mia-2dgroundtruthreg - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mia-2dgroundtruthreg - Rejestracja serii obrazów 2D

STRESZCZENIE

mia-2dgroundtruthreg -i -o -A -B -R
[opcje]

OPIS

mia-2dgroundtruthreg Program ten implementuje rejestrację nieliniową opartą na pseudo
Ground Thruth do kompensacji ruchu serii obrazów perfuzji mięśnia sercowego, zgodnie z opisem
w Chao Li i Ying Sun, „Niesztywna rejestracja MRI perfuzji mięśnia sercowego przy użyciu pseudo
Podstawowa prawda”, w Proc. Przetwarzanie obrazu medycznego i interwencja wspomagana komputerowo MICCAI
2009, 165-172, 2009. Należy zauważyć, że w przypadku tej nieliniowej korekcji ruchu poprzedzający liniowy
Zwykle wymagany jest etap rejestracji.

OPCJE

Plik-IO
-i --in-file=(wejście, wymagane); strunowy
wprowadź zestaw danych perfuzji

-o --out-file=(wyjście, wymagane); strunowy
wyjściowy zestaw danych perfuzji

-r --zarejestrowany=rej
baza nazw plików dla zarejestrowanych plików

Warunki wstępne
-s --skip=2
pomiń obrazy na początku serii pomiń obrazy na początku serii

-P --przechodzi=4
liczba karnetów rejestracyjnychliczba karnetów rejestracyjnych

Pseudo-ground-thruth
-A --alfa=(wymagane); podwójnie
przestrzenna waga kary za sąsiedztwoprzestrzenna waga kary za sąsiedztwo

-B --beta=(wymagane); podwójnie
czasowa kara za drugą pochodną wagaczasowa kara za drugą pochodną
waga

-R --rho_thresh=(wymagane); podwójnie
próg korelacji dla analizy sąsiedztwa próg korelacji dla
analiza sąsiedztwa

Rejestracja
-O --optimizer=gsl:opt=gd,krok=0.1
Optymalizator używany do minimalizacji Optymalizator używany do minimalizacji For
obsługiwane wtyczki patrz PLUGINS:minimizer/singlecost

-p --interpolator=bsplinia:d=3
Jądro interpolatora obrazu Jądro interpolatora obrazów Dla obsługiwanych wtyczek
zobacz WTYCZKI: 1d / splinekernel

-l --mr-poziomy=3
poziomy o wielu rozdzielczościach poziomy o wielu rozdzielczościach

-d --divcurl=20
waga regularyzacji divcurl waga regularyzacji dicurl

--divcurl-dzielnik=4
skalowanie wagi divcurl z każdym nowym przejściem skalowanie wagi divcurl z każdym nowym przejściem
nowe podanie

-a --start-c-rate=32
początkowa stopa współczynnika w kolcach jest dzielona przez --c-rate-divider with
każdy współczynnik współczynnika passstart w kolcach jest dzielony przez --c-rate-divider
z każdym przejściem

--c-dzielnik-rate=4
współczynnik współczynnika dzielnika dla każdego przejścia. współczynnik współczynnika współczynnika dzielnika dla każdego przejścia

-w --waga obrazu=1
waga kosztu obrazu waga kosztu obrazu

Pomoc & Informacia
-V --verbose=ostrzeżenie
gadatliwość wyjścia, komunikaty drukowane na danym poziomie i wyższych priorytetach.
Obsługiwane priorytety zaczynające się od najniższego poziomu to:
Informacje ‐ Komunikaty niskiego poziomu
wyśledzić ‐ Śledzenie wywołań funkcji
nie ‐ Zgłoś niepowodzenia testu
ostrzeżenie ‐ Ostrzeżenia
błąd ‐ Zgłoś błędy
debug ‐ Wyjście debugowania
wiadomość ‐ Normalne wiadomości
fatalny ‐ Zgłoś tylko błędy krytyczne

--prawa autorskie
drukuj informacje o prawach autorskich

-h --pomoc
wydrukuj tę pomoc

-? --stosowanie
wydrukuj krótką pomoc

--wersja
wydrukuj numer wersji i wyjdź

Przetwarzanie
--wątki=-1
Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, ta liczba powinna być mniejsza
lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w maszynie. (-1:
automatyczne oszacowanie). Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, to
liczba powinna być mniejsza lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w
maszyna. (-1: estymacja automatyczna).

WTYCZKI: 1d / splinekernel

bsplinia Tworzenie jądra B-spline, obsługiwane parametry to:

d = 3; int w [0, 5]
Stopień splajnu.

mamusie Tworzenie jądra OMoms-spline, obsługiwane parametry to:

d = 3; int w [3, 3]
Stopień splajnu.

WTYCZKI: minimalizator/pojedynczy koszt

gdaś Opadanie gradientowe z automatyczną korektą wielkości kroku. Obsługiwane parametry to:

ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli względna zmiana kryterium jest poniżej..

maksymalny krok = 2; podwójne (0, inf)
Maksymalny bezwzględny rozmiar kroku.

maksiter = 200; uint w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.

min-krok = 0.1; podwójne (0, inf)
Minimalny bezwzględny rozmiar kroku.

xtola = 0.01; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm zmiany zastosowanej do x jest poniżej tej wartości.

gdkw Opadanie gradientowe z estymacją kroku kwadratowego, obsługiwane parametry to:

ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli względna zmiana kryterium jest poniżej..

gtola = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm gradientu jest poniżej tej wartości..

maksiter = 100; uint w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.

skala = 2; podwójne (1, inf)
Naprawiono skalowanie rozmiaru kroku powrotnego.

krok = 0.1; podwójne (0, inf)
Początkowy rozmiar kroku.

xtola = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm x-update jest poniżej tej wartości.

gsl Wtyczka optymalizatora oparta na multimin optymalizatorach z Biblioteki Naukowej GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, obsługiwane parametry to:

EPS = 0.01; podwójne (0, inf)
optymalizatory oparte na gradiencie: zatrzymaj się, gdy |grad| < eps, simplex: zatrzymaj się, gdy
rozmiar simplex < eps..

powtarzać = 100; uint w [1, inf)
maksymalna liczba iteracji.

optować = gd; dyktować
Konkretny optymalizator do użycia. Obsługiwane wartości to:
bfgs - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (najwydajniejsza wersja)
cg-fr ‐ sprzężony algorytm gradientu Flechera-Reevesa
gd ‐ Zejście gradientowe.
simplex ‐ Algorytm simpleks Neldera i Meada
cg-pr - Algorytm gradientu sprzężonego Polaka-Ribiere'a

krok = 0.001; podwójne (0, inf)
początkowy rozmiar kroku.

tol = 0.1; podwójne (0, inf)
jakiś parametr tolerancji.

nlopt Algorytmy minimalizatora wykorzystujące bibliotekę NLOPT, opisujące
optymalizatory zobacz 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', obsługiwane parametry to:

ftola = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: bezwzględna zmiana wartości celu jest poniżej
tę wartość.

ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: względna zmiana wartości celu jest poniżej
tę wartość.

wyższy = inf; podwójnie
Górna granica (jednakowa dla wszystkich parametrów).

lokalna opcja = brak; dyktować
lokalny algorytm minimalizacji, który może być wymagany dla głównego
algorytm minimalizacji. Obsługiwane wartości to:
gn-orig-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna realizacja,
stronniczy lokalnie)
gn-direct-l-noskal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie stronnicze)
gn-isres ‐ Ulepszona strategia ewolucji rankingu stochastycznego
stary-tnewton ‐ Obcięty Newton
gn-direct-l-rand ‐ Dzielenie prostokątów (lokalnie stronnicze, losowe)
In-newuoa ‐ Bezpochodna nieograniczona optymalizacja metodą iteracyjną
Skonstruowane przybliżenie kwadratowe
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie)
stronniczy, randomizowany)
gn-orig-direct ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna implementacja)
ld-tnewton-warunek wstępny ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty
ld-tnewton-restart ‐ Obcięty Newton z ponownym uruchomieniem przy najbardziej stromym opadaniu
gn-bezpośredni ‐ Dzielenie prostokątów
ln-eldermead ‐ Algorytm simpleks Neldera-Meada
In-cobyla ‐ Ograniczona optymalizacja przez przybliżenie liniowe
gn-crs2-lm ‐ Kontrolowane wyszukiwanie losowe z lokalną mutacją
ld-var2 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 2
ld-var1 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 1
stary-mma ‐ Metoda przesuwania asymptot
ld-lbfgs-nocedal - Nic
ld-lbfgs ‐ Niskomagazynowe BFGS
gn-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (strona lokalna)
Żaden ‐ nie podawaj algorytmu
in-bobyqa ‐ Bezpochodna optymalizacja z ograniczeniami
ln-sbplx ‐ Subplex wariant Nelder-Mead
In-newuoa-bound ‐ Bez pochodnej Optymalizacja z ograniczeniami związanymi przez
Iteracyjnie skonstruowane przybliżenie kwadratowe
w praktyce ‐ Bezgradientowa optymalizacja lokalna za pomocą osi głównej
Metoda wykonania
gn-direct-nocal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty z
ponowne uruchomienie przy najbardziej stromym zjeździe

niższy = -inf; podwójnie
Dolna granica (równa dla wszystkich parametrów).

maksiter = 100; int w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.

optować = ld-lbfgs; dyktować
główny algorytm minimalizacji. Obsługiwane wartości to:
gn-orig-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna realizacja,
stronniczy lokalnie)
g-mlsl-lds ‐ Wielopoziomowy pojedynczy mechanizm łączący (sekwencja o małej rozbieżności,
wymagają lokalnej optymalizacji gradientu i granic)
gn-direct-l-noskal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie stronnicze)
gn-isres ‐ Ulepszona strategia ewolucji rankingu stochastycznego
stary-tnewton ‐ Obcięty Newton
gn-direct-l-rand ‐ Dzielenie prostokątów (lokalnie stronnicze, losowe)
In-newuoa ‐ Bezpochodna nieograniczona optymalizacja metodą iteracyjną
Skonstruowane przybliżenie kwadratowe
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie)
stronniczy, randomizowany)
gn-orig-direct ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna implementacja)
ld-tnewton-warunek wstępny ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty
ld-tnewton-restart ‐ Obcięty Newton z ponownym uruchomieniem przy najbardziej stromym opadaniu
gn-bezpośredni ‐ Dzielenie prostokątów
auglag-równ ‐ Rozszerzony algorytm Lagrange'a z ograniczeniami równości
tylko
ln-eldermead ‐ Algorytm simpleks Neldera-Meada
In-cobyla ‐ Ograniczona optymalizacja przez przybliżenie liniowe
gn-crs2-lm ‐ Kontrolowane wyszukiwanie losowe z lokalną mutacją
ld-var2 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 2
ld-var1 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 1
stary-mma ‐ Metoda przesuwania asymptot
ld-lbfgs-nocedal - Nic
g-mlsl ‐ Wielopoziomowy pojedynczy łącznik (wymaga lokalnej optymalizacji i
miedza)
ld-lbfgs ‐ Niskomagazynowe BFGS
gn-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (strona lokalna)
in-bobyqa ‐ Bezpochodna optymalizacja z ograniczeniami
ln-sbplx ‐ Subplex wariant Nelder-Mead
In-newuoa-bound ‐ Bez pochodnej Optymalizacja z ograniczeniami związanymi przez
Iteracyjnie skonstruowane przybliżenie kwadratowe
Auglag ‐ Rozszerzony algorytm Lagrange'a
w praktyce ‐ Bezgradientowa optymalizacja lokalna za pomocą osi głównej
Metoda wykonania
gn-direct-nocal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty z
ponowne uruchomienie przy najbardziej stromym zjeździe
ld-slsqp ‐ Sekwencyjne programowanie kwadratów metodą najmniejszych kwadratów

krok = 0; podwójne w [0, inf)
Początkowa wielkość kroku dla metod bezgradientowych.

Zatrzymaj się = -inf; podwójnie
Kryterium zatrzymania: wartość funkcji spada poniżej tej wartości.

xtola = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: bezwzględna zmiana wszystkich wartości x jest poniżej tego
wartość.

xtolr = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: względna zmiana wszystkich wartości x jest poniżej tego
wartość.

PRZYKŁAD

Zarejestruj serię perfuzji podaną przez obrazy imageXXXX.exr, używając Pseudo Ground Truth
oszacowanie. Pomiń dwa obrazy na początku i w przeciwnym razie użyj parametrów domyślnych.
Zapisz obrazy wynikowe w pliku „regXXXX.exr”.

mia-2dgroundtruthreg -i obrazXXXX.exr -o regXXXXXX.exr -k 2

Autorski)

Gerta Wollnego

PRAWA AUTORSKIE

To oprogramowanie jest objęte prawami autorskimi (c) 1999‐2015 Lipsk, Niemcy i Madryt, Hiszpania. Nadchodzi
bez ABSOLUTNIE ŻADNEJ GWARANCJI i możesz ją redystrybuować zgodnie z warunkami GNU
OGÓLNA LICENCJA PUBLICZNA W wersji 3 (lub nowszej). Aby uzyskać więcej informacji, uruchom program za pomocą
opcja '--prawa autorskie'.

Korzystaj z mia-2dgroundtruthreg online, korzystając z usług onworks.net