To jest polecenie macs2, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z wielu naszych bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
macs2 - macs2 - Analiza oparta na modelach do sekwencjonowania ChIP
OPIS
użycie: macs2 [-h] [--wersja]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
Mac2 -- Analiza oparta na modelu do sekwencjonowania ChIP
pozycyjny argumenty:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
rozmowa telefoniczna
Główna funkcja MACS2: szczyty połączeń z wyników wyrównania.
bdgpeakcall
Wywołaj szczyty z danych wyjściowych bedGraph. Uwaga: Wszystkie regiony na tym samym chromosomie w
bedGraph powinien być ciągły, więc tylko pliki bedGraph z MACS2 są
dopuszczalne.
bdgbroadcall
Wywołaj szerokie piki z danych wyjściowych bedGraph. Uwaga: Wszystkie regiony na tym samym chromosomie w
plik bedGraph powinien być ciągły, więc tylko pliki bedGraph z MACS2 są
dopuszczalne.
bdgcmp Odejmij szum, porównując dwie ścieżki sygnału w bedGraph. Uwaga: wszystkie regiony na
ten sam chromosom w pliku bedGraph powinien być ciągły, więc tylko pliki bedGraph
z MACS2 są dopuszczalne.
bdgopt Operacje na kolumnie punktacji pliku bedGraph. Uwaga: wszystkie regiony na tym samym
chromosom w pliku bedGraph powinien być ciągły, więc tylko pliki bedGraph z
MACS2 są dopuszczalne.
cmbreps
Połącz BEDGraphs wyników z powtórzeń. Uwaga: wszystkie regiony na tym samym
chromosom w pliku bedGraph powinien być ciągły, więc tylko pliki bedGraph z
MACS2 są dopuszczalne.
bdgdiff
Różnicowa detekcja pików oparta na sparowanych czterech plikach bedgraph. Uwaga: wszystkie regiony
na tym samym chromosomie w pliku bedGraph powinien być ciągły, więc tylko bedGraph
pliki z MACS2 są dopuszczalne.
filtrowanie
Usuń zduplikowane odczyty w tej samej pozycji, a następnie przekonwertuj akceptowalny format na BED
Format.
przewidział
Przewiduj d lub rozmiar fragmentu na podstawie wyników wyrównania. *NIE filtruje duplikatów*
pileup Wyrównane odczyty Pileup z podanym rozmiarem rozszerzenia (rozmiar fragmentu lub d w MACS
język). Uwaga: nie będzie etapu filtrowania ani sekwencjonowania zduplikowanych odczytów
skalowanie głębi, więc może być konieczne wykonanie pewnego przetwarzania wstępnego/końcowego.
próbka losowa
Losowa liczba próbek/procent wszystkich odczytów.
udoskonalić szczyt
(Eksperymentalne) Wykonaj wyrównanie odczytów surowych, doprecyzuj szczyty i podaj wyniki
pomiar równowagi znaczników waston/crick. Zainspirowany SPP.
fakultatywny argumenty:
-h, --help
pokaż tę wiadomość pomocy i wyjdź
--wersja
pokaż numer wersji programu i wyjdź
Aby wyświetlić opcje wiersza poleceń każdego polecenia, wpisz: macs2 POLECENIE -h
Korzystaj z macs2 online, korzystając z usług onworks.net
