To jest polecenie macs2_bdgbroadcall, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_bdgbroadcall — analiza oparta na modelu dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 bdgbroadcall [-h] -i IPLIK [-c SZCZYT CIĘCIA] [-C ŁĄCZE ODCIĘCIA]
[-l MINLEN] [-g LVL1MAXGAP] [-G LVL2MAXGAP]
[--outdir OUTDIR] (-o OFILE | --o-przedrostek OPREFIKS)
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-i IFILE, --plik IFILE
Wynik MACS w bedGraph. WYMAGANY
-c SZCZYT ODCIĘCIA, --szczyt odcięcia SZCZYT ODCIĘCIA
Wartość odcięcia dla wartości szczytowych w zależności od metody użytej do śledzenia wyników. Jeśli plik
zawiera wyniki qvalue z MACS2, wynik 2 oznacza qvalue 0.01. DOMYŚLNY: 2
-C ŁĄCZNIK ODCIĘTY, --link-odcinający LINK ODCIĘTY
Punkt odcięcia dla łączenia regionów/regionów o niskiej liczebności w zależności od użytej metody
dla ścieżki punktacji. Jeśli plik zawiera wyniki qvalue z MACS2, wynik 1 oznacza
qwartość 0.1, a wynik 0.3 oznacza qwartość 0.5. DOMYŚLNY: 1
-l MINLEN, --minimalna długość MINLENA
minimalna długość piku, lepiej ustawić ją jako wartość d. DOMYŚLNIE: 200
-g LVL1MAXGAP, --lvl1-max-gap LVL1MAXGAP
maksymalną przerwę pomiędzy znaczącymi pikami, lepiej ustawić ją jako rozmiar znacznika. DOMYŚLNIE: 30
-G LVL2MAXGAP, --lvl2-max-gap LVL2MAXGAP
maksymalne powiązanie pomiędzy znaczącymi pikami, lepiej ustawić je jako 4-krotność wartości d.
DOMYŚLNIE: 800
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
-o OFILE, --oplik OFILE
Nazwa pliku wyjściowego. Wzajemnie wykluczające się z --o-przedrostek.
--o-przedrostek OPREFIKS
Przedrostek pliku wyjściowego. Wzajemnie wykluczające się z -o/--plik.
Korzystaj z macs2_bdgbroadcall online, korzystając z usług onworks.net
