gmx-sasa - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-sasa - Oblicz powierzchnię dostępną dla rozpuszczalnika

STRESZCZENIE

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-dziwne [<.xvg>]] [Lub [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-telewizja [<.xvg>]] [-q [<.pdf>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [ty ] [-xvg ] [-[nie]rmpbc]
[-[nie]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-sonda ]
[-kropki ] [-[nie]ochrona] [-dgs ]
[-powierzchnia ] [-wyjście ]

OPIS

gmx sasa oblicza powierzchnie dostępne dla rozpuszczalnika. Patrz Eisenhaber F., Lijnzaad P., Argos
P, Sander C i Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 dla użytego algorytmu. Z
-q, powierzchnię Connolly'ego można również wygenerować w a .pdf plik, w którym znajdują się węzły
reprezentowane jako atomy, a krawędzie łączące najbliższe węzły jako rekordy CONECT. -dziwne
pozwala na oszacowanie energii swobodnej solwatacji na podstawie energii solwatacji na atom
odsłonięta powierzchnia.

Program wymaga zaznaczenia, za pomocą którego należy określić obliczenia powierzchni
-powierzchnia. Powinno to zawsze składać się ze wszystkich atomów niebędących rozpuszczalnikiem w układzie. Obszar
ta grupa jest zawsze obliczana. Opcjonalnie, -wyjście może określić dodatkowe selekcje,
które powinny być podzbiorami grupy obliczeniowej. Obszary dostępne dla rozpuszczalników
grupy są również wyodrębniane z pełnej powierzchni.

Średnie i standardowe odchylenie obszaru nad trajektorią można obliczyć wg
reszta i atom (opcje Lub oraz -oa).

Z -telewizja Opcja umożliwia obliczenie całkowitej objętości i gęstości cząsteczki. Z
-pbc (domyślnie), musisz upewnić się, że twoja cząsteczka/grupa powierzchniowa nie jest podzielona
PBC. W przeciwnym razie otrzymasz bezsensowne wyniki. Proszę również rozważyć, czy
w tym przypadku odpowiedni jest normalny promień sondy, czy wolisz użyć np. 0.
Warto pamiętać, że wyniki dotyczące objętości i gęstości są bardzo przybliżone.
Na przykład w lodzie Ih można łatwo zmieścić cząsteczki wody w porach, co spowoduje ustąpienie
objętość, która jest zbyt mała, oraz powierzchnia i gęstość, które są zbyt duże.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opcjonalnie)
Wprowadź trajektorię lub pojedynczą konfigurację: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura wejścia: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Dodatkowe grupy indeksów

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.xvg>] (obszar.xvg)
Powierzchnia całkowita w funkcji czasu

-dziwne [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Opcjonalnie)
Szacowana energia swobodna solwatacji w funkcji czasu

Lub [<.xvg>] (powierzchnia.xvg) (Opcjonalnie)
Średnia powierzchnia na pozostałość

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Opcjonalnie)
Średnia powierzchnia na atom

-telewizja [<.xvg>] (tom.xvg) (Opcjonalnie)
Całkowita objętość i gęstość w funkcji czasu

-q [<.pdf>] (connolly.pdb) (Opcjonalnie)
Plik PDB dla powierzchni Connolly

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt == pierwszy raz (ps)

ty (ps)
Jednostka dla wartości czasu: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgracja)
Formatowanie wykresu: brak, xmgrace, xmgr

-[nie]rmpbc (tak)
Twórz cząsteczki w całości dla każdej klatki

-[nie]pbc (tak)
Używaj okresowych warunków brzegowych do obliczania odległości

-sf
Podaj wybory z plików

-selrpos (atom)
Wybór pozycji odniesienia: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
cal_res_com, caly_res_cog, caly_mol_com, caly_mol_cog, part_res_com,
część_res_cog, część_mol_com, część_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_kog

-sonda (0.14)
Promień sondy rozpuszczalnika (nm)

-kropki (24)
Liczba kropek na kulę, więcej kropek oznacza większą dokładność

-[nie]ochrona (tak)
Wyprowadź białko do Connolly .pdf plik też

-dgs (0)
Wartość domyślna wolnej energii solwatacji na powierzchnię (kJ/mol/nm^2)

-powierzchnia
Wybór obliczeń powierzchni

-wyjście
Wybór wyjścia

Korzystaj z gmx-sasa online, korzystając z usług onworks.net