Jest to polecenie hhmake, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
hhmake - zbuduj HMM z wyrównania wejściowego lub przekonwertuj między formatem HMMER i HHsearch
format
STRESZCZENIE
hmm -i filet [Opcje]
OPIS
HHmake wersja 2.0.16 (styczeń 2013) Zbuduj HMM na podstawie wyrównania wejściowego w A2M, A3M lub
FASTA lub przekonwertuj pomiędzy formatem HMMER (.hmm) i formatem HHsearch (.hhm). Remmerta
M, Biegert A, Hauser A i Soding J. HHblits: Błyskawiczna iteracyjna sekwencja białek
wyszukiwanie według wyrównania HMM-HMM. Nat. Metody 9:173-175 (2011). (C) Johannesa Soedinga,
Michaela Remmerta, Andreasa Biegerta, Andreasa Hausera
-i
wyrównanie zapytania (A2M, A3M lub FASTA) lub zapytanie HMM
Wydajność opcje:
-o
Plik HMM, do którego ma zostać zapisany (domyślnie= )
-a
Plik HMM, do którego należy dołączyć
-v
tryb gadatliwy: 0: brak obrazu wyjściowego 1: tylko ostrzeżenia 2: gadatliwy
-nast
max. liczba wyświetlanych sekwencji zapytań/szablonów (def=10) Uwaga na przepełnienia! Wszystko
te sekwencje są przechowywane w pamięci.
-Cons utwórz sekwencję wzorcową sekwencji konsensusowej zapytania MSA
-Nazwa
użyj tej nazwy dla HMM (domyślnie: użyj nazwy pierwszej sekwencji)
Filtruj zapytanie o wyrównanie wielu sekwencji
-ID [0,100] maksymalna identyczność sekwencji parami (%) (def=90)
-różnic [0,inf[
filtruj MSA, wybierając najbardziej zróżnicowany zestaw sekwencji, zachowując przynajmniej tyle
sekw. w każdym bloku MSA o długości 50 (def=100)
-cow [0,100] minimalne pokrycie zapytaniem (%) (def=0)
-qid [0,100] minimalna identyczność sekwencji z zapytaniem (%) (def=0)
-qsc [0,100] minimalny wynik na kolumnę z zapytaniem (def=-20.0)
-nieff [1,inf]
docelowa różnorodność wyrównania (domyślnie=wył.)
Wkład wyrównanie format:
-M a2m użyj A2M/A3M (domyślnie): wielkie litery = Dopasuj; małe litery = Wstaw; '-' = Usuń; '.' =
odstępy wyrównane do wstawek (można pominąć)
-M drugim
użyj FASTA: kolumny z resztą w 1. sekwencji są stanami dopasowania
-M [0,100]
użyj FASTA: kolumny z odstępami mniejszymi niż X% są stanami dopasowania
Pseudoliczba (szt.) opcje:
-szt Zależność pozycji 0-2 domieszki pc 'tau' (tryb pc, domyślnie=0)
0: brak pseudoliczeń:
tau = 0
1: stała
tau = a
2: zależne od różnorodności: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: liczba
efektywne sekwencje w lokalnym MSA wokół kolumny i) 3: pseudoliczby o stałej różnorodności
-szt [0,1] ogólna domieszka pseudoliczby (def=1.0)
-płytka drukowana [1,inf[ Wartość progowa Neff dla -szt 2 (def=1.5)
-szt [0,3] wykładnik ekstynkcji c dla -szt 2 (def=1.0)
-pre_pca [0,1]
Domieszka pseudozliczania PREFILTER (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ Próg PREFILTRA dla Neff (def=1.8)
Kontekstowe pseudoliczby:
-nokontxt
użyj macierzy substytucji zamiast pseudoliczeń specyficznych dla kontekstu
-kontekst plik kontekstu do obliczania pseudozliczania kontekstowego
(domyślnie=./data/context_data.lib)
-cslib
plik stanu kolumn do szybkiego wstępnego filtrowania bazy danych (domyślnie=./data/cs219.lib)
Przykład: hhmake -i test.a3m
Użyj hhmake online, korzystając z usług onworks.net
