To jest polecenie dopasowujące, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
matcher - lokalne dopasowanie dwóch sekwencji Watermana-Eggerta
STRESZCZENIE
dopasowanie -sekwencja sekwencja -sekwencja sekwencja [-plik danych matryca] [-alternatywy liczba całkowita]
[-otwórz lukę liczba całkowita] [-wydłuż lukę liczba całkowita] -plik wyjściowy wyrównać
dopasowanie -Pomoc
OPIS
dopasowanie to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Wyrównanie:lokalne”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja sekwencja
-sekwencja sekwencja
-plik danych matryca
Jest to plik macierzy punktacji używany podczas porównywania sekwencji. Domyślnie jest to
plik „EBLOSUM62” (dla białek) lub plik „EDNAFULL” (dla sekwencji nukleinowych). Te
pliki znajdują się w katalogu 'data' instalacji EMBOSS.
Dodatkowy Sekcja
-alternatywy liczba całkowita
Ustawia to liczbę wyników alternatywnych dopasowań. Domyślnie tylko najwyższa
pokazano wyrównanie punktacji. Wartość 2 daje inne rozsądne wyrównania. w
niektóre przypadki, np. porównania wielodomenowych białek cDNA i genomowego DNA,
mogą istnieć inne interesujące i znaczące dostosowania. Wartość domyślna: 1
-otwórz lukę liczba całkowita
Kara za przerwę to wynik odebrany po utworzeniu przerwy. Najlepsza wartość zależy
w sprawie wyboru macierzy porównawczej. Domyślna wartość 14 zakłada, że używasz
Macierz EBLOSUM62 dla sekwencji białek lub wartość 16 i macierz EDNAFULL dla
sekwencje nukleotydowe. Wartość domyślna: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-wydłuż lukę liczba całkowita
Kara za długość przerwy lub przedłużenie przerwy jest dodawana do standardowej kary za przerwę za
każdą zasadę lub pozostałość w przerwie. W ten sposób karane są długie przerwy. Zwykle będziesz
spodziewaj się kilku długich przerw zamiast wielu krótkich, więc kara za przedłużenie przerwy
powinna być niższa niż kara za przerwę. Wyjątkiem jest sytuacja, w której jedna lub obie sekwencje są
pojedyncze odczyty z możliwymi błędami sekwencjonowania, w takim przypadku można by się spodziewać wielu
pojedyncze szczeliny bazowe. Możesz uzyskać ten wynik, ustawiając karę za przerwę na zero (lub bardzo
niski) i wykorzystanie kary za wydłużenie przerwy do kontrolowania punktacji przerwy. Domyślna wartość:
@($(białko acd)? 4 : 4)
Wydajność Sekcja
-plik wyjściowy wyrównać
Korzystaj z matchere online za pomocą usług onworks.net
