gmx-tcaf — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-tcaf - Oblicz lepkość cieczy

STRESZCZENIE

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-z [<.xvg>]]
[-ok [<.xvg>]] [-ow [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[teraz] [-xvg ] [-[nie]mol] [-[nie]k34]
[-wt ] [-akclen ] [-[nie]normalizuj] [-P ]
[-fitfn ] [-początek ] [-koniec ]

OPIS

gmx tcaf oblicza autokorelacje prądu poprzecznego. Służą one do oszacowania tzw
lepkość ścinania, eta. Więcej informacji: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) s. 359-366.

Prądy poprzeczne są obliczane przy użyciu wektorów k (1,0,0) i (2,0,0), każdy również w
dotychczasowy y- I z-kierunek, (1,1,0) i (1,-1,0) każdy także w 2 innych płaszczyznach (te
wektory nie są niezależne) i (1,1,1) oraz 3 pozostałe przekątne pudełka (również nie
niezależny). Dla każdego k-wektora używany jest sinus i cosinus w połączeniu z
prędkość w 2 prostopadłych kierunkach. Daje to w sumie 16*2*2=64 w poprzek
prądy. Dla każdego k-wektora obliczana jest jedna autokorelacja, co daje 16
TCAF. Każdy z tych TCAF jest dopasowany do f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), co daje 16 wartości tau i eta. Dopasowanie
wagi zanikają wykładniczo ze stałą czasową w (daną z -wt) jako exp(-t/w), a
TCAF i dopasowanie oblicza się do czasu 5*w. Wartości eta powinny być dopasowane do 1 - a
eta(k) k^2, z którego można oszacować lepkość ścinania przy k=0.

Gdy pudełko jest sześcienne, można skorzystać z tej opcji -ok, który uśrednia TCAF dla wszystkich
k-wektorów o tej samej długości. Powoduje to dokładniejsze TCAF. Oba sześcienne
TCAF i pasowania są zapisywane -ok Sześcienne szacunki eta są również zapisywane -ow.

Z opcji -mol, prąd poprzeczny jest określany na podstawie cząsteczek, a nie atomów. W
w tym przypadku grupa indeksowa powinna składać się z liczb cząsteczek zamiast liczb atomów.

Lepkości zależne od k w -ow plik powinien być dopasowany do eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
aby uzyskać lepkość przy nieskończonej długości fali.

Uwaga: upewnij się, że wpisujesz współrzędne i prędkości wystarczająco często. inicjał,
nie wykładnicza, część funkcji autokorelacji jest bardzo ważna dla uzyskania a
dobre dopasowanie.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opcjonalnie)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-ot [<.xvg>] (przezroczysty.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
plik xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
plik xvgr/xmgr

-z [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
plik xvgr/xmgr

-ok [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ow [<.xvg>] (visc_k.xvg)
plik xvgr/xmgr

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-[nie]mol (Nie)
Oblicz TCAF cząsteczek

-[nie]k34 (Nie)
Użyj także k=(3,0,0) i k=(4,0,0)

-wt (5)
Wykładniczy czas zaniku dla wag dopasowania TCAF

-akclen (-1)
Długość ACF, domyślnie połowa liczby klatek

-[nie]normalizuj (tak)
Normalizuj ACF

-P (0)
Kolejność wielomianu Legendre'a dla ACF (0 oznacza brak): 0, 1, 2, 3

-fitfn (None)
Funkcja dopasowania: brak, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-początek (0)
Czas, od którego zacząć dopasowywanie wykładnicze funkcji korelacji

-koniec (-1)
Czas, w którym zakończyć dopasowanie wykładnicze funkcji korelacji, -1 jest do czasu
zakończenia

Korzystaj z gmx-tcaf online, korzystając z usług onworks.net