meryl - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

meryl - liczenie km w rdzeniu i poza rdzeniem oraz media

STRESZCZENIE

Doceniający pamięć wymagania
Meryl -P -m rozmiar kilometra [-c #] [-p] -s nast. fasta

Meryl -P -m rozmiar kilometra [-c #] [-p] -n kupiec

Budowanie a stół
Meryl -B -m rozmiar kilometra [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L drobne wystąpienie] [-U maksymalne wystąpienie]
[-wątki n | {-segmenty Segmenty | -pamięć megabajtów} [-wsad konfiguracyjny [-sge Nazwa pracy]]]
-s nast. fasta -o przedrostek tbl

Meryl -liczba partii numer [-sgebuild "qłańcuch opcji podrzędnych"] -o przedrostek tbl

Meryl -łączenie partii numer [-semerge "qłańcuch opcji podrzędnych"] -o przedrostek tbl

Wykonywanie operacje on a stół
Meryl -M działanie [-v] -s przedrostek tbl [-s przedrostek tbl2 ...] -o wydajność

Dumping a stół
Meryl -Dz -s przedrostek tbl

Meryl -Dt -n Mincount -s przedrostek tbl

OPIS

Meryl oblicza zawartość kmera w sekwencjach genomowych. Zawartość Kmer jest reprezentowana jako
listę kmerów i liczbę wystąpień każdego z nich w sekwencjach wejściowych. kmer może być
ograniczone tylko do kmera do przodu, tylko kmera do tyłu lub kmera kanonicznego
(leksykograficznie mniejszy kmer do przodu i do tyłu w każdej lokalizacji). Meryl mogą
zgłoś histogram zliczeń, listę kmerów i ich zliczeń lub możesz wykonać
operacje matematyczne i zbiorowe na przetwarzanych plikach danych.

Moc wyjściowa Meryl to dwa pliki binarne, zwane bazą danych meryl, które można szybko utworzyć
zrzucone, aby zapewnić histogram zliczeń lub rzeczywiste zliczenia. Dostarczona jest biblioteka C++
umożliwiające bezpośredni dostęp do plików.

OPCJE

-P Oszacuj wymagania dotyczące pamięci. Biorąc pod uwagę plik sekwencji (-s) lub górny limit na
liczba merów w pliku (-n), oblicz rozmiar tabeli (-t w kompilacji), aby zminimalizować
wykorzystanie pamięci. Ten tryb rozpoznaje następujące opcje:

-m # wielkość meru (wymagane)

-c # kompresja homopolimeru (opcjonalnie)

-p włączyć pozycje

-s nast. fasta
Plik sekwencji do przeskanowania w celu określenia liczby merów

-n # oblicz parametry, zakładając plik zawierający tyle merów

Tylko jeden z -s, -n należy określić. Jeśli podane zostaną oba, -s ma pierwszeństwo.

-B Oblicz tabele zliczania merów, biorąc pod uwagę plik sekwencji (-s) i wiele parametrów. Przez
domyślnie przetwarzane są obie nici.

-f zbuduj tylko dla pasma przedniego

-r buduj tylko dla nici odwrotnej

-C użyj kanonicznych merów (zakłada obie nici)

-L # NIE zapisuj merów, które występują rzadziej niż # razy

-U # NIE zapisuj merów, które wystąpiły więcej niż # razy

-m # wielkość meru (wymagane)

-c # kompresja homopolimeru (opcjonalnie)

-p włączyć pozycje

-s nast. fasta
sekwencja, dla której należy zbudować tabelę

-o przedrostek tbl
Prefiks tabeli wyjściowej

-v bawić użytkownika

Połączenia Meryl proces może działać w jednej dużej partii pamięci, w wielu małych partiach pamięci,
lub pod kontrolą SGE, wszystkie z użyciem lub bez użycia wielu rdzeni procesora. Domyślnie,
obliczenia są wykonywane jako jeden duży proces sekwencyjny. Działanie wielowątkowe
jest możliwe przy dodatkowym zużyciu pamięci, podobnie jak operacja segmentowana, przy dodatkowym obciążeniu
Koszt wejścia/wyjścia.

Gwintowane działanie
Podziel odliczanie na n prawie równych części. To wykorzystuje dodatek
hMB (od -P) na wątek.

-wątki n
posługiwać się n wątki do zbudowania

Segmentowane, ciągły działanie
Podziel obliczenia na części, które zmieszczą się w nie więcej niż m MB
pamięci lub na n części o jednakowej wielkości. Każdy element jest obliczany sekwencyjnie,
a na końcu wyniki są łączone. Tylko jeden z -pamięć i -segmenty is
potrzebne.

-pamięć m
używać co najwyżej m MB pamięci na segment

-segmenty n
posługiwać się n Segmenty

Segmentowane, partiami działanie
Podobnie jak w przypadku sekwencyjnego, z tą różnicą, że umożliwia ręczne wykonanie każdego segmentu
równolegle. Tylko jeden z -pamięć i -segmenty jest potrzebne. Zobacz także
PRZYKŁAD sekcję na tej stronie.

-pamięć m
używać co najwyżej m MB pamięci na segment

-segmenty n
posługiwać się n Segmenty

-wsad konfiguracyjny
utwórz partie

-liczba partii n
uruchomić numer partii n

-łączenie partii
połączyć partie

Tryb wsadowy może działać w sieci.

-sge Nazwa pracy
unikalna nazwa zadania dla tego wykonania. Meryl prześle oferty pracy z imieniem i nazwiskiem
mpNazwa pracy, ncNazwa pracy, nmNazwa pracy, w przypadku faz przygotuj, policz i połącz.

-sgebuild „opcje”

-semerge „opcje”
wszelkie dodatkowe opcje qsub(1) (np. „-str -153 -pe wątek 2 -A
merylaccount") Uwaga - -N zostanie zignorowane. Uwaga – pamiętaj o zacytowaniu
Opcje

-M Mając listę tabel, wykonaj operację matematyczną, logiczną lub progową. Chyba że
określony, wszystkie operacje zajmują dowolną liczbę baz danych. Operacje matematyczne to:

min liczba to minimalna liczba dla wszystkich baz danych. Jeśli mer NIE istnieje w
wszystkich baz danych, mer ma wartość zerową i NIE jest uwzględniany na wyjściu.

ministnieć
liczba to minimalna liczba dla wszystkich baz danych zawierających mer

max liczba to maksymalna liczba dla wszystkich baz danych

Dodaj liczba jest sumą zliczeń dla wszystkich baz danych

poniżej liczba to pierwsza minus druga (tylko binarnie)

abs liczba to wartość bezwzględna pierwszej minus druga (tylko binarnie)

Operacje logiczne to:

i wyświetla mer, jeśli istnieje we wszystkich bazach danych

Nand generuje wynik, jeśli istnieje w co najmniej jednej, ale nie we wszystkich, bazach danych

or wyprowadza mer, jeśli istnieje w co najmniej jednej bazie danych

xor wyprowadza mer, jeśli istnieje w nieparzystej liczbie baz danych

Operacje progowe to:

mniej niż x
wyprowadza mer, jeśli ma liczbę < x

mniejniżrówny x
wyprowadza mer, jeśli ma liczbę <= x

Lepszy niż x
wyprowadza mer, jeśli ma liczbę > x

większe lub równe x
wyprowadza mer, jeśli ma liczbę >= x

równy x
wyprowadza mer, jeśli ma liczbę == x

Operacje progowe działają na dokładnie jednej bazie danych.

-s przedrostek tbl
posługiwać się przedrostek tbl jako baza danych

-o przedrostek tbl
utwórz to wyjście

-v bawić użytkownika

-D Tabela zrzutów (nie wszystkie z nich działają)

-Dd Zrzuć histogram odległości między tymi samymi merami.

-Dt Zrzuć mers >= próg. Używać -n określić próg.

-Dc Policz liczbę merów, merów odrębnych i merów unikalnych.

-Dz Zrzuć (na standardowe wyjście) histogram zliczeń merów.

-s Przeczytaj stąd tabelę liczników (pomiń .mcdat lub .mcidx).

PRZYKŁAD

Partia tworzenie of a stół
Zainicjuj obliczenia za pomocą -wsad konfiguracyjny, który wymaga wszystkich opcji kompilacji. Wykonaj wszystko
-liczba partii zatem prace -łączenie partii aż do zakończenia.

Meryl -wsad konfiguracyjny -B [opcje] -o filet
Meryl -liczba partii 0 -o filet
Meryl -liczba partii 1 -o filet
...
Meryl -liczba partii N -o filet
Meryl -łączenie partii N -o filet

Korzystaj z meryl online, korzystając z usług onworks.net