Jest to polecenie gmx-saltbr, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
gmx-saltbr - Oblicz mosty solne
STRESZCZENIE
gmx sól br [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-t ] [-[nie]wrz]
OPIS
gmx sól br wykreśla odległość między wszystkimi kombinacjami naładowanych grup jako funkcję
czas. Grupy są łączone na różne sposoby. Można podać minimalną odległość (tj
odcięcia), tak że grupy, które nigdy nie są bliżej niż ta odległość, nie zostaną wykreślone.
Dane wyjściowe będą miały wiele stałych nazw plików, min-min.xvg, plus-min.xvg i
plus-plus.xvglub pliki dla każdej pojedynczej pary jonów, jeśli -wrzesień opcja jest wybrana. W
w tym przypadku pliki są nazywane jako sb-(Zmień nazwę)(Resnr)-(Atomnr). Może być wiele takie pliki.
OPCJE
Opcje do określenia plików wejściowych:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run
Inne opcje:
-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii
-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)
-t (1000)
Grupy, które nigdy nie są bliżej niż ta odległość, nie są kreślone
-[nie]wrz (Nie)
Używaj osobnych plików dla każdej interakcji (może być WIELE)
Korzystaj z gmx-saltbr online, korzystając z usług onworks.net
