Jest to polecenie indeksdb_rna, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
indeksdb_rna - narzędzie do filtrowania, mapowania i wybierania OTU odczytów NGS (indexdb)
STRESZCZENIE
indeksdb_rna --odn db.fasta,db.idx [OPCJE]
OPIS
SortMeRNA to narzędzie do biologicznej analizy sekwencji do filtrowania, mapowania i wybierania OTU
NGS czyta. Podstawowy algorytm opiera się na przybliżonych nasionach i pozwala na szybkie i
wrażliwe analizy sekwencji nukleotydowych. Głównym zastosowaniem SortMeRNA jest filtrowanie
rRNA z danych metatranskryptomicznych. Dodatkowe aplikacje obejmują zbieranie OTU i
przypisanie taksonomii dostępne za pośrednictwem QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA przyjmuje jako dane wejściowe plik odczytów (format fasta lub fastq) i jedno lub wiele rRNA
plik(i) bazy danych i sortuje rRNA i odrzucone odczyty do dwóch plików określonych przez
użytkownik. Opcjonalnie może zapewnić wysokiej jakości lokalne wyrównania odczytów rRNA w stosunku do
baza rRNA. SortMeRNA działa z danymi Illumina, 454, Ion Torrent i PacBio i może
wytwarzają ustawienia podobne do SAM i BLAST.
OPCJE
OBOWIĄZKOWY OPCJE
--odn STRING, STRING
plik referencyjny FASTA, plik indeksowy
Przykład:
--odn /ścieżka/do/pliku1.fasta,/ścieżka/do/indeks1
Jeśli przekazujesz wiele plików sekwencji odniesienia, rozdziel je ':'
Przykład:
--odn /ścieżka/f1.fasta,/ścieżka/index1:/ścieżka/f2.fasta,ścieżka/indeks2
OPCJA OPCJE
--szybki BOOL
sugerowana opcja wyrównywania ~99% spokrewnionych gatunków (domyślnie: wyłączona)
--wrażliwy BOOL
sugerowana opcja wyrównywania ~75-98% spokrewnionych gatunków (domyślnie: włączona)
--katalog tmp STRING
katalog, w którym mają być zapisywane pliki tymczasowe
-m INT ilość pamięci (w MB) na zbudowanie indeksu (domyślnie: 3072)
-L INT długość nasion (domyślnie: 18)
--max_poz INT
maksymalna liczba pozycji do przechowywania dla każdego unikalnego L-meru (domyślnie: 10000, ustawienie
--max_poz 0 zapisze wszystkie pozycje)
-v BOOL
gadatliwy
-h BOOL
pomoc
Użyj indeksdb_rna online, korzystając z usług onworks.net
