To jest polecenie indigo-deco, które można uruchomić w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych internetowych stacji roboczych, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
indigo-deco - detekcja rusztowania cząsteczkowego i dekonwolucja grupy R
STRESZCZENIE
indygo-deco pliki [parametry]
indygo-deco -h
OPIS
indygo-deco przeprowadza wykrywanie rusztowań cząsteczkowych i dekonwolucję grupy R. Przyjęty
formaty to: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES i CML.
OPCJE
indygo-deco akceptuje następujące parametry.
-h Wydrukuj wiadomość pomocy
-a Oblicz przybliżone rusztowanie (domyślnie jest dokładne)
-s
Zapisz maksymalne znalezione rusztowanie do molfile
-S
Zapisz wszystkie znalezione rusztowania do pliku SD
-l
Nie obliczaj rusztowania, ale załaduj je z pliku
-sr
Zapisz rusztowanie z witrynami R do pliku
-o
Zapisz otrzymane podświetlone cząsteczki do pliku
-r
Otrzymane cząsteczki z rozdzielonymi grupami r zapisz do pliku
-nie Brak rozważań aromatycznych
-- Oznacza koniec opcji
PRZYKŁADY
indygo-deco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Odczyt molekuł z molfile w bieżącym katalogu, zapisanie maksymalnego znalezionego rusztowania
do scaf.mol i zapisz podświetlone molekuły do hl.sdf.
indygo-deco struktura.mol wiele.sdf -s rusztowanie.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Odczytaj jedną cząsteczkę z pliku structure.mol i wiele cząsteczek z pliku many.sdf, zapisz
molekuły z r-rgoups do rg.sdf i zapisz wszystkie znalezione rusztowania do allscafs.sdf.
indygo-deco *.smi -d gotowy scaf.mol -o hl.sdf
Czytaj wiele cząsteczek z każdego pliku SMILES w bieżącym katalogu, czytaj
scaffold z readyscaf.mol i zapisz zaznaczone molekuły w hl.sdf.
Korzystaj z indigo-deco online korzystając z usług onworks.net
