Jest to polecenie kissreads, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
kissreads - strona podręcznika dla kissreads 1.2.6
OPIS
NAME kissReads, wersja modułu kissreads 1.2.6 - Copyright INRIA - Licencja CeCILL
SKŁADNIA kissreads/kissreads [
[
[-I] [-i krok_indeksu] [-m plik_wyrównania] [-s] [-f] [-h]
OPIS Sprawdza dla każdej sekwencji zawartej w toCheck.fasta, czy jest odczytana
spójne (każda pozycja jest objęta przynajmniej odczytami „min_coverage”) z odczytami z
readsA.fasta lub readsB.fasta Sekwencja z toCheck jest traktowana w następujący sposób:
jeśli (jest spójny z co najmniej jednym zestawem do odczytu): wyślij sekwencję w następujący sposób
>oryginalny komentarz fasta|C1:min s
Z A: min
pokrycie w odczytachA.fasta < średnie pokrycie w odczytachA.fasta — skorygowane R-kwadrat
średnia w odczytachA.fa < wartość pozycji o maksymalnym pokryciu w
readsA.fasta Zasięg to liczba odczytów, które idealnie odwzorowały pozycję
Jakakolwiek inna sytuacja (nie jest spójna z żadną): para nie jest czytana spójna, nie
wydany
OPCJE
-k size_seed: użyje nasion o długości size_seed. Domyślnie: 25.
-O minimal_read_overlap: odczyt można zmapować, jeśli jego nakładanie się jest najmniejsze
„minimalna_nakładka_odczytu”. Domyślnie: k
-c min_coverage: sekwencja jest pokryta spójnymi odczytami co najmniej min_coverage. Domyślnie: 2
-d max_substitutions: Maksymalna liczba podmian dozwolonych między odczytem a a
fragment. Zwróć uwagę, że żadna zmiana nie jest dozwolona na pozycji środkowej, gdy
analizowanie wyjścia kissnp. Domyślnie: 1.
-o nazwa_pliku: zapisz dane wyjściowe spójne do odczytu. Domyślnie: wyjście standardowe
-u nazwa_pliku: zapisz nieprzeczytane spójne dane wyjściowe. Domyślnie: wyjście standardowe
-n plik wejściowy (toCheck.fasta) to wyjście kissnp (niekompatybilne z -I opcjonalnie)
w tym przypadku: 1/ tylko górne znaki są brane pod uwagę (bez mapowania na
rozszerzeń) i 2/ centralna pozycja (gdzie występuje SNP) jest ściśle odwzorowana,
na tym stanowisku nie jest dozwolona żadna substytucja.
-I plik wejściowy (toCheck.fasta) to wyjście Intl (niekompatybilne z -n opcjonalnie)
-i index_stride (wartość int). Jest to heurystyka ograniczająca zużycie pamięci.
Zamiast indeksować każdy kmer sekwencji zawartych w toCheck.fasta,
kissreads indeksuje kmery występujące w każdej pozycji "index_stride". Domyślnie = 1 (nie
heurystyka)
-t maksymalna liczba wątków (również ograniczona liczbą plików wejściowych)
-m align_file, zapisz plik odczytów odwzorowanych na sekwencje w pliku align_file
-s tryb cichy
-f wyprowadza spójne zdarzenia w standardowym formacie pliku fasta
-h wypisuje tę wiadomość i wychodzi
Korzystaj z kissreads online za pomocą usług onworks.net
