mia-2dmany2one-nonrigid — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

mia-2dmany2one-nonrigid - Rejestracja serii obrazów 2D

STRESZCZENIE

mia-2dmany2one-niesztywny -i -o [opcje]

OPIS

mia-2dmany2one-niesztywny Program ten rejestruje wszystkie obrazy w zbiorze kolejno numerowanym
obrazów do jednego wspólnego odniesienia zdefiniowanego przez użytkownika.

OPCJE

Plik-IO
-i --in-file=(wejście, wymagane); strunowy
wprowadź zestaw danych perfuzji

-o --out-file=(wyjście, wymagane); strunowy
nazwa pliku zarejestrowanych obrazów, numeracja i wzór są odejmowane od
dane wejściowe

Rejestracja
-O --optimizer=gsl:opt=gd,krok=0.1
Optymalizator używany do minimalizacji

-l --mg-poziomów=3
poziomy o wielu rozdzielczościach poziomy o wielu rozdzielczościach

-f --transForm=splajn
typ przekształcenia typ przekształcenia Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI:obraz 2d/przekształcenie

-r --ref=-1
ramka odniesienia (-1 == użyj obrazu w środku)ramka odniesienia (-1 == użyj
obraz w środku)

-k --pomiń=0
pomiń rejestrację tych obrazów na początku seriipomiń
rejestracja tych obrazów na początku serii

Pomoc & Informacia
-V --verbose=ostrzeżenie
gadatliwość wyjścia, komunikaty drukowane na danym poziomie i wyższych priorytetach.
Obsługiwane priorytety zaczynające się od najniższego poziomu to:
Informacje ‐ Komunikaty niskiego poziomu
wyśledzić ‐ Śledzenie wywołań funkcji
nie ‐ Zgłoś niepowodzenia testu
ostrzeżenie ‐ Ostrzeżenia
błąd ‐ Zgłoś błędy
debug ‐ Wyjście debugowania
wiadomość ‐ Normalne wiadomości
fatalny ‐ Zgłoś tylko błędy krytyczne

--prawa autorskie
drukuj informacje o prawach autorskich

-h --pomoc
wydrukuj tę pomoc

-? --stosowanie
wydrukuj krótką pomoc

--wersja
wydrukuj numer wersji i wyjdź

Przetwarzanie
--wątki=-1
Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, ta liczba powinna być mniejsza
lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w maszynie. (-1:
automatyczne oszacowanie). Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, to
liczba powinna być mniejsza lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w
maszyna. (-1: estymacja automatyczna).

WTYCZKI: 1d/splajnbc

lustro Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które odzwierciedlają granicę

(bez parametrów)

powtarzać Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które powtarzają wartość na granicy

(bez parametrów)

zero Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które zakładają zero dla wartości na zewnątrz

(bez parametrów)

WTYCZKI: 1d / splinekernel

bsplinia Tworzenie jądra B-spline, obsługiwane parametry to:

d = 3; int w [0, 5]
Stopień splajnu.

mamusie Tworzenie jądra OMoms-spline, obsługiwane parametry to:

d = 3; int w [3, 3]
Stopień splajnu.

WTYCZKI: 2dobraz/koszt

lnc lokalna znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania, obsługiwane parametry
należą:

w = 5; w [1, 256]
połowa szerokości okna służąca do oceny krzyża zlokalizowanego
korelacja.

LSD Pomiar odległości metodą najmniejszych kwadratów

(bez parametrów)

mi Wzajemne informacje oparte na Spline parzen., obsługiwane parametry to:

ciąć = 0; pływać w [0, 40]
Procent pikseli do wycięcia przy wysokiej i niskiej intensywności do usunięcia
wartości odstające.

mbina = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu używanych do ruchomego obrazu.

kernel = [bspline:d=3]; fabryka
Jądro splajnu do ruchomego histogramu parzen. Obsługiwane wtyczki
zobacz WTYCZKI: 1d / splinekernel

rbiny = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu użytych do obrazu referencyjnego.

jądro = [bspline:d=0]; fabryka
Jądro splajnu dla histogramu parzen obrazu referencyjnego. Dla obsługiwanej wtyczki
ins patrz WTYCZKI: 1d/splinekernel

Nc znormalizowana korelacja krzyżowa.

(bez parametrów)

ngf Ta funkcja ocenia podobieństwo obrazu na podstawie znormalizowanego gradientu
pola. Dostępne są różne jądra ewaluacyjne, obsługiwane parametry to:

eval = ds; dyktować
podtyp wtyczki. Obsługiwane wartości to:
sq ‐ kwadrat różnicy
ds ‐ kwadrat przeskalowanej różnicy
kropka ‐ jądro produktu skalarnego
krzyż ‐ jądro między produktami

ssd Koszt imaga 2D: suma kwadratów różnic, obsługiwane parametry to:

autothresh = 0; pływać w [0, 1000]
Użyj automatycznego maskowania ruchomego obrazu, przyjmując tylko wartości intensywności
na konta, które są większe niż podany próg.

norma = 0; głupota
Określ, czy metryka powinna być znormalizowana według liczby pikseli obrazu.

ssd-automaska
Koszt obrazu 2D: suma kwadratów różnic, z automaskowaniem na podstawie danych
progi, obsługiwane parametry to:

rthresh = 0; podwójnie
Wartość progowa intensywności dla obrazu referencyjnego.

Sthresh = 0; podwójnie
Wartość progowa intensywności dla obrazu źródłowego.

WTYCZKI: obraz 2d/cały koszt

obraz Uogólniona funkcja kosztu podobieństwa obrazu, która obsługuje również wiele rozdzielczości
przetwarzanie. Rzeczywista miara podobieństwa jest podana jako dodatkowy parametr.,
obsługiwane parametry to:

koszt = SSD; fabryka
Jądro funkcji kosztów. Aby zobaczyć obsługiwane wtyczki, zobacz WTYCZKI:2dimage/koszt

debug = 0; głupota
Zapisz pośrednie wyniki do debugowania.

ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.

src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.

waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.

obraz etykiety
Funkcja kosztu podobieństwa, która mapuje etykiety dwóch obrazów i obsługuje etykietę-
z zachowaniem przetwarzania w wielu rozdzielczościach, obsługiwane parametry to:

debug = 0; int w [0, 1]
napisz odległość przekształca się w obraz 3D.

maxlabel = 256; int w [2, 32000]
maksymalna liczba etykiet do rozważenia.

ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.

src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.

waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.

zamaskowany obraz
Uogólniona funkcja kosztu podobieństwa zamaskowanego obrazu, która obsługuje również wiele
przetwarzanie rozdzielczości. Dostarczone maski powinny być gęsto wypełnionymi obszarami w
przetwarzanie w wielu rozdzielczościach, ponieważ w przeciwnym razie informacje o masce mogą zostać utracone
podczas zmniejszania obrazu. Maska odniesienia i przekształcona maska
obrazy badania są łączone przez binarny AND. Podana jest rzeczywista miara podobieństwa
es dodatkowy parametr., obsługiwane parametry to:

koszt = SSD; fabryka
Jądro funkcji kosztów. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI:obraz 2d/koszt maskowany

ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.

ref-maska =(wejście, ciąg)
Maska obrazu odniesienia (binarna).

src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.

src-maska =(wejście, ciąg)
Badanie maski obrazu (binarnie).

waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.

WTYCZKI: obraz 2d/io

bmp Obsługa wejścia/wyjścia obrazu BMP 2D

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .BMP, .bmp

Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku

pula danych Wirtualne IO do i z wewnętrznej puli danych

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .@

dicom Obraz 2D io dla DICOM

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .DCM, .dcm

Obsługiwane typy elementów:
16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku

exr wtyczka 2dimage io dla obrazów OpenEXR

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .EXR, .exr

Obsługiwane typy elementów:
32-bitowe bez znaku, 32-bitowe zmiennoprzecinkowe

jpg wtyczka 2dimage io dla obrazów jpeg w skali szarości

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Obsługiwane typy elementów:
8 bitów bez znaku

png wtyczka 2dimage io dla obrazów png

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .PNG, .png

Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku

surowy Obsługa wyjścia obrazu RAW 2D

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .RAW, .raw

Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8-bitowy ze znakiem, 8-bitowy bez znaku, 16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku,
32-bitowy ze znakiem, 32-bitowy bez znaku, zmiennoprzecinkowy 32-bitowy, zmiennoprzecinkowy 64
bit

tif Obsługa wejścia/wyjścia obrazu TIFF 2D

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku, 32 bity bez znaku

wzroku wtyczka 2dimage io dla obrazów Vista

Rozpoznawane rozszerzenia plików: .V, .VISTA, .v, .vista

Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8-bitowy ze znakiem, 8-bitowy bez znaku, 16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku,
32-bitowy ze znakiem, 32-bitowy bez znaku, zmiennoprzecinkowy 32-bitowy, zmiennoprzecinkowy 64
bit

WTYCZKI: obraz 2d/koszt maskowania

lnc lokalna znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania, obsługiwane parametry
należą:

w = 5; w [1, 256]
połowa szerokości okna służąca do oceny krzyża zlokalizowanego
korelacja.

mi Wzajemne informacje oparte na parzen splajnowych z maskowaniem. Obsługiwane parametry to:

ciąć = 0; pływać w [0, 40]
Procent pikseli do wycięcia przy wysokiej i niskiej intensywności do usunięcia
wartości odstające.

mbina = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu używanych do ruchomego obrazu.

kernel = [bspline:d=3]; fabryka
Jądro splajnu do ruchomego histogramu parzen. Obsługiwane wtyczki
zobacz WTYCZKI: 1d / splinekernel

rbiny = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu użytych do obrazu referencyjnego.

jądro = [bspline:d=0]; fabryka
Jądro splajnu dla histogramu parzen obrazu referencyjnego. Dla obsługiwanej wtyczki
ins patrz WTYCZKI: 1d/splinekernel

Nc znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania.

(bez parametrów)

ssd Suma kwadratów różnic z maskowaniem.

(bez parametrów)

WTYCZKI: obraz 2d/transformacja

afiniczny Transformacja afiniczna (sześć stopni swobody). Obsługiwane parametry to:

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

sztywny Transformacje sztywne (tj. obrót i translacja, trzy stopnie
swobody), obsługiwane parametry to:

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

centrum zgnilizny = [[0,0]]; 2dfwektor
Względny środek obrotu, tj. <0.5,0.5> odpowiada środkowi
prostokąt wsparcia.

rotacja Transformacje rotacyjne (tj. obrót wokół danego środka, jeden stopień
swobody), obsługiwane parametry to:

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

centrum zgnilizny = [[0,0]]; 2dfwektor
Względny środek obrotu, tj. <0.5,0.5> odpowiada środkowi
prostokąt wsparcia.

klin Przekształcenie swobodne, które można opisać zbiorem współczynników B-splajn
i bazowego jądra B-spline., obsługiwane parametry to:

anizorat = [[0,0]]; 2dfwektor
współczynnik współczynnika anizotropowego w pikselach, wartości niedodatnie będą
nadpisany przez wartość „rate” ..

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

jądro = [bspline:d=3]; fabryka
transformacja spline kernel.. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

kara = ; fabryka
Termin kary przekształcenia. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI:2dtransform/splline kara

stawka = 10; pływać w [1, inf)
współczynnik izotropowy w pikselach.

tłumaczyć Tylko translacja (dwa stopnie swobody), obsługiwane parametry to:

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

vf Ta wtyczka implementuje transformację, która definiuje tłumaczenie dla każdego
punkt siatki określający dziedzinę transformacji., obsługiwane
parametry to:

bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel

WTYCZKI: 2dtransform/splajna kara

divcurl kara divcurl na transformację, obsługiwane parametry to:

curl = 1; pływać w [0, inf)
waga karna na curl.

div = 1; pływać w [0, inf)
waga kary za rozbieżność.

norma = 0; głupota
Ustaw na 1, jeśli kara powinna być znormalizowana w odniesieniu do obrazu
rozmiar.

waga = 1; pływać w (0, inf)
waga karnej energii.

PRZYKŁAD

Zarejestruj serię obrazów podaną przez obrazy „inputXXXX.png” jako odnośnik do obrazu 30. Pomiń dwa
obrazów na początku i wykorzystując wzajemne informacje jako funkcję kosztu, i karać
transformacja metodą divcurl o wadze 5. Wynik zapisz w pliku „registeredXXXX.png”.

mia-2dmany2one-nonrigid -i input0000.png -o zarejestrowany%04d.png -k 2 -r 30 image:cost=mi
divcurl:waga=5

Autorski)

Gerta Wollnego

PRAWA AUTORSKIE

To oprogramowanie jest objęte prawami autorskimi (c) 1999‐2015 Lipsk, Niemcy i Madryt, Hiszpania. Nadchodzi
bez ABSOLUTNIE ŻADNEJ GWARANCJI i możesz ją redystrybuować zgodnie z warunkami GNU
OGÓLNA LICENCJA PUBLICZNA W wersji 3 (lub nowszej). Aby uzyskać więcej informacji, uruchom program za pomocą
opcja '--prawa autorskie'.

Korzystaj z mia-2dmany2one-nonrigid online, korzystając z usług onworks.net