hmm2search - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

hmm2search - przeszukuje bazę danych sekwencji o profilu HMM

STRESZCZENIE

hmm2szukaj [opcje] hmmplik plik kolejny

OPIS

hmm2szukaj czyta HMM z hmmplik i wyszukiwania plik kolejny za znacząco podobne
dopasowania sekwencji.

plik kolejny będzie szukany najpierw w bieżącym katalogu roboczym, a następnie w katalogu
nazwany przez zmienną środowiskową BLASTDB. Dzięki temu użytkownicy mogą korzystać z istniejących baz danych BLAST,
jeśli BLAST został skonfigurowany dla witryny.

hmm2szukaj Uruchomienie może zająć kilka minut lub nawet godzin, w zależności od rozmiaru sekwencji
Baza danych. Dobrym pomysłem jest przekierowanie danych wyjściowych do pliku.

Wynik składa się z czterech sekcji: listy rankingowej najlepszych sekwencji punktowanych, a
rankingowa lista domen o najlepszym wyniku, zestawienia dla wszystkich domen o najlepszym wyniku oraz
histogram wyników. Wynik sekwencji może być wyższy niż wynik domeny dla
ta sama sekwencja, jeśli w sekwencji jest więcej niż jedna domena; punktacja sekwencji
pod uwagę wszystkie domeny. Wszystkie sekwencje punktowane powyżej -E i -T pokazane są odcięcia
w takim razie na pierwszej liście każdy domena znaleziona na tej liście jest pokazana na drugiej liście
trafienia domeny. W razie potrzeby można również zastosować progi wartości E i wyniku bitowego
lista domen za pomocą --kopuła i --domT opcje.

OPCJE

-h Wydrukuj krótką pomoc; zawiera numer wersji i podsumowanie wszystkich opcji, w tym
opcje eksperckie.

-A Ogranicza wyjście wyrównania do najlepiej oceniane domeny. -A0 wyłącza
wyjście wyrównania i może być używane do zmniejszania rozmiaru plików wyjściowych.

-E Ustaw granicę wartości E dla listy trafień rankingowych dla poszczególnych sekwencji na , gdzie jest
dodatnia liczba rzeczywista. Wartość domyślna to 10.0. Trafienia z wartościami E lepszymi niż (mniej
niż) ten próg zostanie pokazany.

-T Ustaw granicę wartości bitowej dla listy trafień rankingowych dla poszczególnych sekwencji na , gdzie is
liczba rzeczywista. Wartość domyślna to ujemna nieskończoność; domyślnie próg to
kontrolowany przez wartość E, a nie przez wynik bitowy. Trafienia z punktacją bitową lepszą niż
(większy niż) ten próg zostanie pokazany.

-Z Oblicz wyniki wartości E tak, jakbyśmy widzieli bazę danych sekwencji
sekwencje. Wartość domyślna to liczba sekwencji widocznych w pliku bazy danych
.

EXPERT OPCJE

--kompatybilny
Użyj formatu wyjściowego HMMER 2.1.1, publicznego wydania 1998-2001; pod warunkiem, że tak
Parsery 2.1.1 nie muszą być przepisywane.

--procesor
Ustawia maksymalną liczbę procesorów, na których będzie działać program. Domyślnie jest używać
wszystkie procesory w maszynie. Zastępuje zmienną środowiskową HMMER_NCPU. Tylko
dotyczy wątkowych wersji HMMER (domyślnie w większości systemów).

--cut_ga
Użyj punktów odcięcia wyniku Pfam GA (próg gromadzenia). Odpowiednik --globT
--domT , ale wartości odcięcia GA2 i GA1 są odczytywane z pliku HMM. hmm2budowa
umieszcza tam te odcięcia, jeśli plik wyrównania został opatrzony adnotacjami w formacie przyjaznym dla Pfam
format wyrównania (rozszerzony format SELEX lub sztokholmski) i opcjonalny GA
linia adnotacji była obecna. Jeśli te odcięcia nie są ustawione w pliku HMM, --cut_ga
nie działa.

--cut_tc
Użyj punktów odcięcia punktacji Pfam TC (zaufany punkt odcięcia). Odpowiednik --globT --domT
, ale wartości odcięcia TC2 i TC1 są odczytywane z pliku HMM. hmm2build umieszcza je
odcięcia, jeśli plik wyrównania został opatrzony adnotacjami w wyrównaniu przyjaznym dla Pfam
formacie (rozszerzony format SELEX lub Sztokholm), a opcjonalna linia adnotacji dla najlepszych współtwórców miała postać
obecny. Jeśli te wartości odcięcia nie są ustawione w pliku HMM, --cut_tc nie działa.

--cut_nc
Użyj punktów odcięcia wyniku Pfam NC (odcięcia szumu). Odpowiednik --globT --domT ,
ale wartości odcięcia NC1 i NC2 są odczytywane z pliku HMM. hmm2build umieszcza je
odcięcia, jeśli plik wyrównania został opatrzony adnotacjami w wyrównaniu przyjaznym dla Pfam
formacie (rozszerzony format SELEX lub Sztokholm), a opcjonalna linia adnotacji NC była
obecny. Jeśli te wartości odcięcia nie są ustawione w pliku HMM, --cut_nc nie działa.

--kopuła
Ustaw granicę wartości E dla listy trafień w rankingu według domeny na , gdzie jest
dodatnia liczba rzeczywista. Wartość domyślna to nieskończoność; domyślnie wszystkie domeny w
sekwencje, które przekroczyły pierwszy próg zostaną zgłoszone na drugiej liście, więc
że liczba domen zgłoszonych na liście per-sequence jest zgodna z
numer, który pojawia się na liście domen.

--domT
Ustaw granicę wartości bitowej dla listy trafień w rankingu według domeny na , gdzie jest
prawdziwy numer. Wartość domyślna to ujemna nieskończoność; domyślnie wszystkie domeny w
sekwencje, które przekroczyły pierwszy próg zostaną zgłoszone na drugiej liście, więc
że liczba domen zgłoszonych na liście per-sequence jest zgodna z
numer, który pojawia się na liście domen. Ważny Uwagi: tylko jedna domena w
sekwencja jest całkowicie kontrolowana przez ten parametr lub przez --domT. Drugi i
kolejne domeny w sekwencji mają de facto próg punktacji bitów równy 0, ponieważ
o szczegółach działania HMMER. HMMER wymaga co najmniej jednego przejścia przez
główny model na sekwencję; zrobić więcej niż jedno przejście (więcej niż jedną domenę)
wyrównanie wielodomenowe musi mieć lepszy wynik niż wyrównanie do jednej domeny,
dlatego dodatkowe domeny muszą mieć pozytywny wynik. Zobacz podręcznik użytkownika
więcej szczegółów.

--Naprzód
Użyj algorytmu Forward zamiast algorytmu Viterbiego, aby określić
wyniki sekwencji. Wyniki dla poszczególnych domen są nadal określane przez algorytm Viterbiego.
Niektórzy twierdzą, że Forward jest bardziej czułym algorytmem do wykrywania zdalnego
homologi sekwencji; moje eksperymenty z HMMERem tego jednak nie potwierdziły.

--informuj
Potwierdź, że dane wejściowe plik kolejny jest w formacie ; nie uruchamiaj formatu Babelfish
autodetekcja. Zwiększa to nieco niezawodność programu, ponieważ
Babelfish może popełniać błędy; szczególnie polecany do bezobsługowych,
przebiegi przepustowości HMMER. Prawidłowe ciągi formatu to FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, SZTOKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL i PHYLIP. Zobacz Podręcznik użytkownika, aby znaleźć
pełna lista.

--null2
Wyłącz drugi model zerowy post hoc. Domyślnie każda linia trasowania jest przywracana przez
etap przetwarzania końcowego, który uwzględnia możliwą stronniczą kompozycję w obu
HMM lub sekwencję docelową. Jest to prawie niezbędne przy przeszukiwaniu baz danych,
zwłaszcza w przypadku lokalnych modeli wyrównania. Jest bardzo mała szansa, że ​​to
przetwarzanie końcowe może usunąć prawdziwe dopasowania, a w takich przypadkach --null2 może ulec poprawie
czułość kosztem zmniejszenia swoistości przez dopuszczenie obciążonego składu
uderza.

--pwm Uruchom na równoległej maszynie wirtualnej (PVM). PVM musi już działać. ten
program klienta hmm2search-pvm musi być zainstalowany na wszystkich węzłach PVM. Opcjonalnie PVM
wsparcie musiało zostać wkompilowane w HMMER.

--xnu Włącz filtrowanie XNU sekwencji białek docelowych. Nie ma wpływu na kwas nukleinowy
sekwencje. W eksperymentach próbnych --xnu wydaje się działać gorzej niż
domyślny model post hoc null2.

Użyj hmm2search online, korzystając z usług onworks.net