mdrun_mpi_d.openmpi - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-mdrun - Wykonaj symulację, wykonaj analizę w trybie normalnym lub minimalizację energii

STRESZCZENIE

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-stół [<.xvg>]]
[-tablet [<.xvg>]] [-stół [<.xvg>]] [-stółb [<.xvg>]]
[-ponowne odtworzenie [<.xtc/.trr/...>]] [-jajko [<.edi>]]
[-wielokier [ [...]]] [-zapamiętany [<.dat>]] [-poseł [<.góra>]]
[-min [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-pole [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-pobożny [<.xvg>]] [-uruchom [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-Ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-Jeśli [<.xvg>]] [-zamieniać [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-ddzamówienie ]
[-np ja ] [-nie ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Pin ] [-przesunięcie pinów ]
[-prosto ] [-identyfikator_gpu ] [-[nie]ddsprawdź]
[-rdd ] [-rkon ] [-dlb ] [-dd ]
[-gcom ] [-NB ] [-nstlista ] [-[nie]dopasuj mnie]
[-[nie]w] [-[nie]kompaktowy] [-psiła ] [-[nie]reprodukcja]
[-kpt ] [-[nie]liczba numerów] [-[nie]dołącz] [-nkroki ]
[-maks ] [-wielo ] [-odruch ] [-dalej ]
[-nasiona ]

OPIS

Niniejsze wersja of dotychczasowy program będzie tylko biegać jednocześnie za pomocą dotychczasowy OtwórzMPI równolegle computing
biblioteka. See mpiruna(1). Zastosowanie dotychczasowy normalna gmx(1) program dla Konwencjonalny jednowątkowy
operacje.

gmx mdrun jest głównym silnikiem chemii obliczeniowej w GROMACS. Oczywiście, to
wykonuje symulacje dynamiki molekularnej, ale może również wykonywać symulacje dynamiki stochastycznej,
Minimalizacja energii, wstawianie cząstek testowych lub (ponowne) obliczanie energii. Tryb normalny
analiza to kolejna opcja. W tym przypadku mdrun buduje macierz Hessian z single
struktura. W przypadku zwykłych obliczeń podobnych do trybów normalnych upewnij się, że struktura
pod warunkiem, że jest odpowiednio zminimalizowany energetycznie. Wygenerowaną macierz można diagonalizować przez gmx
nmeig.

mdrun program odczytuje uruchomiony plik wejściowy (-s) i rozkłada topologię na rangi if
potrzebne. mdrun tworzy co najmniej cztery pliki wyjściowe. Pojedynczy plik dziennika (-g) jest napisane.
Plik trajektorii (-o), zawiera współrzędne, prędkości i opcjonalnie siły. The
plik struktury (-c) zawiera współrzędne i prędkości ostatniego kroku. Energia
plik (-e) zawiera energie, temperaturę, ciśnienie itp., wiele z tych rzeczy jest
wydrukowane również w pliku dziennika. Opcjonalnie współrzędne można zapisać do skompresowanego
plik trajektorii (-x).

Opcja -dhdl jest używany tylko wtedy, gdy włączone jest obliczanie darmowej energii.

Wydajne równoległe uruchamianie mdrun to złożony temat, którego wiele aspektów jest złożonych
omówione w internetowym podręczniku użytkownika. Powinieneś tam szukać praktycznych porad dotyczących korzystania z wielu
z opcji dostępnych w mdrun.

Próbkowanie ED (zasadnicza dynamika) i/lub dodatkowe potencjały zalewania są włączane przez
używając -jajko flaga, po której następuje .edi plik. The .edi plik można utworzyć za pomocą
make_edi lub za pomocą opcji w menu essdyn programu CO JEŚLI. mdrun
produkuje .xvg plik wyjściowy zawierający rzuty położeń, prędkości i sił
na wybrane wektory własne.

Po wybraniu zdefiniowanych przez użytkownika funkcji potencjału w pliku .mdp złożyć -stół
opcja służy do przejścia mdrun sformatowana tabela z potencjalnymi funkcjami. Plik jest czytany
z bieżącego katalogu lub z GMXLIB informator. Liczba wstępnie sformatowanych
tabele znajdują się w tzw GMXLIB reż., dla 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
potencjały z normalnym kulombem. Gdy występują interakcje w parach, oddzielna tabela dla
Funkcje interakcji par są odczytywane za pomocą -stół opcja.

Gdy w topologii obecne są tabelaryczne funkcje powiązane, są to funkcje interakcji
czytać za pomocą -stółb opcja. Dla każdej innej interakcji zestawionej w tabeli wpisz tabelę
nazwa pliku jest modyfikowana w inny sposób: przed rozszerzeniem pliku znajduje się podkreślenie
dołączone, następnie „b” dla wiązań, „a” dla kątów lub „d” dla dwuścianów i wreszcie
numer tabeli typu interakcji.

Opcje -px oraz -pf służą do zapisywania współrzędnych pull COM i sił podczas ściągania
jest wybrany w .mdp plik.

Wreszcie, niektóre algorytmy eksperymentalne mogą być testowane, gdy dostępne są odpowiednie opcje
dany. Obecnie badane są: polaryzowalność.

Opcja -zapamiętany robi to, co kiedyś było g_membed, tj. osadza białko w błonie.
Ten moduł wymaga szeregu ustawień, które są dostępne w pliku danych, który jest
argument tej opcji. Aby uzyskać więcej informacji na temat osadzania membrany, zapoznaj się z dokumentacją w
podręcznik użytkownika. Opcje -min oraz -poseł służą do udostępniania plików indeksu i topologii
służy do osadzania.

Opcja -psiła jest przydatne, gdy podejrzewasz, że symulacja ulega awarii z powodu zbyt dużego rozmiaru
siły. Dzięki tej opcji współrzędne i siły atomów o sile większej niż a
pewna wartość zostanie wydrukowana na stderr.

Punkty kontrolne zawierające pełny stan systemu są zapisywane w regularnych odstępach czasu
(opcja -kpt) do pliku -cpo, chyba że opcja -kpt jest ustawiony na -1. Poprzedni punkt kontrolny
jest tworzona kopia zapasowa stan_poprzedni.cpt aby upewnić się, że ostatni stan systemu jest zawsze
dostępne, nawet jeśli symulacja zostanie zakończona podczas zapisywania punktu kontrolnego. Z -liczba numerów
wszystkie pliki punktów kontrolnych są przechowywane i dołączane z numerem kroku. Symulacja może być
kontynuowano, czytając pełny stan z pliku z opcją -cpi. Ta opcja jest inteligentna
w taki sposób, że jeśli żaden plik punktu kontrolnego nie zostanie znaleziony, GROMACS po prostu zakłada normalny bieg i
zaczyna się od pierwszego kroku .tpr plik. Domyślnie dane wyjściowe będą dołączane do
istniejące pliki wyjściowe. Plik punktu kontrolnego zawiera sumy kontrolne wszystkich plików wyjściowych,
tak, że nigdy nie utracisz danych, gdy niektóre pliki wyjściowe zostaną zmodyfikowane, uszkodzone lub
REMOVED. Istnieją trzy scenariusze z -cpi:

* nie ma plików o pasujących nazwach: zapisywane są nowe pliki wyjściowe

* wszystkie pliki są obecne z nazwami i sumami kontrolnymi odpowiadającymi tym przechowywanym w punkcie kontrolnym
plik: pliki są dołączane

* w przeciwnym razie żadne pliki nie zostaną zmodyfikowane i zostanie wygenerowany błąd krytyczny

Wraz z -niedołącz otwierane są nowe pliki wyjściowe i do wszystkich dodawany jest numer części symulacji
nazwy plików wyjściowych. Zauważ, że we wszystkich przypadkach sam plik punktu kontrolnego nie jest zmieniany i
zostanie nadpisany, chyba że jego nazwa nie pasuje do -cpo opcja.

W przypadku punktów kontrolnych dane wyjściowe są dołączane do wcześniej zapisanych plików wyjściowych, chyba że
-niedołącz jest używany lub żaden z poprzednich plików wyjściowych nie jest obecny (z wyjątkiem
plik punktu kontrolnego). Integralność dołączanych plików jest weryfikowana za pomocą sum kontrolnych
które są przechowywane w pliku punktu kontrolnego. Zapewnia to, że dane wyjściowe nie mogą być pomieszane lub
uszkodzony z powodu dołączania pliku. Gdy obecne są tylko niektóre z poprzednich plików wyjściowych,
generowany jest błąd krytyczny i żadne stare pliki wyjściowe nie są modyfikowane ani żadne nowe pliki wyjściowe
są otwarte. Wynik z dołączeniem będzie taki sam jak z pojedynczego przebiegu. The
zawartość będzie binarnie identyczna, chyba że użyjesz innej liczby rang lub dynamiki
równoważenie obciążenia lub biblioteka FFT wykorzystuje optymalizacje poprzez synchronizację.

Z opcji -maks symulacja zostaje zakończona, a plik punktu kontrolnego zostaje zapisany jako pierwszy
krok wyszukiwania sąsiada, w przypadku przekroczenia czasu działania -maks*0.99 godz. Ta opcja jest
szczególnie przydatne w połączeniu z ustawieniem kroki na -1 albo w mdp, albo przy użyciu
podobnie nazwana opcja wiersza poleceń. Powoduje to nieskończony bieg, tylko zakończony
kiedy limit czasu ustalony przez -maks zostanie osiągnięty (jeśli występuje) lub po odebraniu sygnału.

Kiedy mdrun otrzyma sygnał TERM, ustawi nkroków na bieżący krok plus jeden. Gdy
mdrun otrzyma sygnał INT (np. po naciśnięciu ctrl+C), zatrzyma się po następnym
krok wyszukiwania sąsiada (z nstlist=0 w następnym kroku). W obu przypadkach wszystko co zwykle
dane wyjściowe zostaną zapisane do pliku. Podczas pracy z MPI, sygnał do jednego z mdrun szeregi
jest wystarczający, sygnał ten nie powinien być wysyłany do mpiruna ani do mdrun proces, który jest
rodzic innych.

Interaktywną dynamikę molekularną (IMD) można aktywować za pomocą co najmniej jednego z trzech
Przełączniki IMD: The -imdterm przełącznik umożliwia zakończenie symulacji z poziomu
przeglądarka molekularna (np. VMD). Z -czekam, mdrun zatrzymuje się, gdy nie ma klienta IMD
połączony. Ciągnięcie z pilota IMD można włączyć przez -imdpull. Port mdrun
słuchane mogą być zmieniane przez -import.Plik wskazany przez -Jeśli zawiera indeksy atomowe i
siły, jeśli stosowane jest ciągnięcie IMD.

Kiedy mdrun jest uruchamiany z MPI, domyślnie nie działa ładnie.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Przenośny plik wejściowy xdr run

-cpi [<.cpt>] (stan.cpt) (Opcjonalnie)
Plik punktu kontrolnego

-stół [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tablet [<.xvg>] (tabliczkaf.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-stół [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-stółb [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ponowne odtworzenie [<.xtc/.trr/...>] (ponowne uruchomienie.xtc) (Opcjonalnie)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-jajko [<.edi>] (sam.edi) (Opcjonalnie)
Wejście próbkowania ED

-wielokier [ [...]] (bieg) (Opcjonalnie)
Uruchom katalog

-zapamiętany [<.dat>] (pamięć.data) (Opcjonalnie)
Ogólny plik danych

-poseł [<.góra>] (góra pamięci) (Opcjonalnie)
Plik topologii

-min [<.ndx>] (pamięć.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

Opcje do określenia plików wyjściowych:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Pełna precyzyjna trajektoria: tr CPT tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Opcjonalnie)
Skompresowana trajektoria (format tng lub przenośny format xdr)

-cpo [<.cpt>] (stan.cpt) (Opcjonalnie)
Plik punktu kontrolnego

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Plik struktury: Gro g96 pdb brk ent szczególnie

-e [<.edr>] (ener.edr)
Plik energetyczny

-g [<.log>] (log.md)
Plik dziennika

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pole [<.xvg>] (pole.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pobożny [<.xvg>] (odchylenie.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-uruchom [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pull.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (obrót.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-Ra [<.log>] (rotangles.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-rt [<.log>] (moment obrotowy.log) (Opcjonalnie)
Plik dziennika

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opcjonalnie)
Hesja macierz

-dn [<.ndx>] (dipol.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

-Jeśli [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

-zamieniać [<.xvg>] (swapiony.xvg) (Opcjonalnie)
plik xvgr/xmgr

Inne opcje:

-deffnm
Ustaw domyślną nazwę pliku dla wszystkich opcji plików

-xvg
Formatowanie wykresu xvg: xmgrace, xmgr, brak

-dd (0 0 0)
Siatka rozkładu domeny, 0 oznacza optymalizację

-ddzamówienie (przekładać)
Kolejność rang DD: przeplot, pp_pme, kartezjański

-np ja (-1)
Liczba oddzielnych rang, które mają być używane dla PME, -1 to wartość domyślna

-nie (0)
Całkowita liczba wątków do uruchomienia (0 to zgadywanie)

-ntmpi (0)
Liczba wątków MPI do uruchomienia (0 to zgadywanie)

-ntomp (0)
Liczba wątków OpenMP na rangę MPI do uruchomienia (0 to zgadywanie)

-ntomp_pme (0)
Liczba wątków OpenMP na rangę MPI do uruchomienia (0 to -ntomp)

-Pin (automatyczny)
Czy mdrun powinien próbować ustawić koligacje wątków: auto, on, off

-przesunięcie pinów (0)
Najniższy logiczny numer rdzenia, do którego mdrun powinien przypiąć pierwszy wątek

-prosto (0)
Odległość przypinania w rdzeniach logicznych dla wątków, użyj 0, aby zminimalizować liczbę
wątków na rdzeń fizyczny

-identyfikator_gpu
Lista identyfikatorów urządzeń GPU do użycia, określa ranking PP na węzeł do mapowania GPU

-[nie]ddsprawdź (tak)
Sprawdź wszystkie powiązane interakcje z DD

-rdd (0)
Maksymalną odległość dla oddziaływań związanych z DD (nm), 0 wyznacza się z
współrzędne początkowe

-rkon (0)
Maksymalna odległość dla P-LINCS (nm), 0 to wartość szacunkowa

-dlb (automatyczny)
Dynamiczne równoważenie obciążenia (z DD): auto, nie, tak

-dd (0.8)
Ułamek w (0,1), o którego odwrotność początkowa wielkość komórki DD zostanie zwiększona
w celu zapewnienia marginesu, w którym dynamiczne równoważenie obciążenia może działać przy jednoczesnym zachowaniu
minimalny rozmiar komórki.

-gcom (-1)
Globalna częstotliwość komunikacji

-NB (automatyczny)
Oblicz niezwiązane interakcje na: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlista (0)
Ustaw nstlist, gdy używasz tolerancji bufora Verlet (0 to zgadywanie)

-[nie]dopasuj mnie (tak)
Zoptymalizuj obciążenie PME między rangami PP/PME lub GPU/CPU

-[nie]w (Nie)
Bądź głośny i hałaśliwy

-[nie]kompaktowy (tak)
Napisz kompaktowy plik dziennika

-psiła (-1)
Wydrukuj wszystkie siły większe niż to (kJ/mol nm)

-[nie]reprodukcja (Nie)
Staraj się unikać optymalizacji, które wpływają na odtwarzalność binarną

-kpt (15)
Odstęp między punktami kontrolnymi (minuty)

-[nie]liczba numerów (Nie)
Przechowuj i numeruj pliki punktów kontrolnych

-[nie]dołącz (tak)
Dołącz do poprzednich plików wyjściowych, gdy kontynuujesz od punktu kontrolnego zamiast dodawania
numer części symulacji do wszystkich nazw plików

-nkroki (-2)
Uruchom tę liczbę kroków, zastępuje opcję pliku .mdp (-1 oznacza nieskończoność, -2 oznacza
użyj opcji mdp, mniejszy jest nieprawidłowy)

-maks (-1)
Zakończ po 0.99 razy tym czasie (godzinach)

-wielo (0)
Wykonuj wiele symulacji równolegle

-odruch (0)
Próbuj okresowo wymieniać repliki z tym okresem (kroki)

-dalej (0)
Liczba losowych wymian do przeprowadzenia każdego interwału wymiany (N^3 to jeden
sugestia). -nex zero lub nieokreślone daje wymianę replik sąsiadów.

-nasiona (-1)
Seed do wymiany replik, -1 to wygenerowanie seeda

Użyj mdrun_mpi_d.openmpi online, korzystając z usług onworks.net