Jest to polecenie macs2_bdgopt, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2_bdgopt — Analiza oparta na modelu dla sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 bdgopt [-h] -i IPLIK [-m {pomnóż, dodaj, p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir ZEWNĘTRZ] -o
OFILE
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
-i IFILE, --plik IFILE
Wynik MACS w bedGraph. Uwaga: musi to być plik bedGraph obejmujący CAŁOŚĆ
genom. WYMAGANY
-m {pomnóż, dodaj, p2q}, --metoda {pomnóż, dodaj, p2q}
Metoda modyfikacji kolumny wyników w pliku bedGraph. Dostępne opcje to:
pomnóż, dodaj lub p2q. 1) pomnóż, EXTRAPARAM jest wymagany i będzie
pomnożona przez kolumnę wyniku. Jeśli zamierzasz podzielić kolumnę wyniku przez X, użyj
wartość 1/X jako EXTRAPARAM. 2) dodaj, EXTRAPARAM jest wymagany i zostanie dodany
kolumna wyników. Jeśli zamierzasz odjąć kolumnę wyniku przez X, użyj wartości -X
jako EXTRAPARAM. 3) p2q, spowoduje to konwersję wyników wartości p na wyniki wartości q za pomocą
Proces Benjaminiego-Hochberga. EXTRAPARAM nie jest wymagany. Ta metoda zakłada
wyniki są -log10 wartość p z MACS2. Wszelkie inne rodzaje wyników spowodują
nieoczekiwane błędy.
-p [EKTRAPARAM [EKTRAPARAM...]], --dodatkowy parametr [EKTRAPARAM [EKTRAPARAM...]]
Dodatkowy parametr METHOD. Sprawdź szczegóły -m opcja.
--zewnętrzny ZEWN
Jeśli zostanie określony, wszystkie pliki wyjściowe zostaną zapisane w tym katalogu. Domyślnie:
bieżący katalog roboczy
-o OFILE, --oplik OFILE
Wyjściowa nazwa pliku BEDGraph.
Używaj macs2_bdgopt online, korzystając z usług onworks.net
