Jest to polecenie idfetch, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
idfetch - pobierz dane biologiczne z serwera NCBI ID1
STRESZCZENIE
pobierz id [-] [-F str] [-G filename] [-Q filename] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l filename] [-n] [-o filename] [-q str] [-s str] [-t N]
OPIS
pobierz id jest klientem serwera ID1 NCBI, który zawiera dużą bazę danych z adnotacjami
sekwencje biologiczne.
OPCJE
Podsumowanie opcji znajduje się poniżej.
- Wydrukuj wiadomość o użyciu
-F str Dodaj określone typy obiektów (rozdzielane przecinkami); dozwolone wartości to CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA i mikroRNA.
-G filename
Plik z listą GI, (wersjonowanymi) uprawnieniami, identyfikatorami FASTA SeqID do zrzutu
-Q filename
Wygeneruj listę GI na podstawie zapytania Entrez w filename; wymaga -dn or -dp.
-c N Maksymalna złożoność:
0 pobierz cały obiekt blob (domyślnie)
1 otrzymuję interesujący mnie bioseq
2 zdobądź minimalny zestaw bioseq zawierający interesujący Cię bioseq
3 uzyskaj minimalny nuc-prot zawierający interesujący bioseq
4 zdobądź minimalny zestaw pubowy zawierający interesujący Cię bioseq
-d str Baza danych do użycia (z -q, może być n dla nukleotydów lub p dla białek).
-e N Numer jednostki (numer pobierania) do zrzutu
-f str Spłaszczony SeqId. Możliwe formaty:
rodzaj([Nazwa][,[przystąpienie][,[zwolnić][,wersja]]]) jako „5(HUMHBB)”
rodzaj=przystąpienie
rodzaj:numer
(rodzaj jest liczbą wskazującą podtyp ASN.1 Seq-id.)
-g N Identyfikator GI dla pojedynczego podmiotu do zrzucenia
-i N Typ wyszukiwania:
0 pobierz wpis sekwencyjny (domyślnie)
1 uzyskaj stan GI (wyjście na stderr)
2 uzyskaj SeqId
3 pobierz historię przewodu pokarmowego (tylko zmiana sekwencji)
4 pobierz historię wersji (każda zmiana w ASN.1)
-l filename
Plik dziennika
-n Wypisz tylko listę oznaczeń geograficznych (z -q i -Q).
-o filename
Nazwa pliku wyjściowego (domyślnie = stdout)
-q str Wygeneruj listę gi na podstawie zapytania Entrez. Wymaga -dn or -dp.
-s str SeqId w stylu FASTA ZAŁĄCZONE W CYTATACH. Formaty:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|acc|loc
osadzić|acc|loc
pi|acc|Nazwa
sp|acc|Nazwa
poklepać|kraj|patent|nast
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|Nazwa
wpb|wejście|łańcuch
-t N Typ wyjścia:
1 SMS ASN.1 (domyślnie)
2 binarne ASN.1
3 GenBank (tylko wejście kolejne)
4 GenPept (tylko wejście kolejne)
5 FASTA (tabela historii)
6 wyników jakości (tylko wpis kolejny)
7 Entrez DocSums
8 FASTA uzupełnienie odwrotne
Użyj idfetch online, korzystając z usług onworks.net
