maqview - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

Maqview — indeksator i przeglądarka wyrównania Maq

STRESZCZENIE

maqindex -i|-v|-b [-c w.cns] w.mapa [chr[:początek[-zakończenia]] [...]]

maqview [-c w.cns] w.mapa

OPIS

Maqview to zestaw programów, który zapewnia szybki losowy dostęp do pliku wyrównania
generowane przez `ale Q map' i wyświetla wyrównanie z ładnym GUI (Graphical User
Berło). Jest bardzo wydajny pod względem szybkości, pamięci i wykorzystania dysku. Maqview oparta jest na
OpenGL i działa zarówno w systemie Mac OS X, jak i Linux. Przenoszenie do systemu Windows jest w zasadzie
łatwe.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c w.cns] w.mapa [chr[:początek[-zakończenia]] [...]]

-i Indeksuj plik wyrównania

-v Wydrukuj wyrównanie w określonym regionie w formacie `maq mapview'

-b Zrzuć wyrównanie w określonym regionie w binarnym formacie .map

-c FILE Zindeksuj plik konsensusu Maq do jednoczesnego oglądania w maqview

Program maqindex indeksuje plik wyrównania maq w.mapa lub szybko pobiera wszystkie odczyty w
jeden lub wiele regionów. Jeden z -i, -v i -b musi być użyte. Do -v or -b, przynajmniej jeden
region taki jak `chrX', `chrX:1000' lub `chrX:1,000-2,000' musi być określony. Wiele regionów
są dozwolone.

maqview
maqview [-c w.cns] w.mapa

-c FILE Plik konsensusu Maq

Program maqview wyświetla wyrównanie odczytu w oknie graficznym. Kiedy w.cns is
określona, ​​górna sekwencja jest odniesieniem, po której następuje sekwencja konsensusowa Maq;
w przeciwnym razie zostanie obliczony konsensus na zasadzie większości.

Maqview ma dwa widoki: widok sekwencji i widok pudełka. W widoku sekwencji przeczytaj sekwencje
zostanie wydrukowany na ekranie. Ciemniejsze podstawy wskazują na niższe wartości podstawowe, a czerwone
pokaż różnice w porównaniu z referencją, jeśli w.cns jest określony lub do
jeśli nie, konsensus na zasadzie większości. W widoku pudełkowym znajdują się różne typy nukleotydów
reprezentowane jako kolorowe pola z zielonym dla A, cyjanowym dla C, pomarańczowym dla G, czerwonym dla T i ciemnym
szary dla N. Nasycenie kolorów wskazuje na właściwości bazowe i linie grubości
odczytów pokazuje właściwości odwzorowania wyrównań odczytu. Obsługiwane jest tylko przybliżanie/oddalanie
w widoku pudełka. W obu widokach pasek stanu u dołu okna pokaże niektóre
informacje o klawiszach oraz czytać nazwy i podstawowe cechy wskazywane przez mysz.

Poruszanie się po wyrównaniu odbywa się za pomocą różnych powiązań klawiszy.

· Wiązania klawiszy:

? Wyświetl pomoc
Wyjście
Widok sekwencji
Widok pudełka
p Przełącz na poprzednią sekwencję referencyjną
n Przejdź do następnej sekwencji referencyjnej
r Odśwież

Przejdź do pozycji wskazanej przez
h / Przesuń się w lewo o jedną bazę
l / Przesuń się w prawo o jedną bazę
k / Przejdź w górę o jedną linię
J / Przesuń w dół o jedną linię
> Przejdź do następnego czytania
< Przejdź do poprzedniego odczytu
g / Przejdź na początek bieżącego odniesienia
G / Przejdź na koniec bieżącego odniesienia
ty / Przejdź w lewo o jedną stronę
/ Przejdź w prawo o jedną stronę
Przesuń się o 100 baz
Przenieś się o 1000 baz

+ Dodaj nowy widok
- Usuń bieżący widok

Włącz/wyłącz automatyczne przewijanie w prawo
^b Włącz/wyłącz automatyczne przewijanie w lewo
+ Powiększ
- Pomniejsz
0 Powiększ do skali domyślnej
q Przełącz pokaż/ukryj jakość odwzorowania
e Przełącz wyświetlanie jakości mapowania SE/PE
o Otwórz nowy plik wyrównania

· Wprowadź liczbę całkowitą, a następnie naciśnij aby przeskoczyć do wymaganej pozycji.

· Wprowadź liczbę całkowitą, a następnie naciśnij klawisz inny niż aby przyspieszyć przewijanie przez
określony współczynnik.

· Kliknij lewym przyciskiem myszy i przeciągnij żółty krzyżyk w kwadracie, aby poruszać się po sekwencji. Dobrze
kliknij odwołanie, aby podświetlić kolumnę.

Korzystaj z maqview online za pomocą usług onworks.net