indeksów z przesunięciem -natomy, co jest przydatne
dla dwuwarstwowych układów membranowych elektrofizjologii obliczeniowej.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.gro/.g96/...>] (konf.gro) (Opcjonalnie)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie Tpr
-n [<.ndx> [...]] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu
Opcje do określenia plików wyjściowych:
-o [<.ndx>] (indeks.ndx)
Plik indeksu
Inne opcje:
-natomy (0)
ustaw liczbę atomów (domyślnie: odczyt z pliku współrzędnych lub indeksu)
-[nie]bliźniak (Nie)
Zduplikuj wszystkie grupy indeksów z przesunięciem -natoms
Korzystaj z gmx-make_ndx online, korzystając z usług onworks.net
