To jest polecenie mia-2dmyoica-full, które można uruchomić w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
mia-2dmyoica-full - Uruchom rejestrację serii obrazów 2D.
STRESZCZENIE
mia-2dmyoica-full -i -o [opcje]
OPIS
mia-2dmyoica-full Program ten implementuje wersję 2D kompensacji ruchu
algorytm opisany w Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ, „Automatic
Kompensacja ruchu swobodnego oddychania uzyskana za pomocą danych dotyczących perfuzji mięśnia sercowego
Niezależna Analiza Składowa”, Analiza Obrazu Medycznego, 2012,
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004. Oprogramowanie może najpierw przeprowadzić rejestrację liniową, a następnie
rejestracja nieliniowa lub tylko jedno i drugie. Ta wersja programu może obsługiwać wszystkie
rejestracje równolegle.
OPCJE
Plik-IO
-i --in-file=(wejście, wymagane); strunowy
wprowadź zestaw danych perfuzji
-o --out-file=(wyjście, wymagane); strunowy
wyjściowy zestaw danych perfuzji
-r --zarejestrowany=
Baza nazw plików dla zarejestrowanych obrazów. Typ obrazu i schemat numeracji
są pobierane z obrazów wejściowych zgodnie ze zbiorem danych wejściowych.
--save-cropped=(wyjście); strunowy
zapisz przycięty zestaw do tego pliku, pliki obrazów będą używać rdzenia nazwy
jako baza nazw plików
--save-feature=(wyjście); strunowy
zapisz obrazy funkcji segmentacji i początkową macierz miksowania ICA
--save-refs=(wyjście); strunowy
dla każdego karnetu rejestracyjnego zapisz obrazy referencyjne do plików z podanym numerem
baza nazw
--save-regs=(wyjście); strunowy
dla każdej karty rejestracyjnej zapisz zarejestrowane obrazy pośrednie
Pomoc & Informacia
-V --verbose=ostrzeżenie
gadatliwość wyjścia, komunikaty drukowane na danym poziomie i wyższych priorytetach.
Obsługiwane priorytety zaczynające się od najniższego poziomu to:
Informacje ‐ Komunikaty niskiego poziomu
wyśledzić ‐ Śledzenie wywołań funkcji
nie ‐ Zgłoś niepowodzenia testu
ostrzeżenie ‐ Ostrzeżenia
błąd ‐ Zgłoś błędy
debug ‐ Wyjście debugowania
wiadomość ‐ Normalne wiadomości
fatalny ‐ Zgłoś tylko błędy krytyczne
--prawa autorskie
drukuj informacje o prawach autorskich
-h --pomoc
wydrukuj tę pomoc
-? --stosowanie
wydrukuj krótką pomoc
--wersja
wydrukuj numer wersji i wyjdź
ICA
-C --komponenty=0
Komponenty ICA 0 = automatyczne oszacowanie Komponenty ICA 0 = automatyczne
kosztu projektu
--normalizować
znormalizowane układy scalone
--no-znacznik
nie usuwaj średniej z krzywych mieszania
-s --segscale=0
segmentuj i skaluj pole kadrowania wokół segmentu LV (0 = brak segmentacji) i
skaluj pole przycinania wokół LV (0 = brak segmentacji)
-k --pomiń=0
pomiń obrazy na początku serii np. dlatego, że są innego
modalnościpomiń obrazy na początku serii np. ponieważ tak jak one
dotyczą innych modalności
-m --max-ica-iter=400
maksymalna liczba iteracji w ICAmaksymalna liczba iteracji w ICA
-E --segmethod=funkcje
Metoda segmentacji
szczyt delta – różnica obrazów wzmocnienia pików
cechy – obrazy charakterystyczne
funkcja delta - różnica obrazów cech
-b --min-częstotliwość-oddychania=-1
minimalna średnia częstotliwość, z której można wziąć pod uwagę krzywą mieszania
oddychanie. Zdrowa częstotliwość oddychania spoczynkowego wynosi 12 na minutę. Wartość ujemna
wyłącza test. Wartość 0.0 wymusza identyfikację serii jako
uzyskana przy początkowym wstrzymaniu oddechu. Minimalna średnia częstotliwość, jaką może uzyskać krzywa mieszania
należy uznać, że wynikają one z oddychania. Zdrowa częstotliwość oddychania spoczynkowego to
12 na minutę. Wartość ujemna wyłącza test. Wartość 0.0 wymusza
serię należy zidentyfikować jako uzyskaną podczas początkowego wstrzymania oddechu.
Przetwarzanie
--wątki=-1
Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, ta liczba powinna być mniejsza
lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w maszynie. (-1:
automatyczne oszacowanie). Maksymalna liczba wątków do wykorzystania do przetwarzania, to
liczba powinna być mniejsza lub równa liczbie rdzeni procesora logicznego w
maszyna. (-1: estymacja automatyczna).
Rejestracja
-L --linear-optimizer=gsl:opt=simpleks, krok=1.0
Optymalizator używany do minimalizacji rejestracji liniowej Wartość ciągu
zostanie wykorzystany do zbudowania wtyczki. Aby zapoznać się z obsługiwanymi wtyczkami, zobacz
WTYCZKI: minimalizator/pojedynczy koszt
--linear-transform=afiniczny
transformacja liniowa, która ma zostać użyta Wartość ciągu zostanie użyta do skonstruowania a
podłącz. Obsługiwane wtyczki znajdziesz w PLUGINS:2dimage/transform
-O --optymalizator-nieliniowy=gsl:opt=gd,krok=0.1
Optymalizator stosowany w celu minimalizacji rejestracji nieliniowej. Sznurek
wartość zostanie użyta do skonstruowania wtyczki. Aby zapoznać się z obsługiwanymi wtyczkami, zobacz
WTYCZKI: minimalizator/pojedynczy koszt
-a --start-c-rate=16
początkowa stopa współczynnika w kolcach jest dzielona przez --c-rate-divider with
każdy współczynnik współczynnika pass.start w kolcach jest dzielony przez
--c-rate-divider przy każdym przebiegu.
--c-dzielnik-rate=2
Skuteczny dzielnik szybkości dla każdego przebiegu. Skuteczny dzielnik szybkości dla każdego przebiegu.
-d --start-divcurl=10000
Rozpocznij wagę divcurl, jest ona dzielona przez --divcurl-divider z każdym
pass.Waga początku divcurl jest dzielona przez --divcurl-divider z każdym
przechodzić.
--divcurl-dzielnik=2
Skalowanie wagi Divcurl przy każdym nowym przejściu.Skalowanie wagi Divcurl przy każdym kolejnym
nowa przepustka.
-R --referencja=-1
Globalne odniesienie, do którego powinien być wyrównany cały obraz. Jeśli jest ustawiony na wartość nieujemną
wartość, obrazy zostaną dopasowane do tych odniesień i przyciętego wyniku
data obrazu zostanie wstrzyknięta do oryginalnych obrazów. Jeśli chcesz, wyjdź o -1
nie obchodzi mnie to. W tym przypadku wszystkie obrazy zostaną zarejestrowane w średniej pozycji
ruchGlobalne odniesienie, do którego powinien być dostosowany cały obraz. Jeśli ustawione na
wartość nieujemną, obrazy zostaną dopasowane do tych odniesień, a
data przyciętego obrazu wyjściowego zostanie wstrzyknięta do oryginalnych obrazów. Wyjechać
przy -1, jeśli cię to nie obchodzi. W tym przypadku wszystkie obrazy zostaną zarejestrowane w pliku a
średnia pozycja ruchu
-w --imagecost=obraz:waga=1, koszt=ssd
koszt obrazu, nie podawaj parametrów src i ref, zostaną one ustawione przez
program. Wartość ciągu zostanie wykorzystana do skonstruowania wtyczki. Dla
obsługiwane wtyczki zobacz WTYCZKI:2dimage/fullcost
-l --mg-poziomów=3
poziomy o wielu rozdzielczościach poziomy o wielu rozdzielczościach
-p --linear-passes=3
liniowe karnety rejestracyjne (0 do wyłączenia)liniowe karnety rejestracyjne (0 do
wyłączyć)
-P --przejścia nieliniowe=3
nieliniowe karnety rejestracyjne (0 aby wyłączyć)nieliniowe karnety rejestracyjne
(0, aby wyłączyć)
WTYCZKI: 1d/splajnbc
lustro Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które odzwierciedlają granicę
(bez parametrów)
powtarzać Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które powtarzają wartość na granicy
(bez parametrów)
zero Warunki brzegowe interpolacji splajnu, które zakładają zero dla wartości na zewnątrz
(bez parametrów)
WTYCZKI: 1d / splinekernel
bsplinia Tworzenie jądra B-spline, obsługiwane parametry to:
d = 3; int w [0, 5]
Stopień splajnu.
mamusie Tworzenie jądra OMoms-spline, obsługiwane parametry to:
d = 3; int w [3, 3]
Stopień splajnu.
WTYCZKI: 2dobraz/koszt
lnc lokalna znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania, obsługiwane parametry
należą:
w = 5; w [1, 256]
połowa szerokości okna służąca do oceny krzyża zlokalizowanego
korelacja.
LSD Pomiar odległości metodą najmniejszych kwadratów
(bez parametrów)
mi Wzajemne informacje oparte na Spline parzen., obsługiwane parametry to:
ciąć = 0; pływać w [0, 40]
Procent pikseli do wycięcia przy wysokiej i niskiej intensywności do usunięcia
wartości odstające.
mbina = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu używanych do ruchomego obrazu.
kernel = [bspline:d=3]; fabryka
Jądro splajnu do ruchomego histogramu parzen. Obsługiwane wtyczki
zobacz WTYCZKI: 1d / splinekernel
rbiny = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu użytych do obrazu referencyjnego.
jądro = [bspline:d=0]; fabryka
Jądro splajnu dla histogramu parzen obrazu referencyjnego. Dla obsługiwanej wtyczki
ins patrz WTYCZKI: 1d/splinekernel
Nc znormalizowana korelacja krzyżowa.
(bez parametrów)
ngf Ta funkcja ocenia podobieństwo obrazu na podstawie znormalizowanego gradientu
pola. Dostępne są różne jądra ewaluacyjne, obsługiwane parametry to:
eval = ds; dyktować
podtyp wtyczki. Obsługiwane wartości to:
sq ‐ kwadrat różnicy
ds ‐ kwadrat przeskalowanej różnicy
kropka ‐ jądro produktu skalarnego
krzyż ‐ jądro między produktami
ssd Koszt imaga 2D: suma kwadratów różnic, obsługiwane parametry to:
autothresh = 0; pływać w [0, 1000]
Użyj automatycznego maskowania ruchomego obrazu, przyjmując tylko wartości intensywności
na konta, które są większe niż podany próg.
norma = 0; głupota
Określ, czy metryka powinna być znormalizowana według liczby pikseli obrazu.
ssd-automaska
Koszt obrazu 2D: suma kwadratów różnic, z automaskowaniem na podstawie danych
progi, obsługiwane parametry to:
rthresh = 0; podwójnie
Wartość progowa intensywności dla obrazu referencyjnego.
Sthresh = 0; podwójnie
Wartość progowa intensywności dla obrazu źródłowego.
WTYCZKI: obraz 2d/cały koszt
obraz Uogólniona funkcja kosztu podobieństwa obrazu, która obsługuje również wiele rozdzielczości
przetwarzanie. Rzeczywista miara podobieństwa jest podana jako dodatkowy parametr.,
obsługiwane parametry to:
koszt = SSD; fabryka
Jądro funkcji kosztów. Aby zobaczyć obsługiwane wtyczki, zobacz WTYCZKI:2dimage/koszt
debug = 0; głupota
Zapisz pośrednie wyniki do debugowania.
ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.
src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.
waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.
obraz etykiety
Funkcja kosztu podobieństwa, która mapuje etykiety dwóch obrazów i obsługuje etykietę-
z zachowaniem przetwarzania w wielu rozdzielczościach, obsługiwane parametry to:
debug = 0; int w [0, 1]
napisz odległość przekształca się w obraz 3D.
maxlabel = 256; int w [2, 32000]
maksymalna liczba etykiet do rozważenia.
ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.
src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.
waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.
zamaskowany obraz
Uogólniona funkcja kosztu podobieństwa zamaskowanego obrazu, która obsługuje również wiele
przetwarzanie rozdzielczości. Dostarczone maski powinny być gęsto wypełnionymi obszarami w
przetwarzanie w wielu rozdzielczościach, ponieważ w przeciwnym razie informacje o masce mogą zostać utracone
podczas zmniejszania obrazu. Maska odniesienia i przekształcona maska
obrazy badania są łączone przez binarny AND. Podana jest rzeczywista miara podobieństwa
es dodatkowy parametr., obsługiwane parametry to:
koszt = SSD; fabryka
Jądro funkcji kosztów. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI:obraz 2d/koszt maskowany
ref =(wejście, ciąg)
Obraz referencyjny.
ref-maska =(wejście, ciąg)
Maska obrazu odniesienia (binarna).
src =(wejście, ciąg)
Badanie obrazu.
src-maska =(wejście, ciąg)
Badanie maski obrazu (binarnie).
waga = 1; pływak
waga funkcji kosztu.
WTYCZKI: obraz 2d/io
bmp Obsługa wejścia/wyjścia obrazu BMP 2D
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .BMP, .bmp
Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku
pula danych Wirtualne IO do i z wewnętrznej puli danych
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .@
dicom Obraz 2D io dla DICOM
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .DCM, .dcm
Obsługiwane typy elementów:
16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku
exr wtyczka 2dimage io dla obrazów OpenEXR
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .EXR, .exr
Obsługiwane typy elementów:
32-bitowe bez znaku, 32-bitowe zmiennoprzecinkowe
jpg wtyczka 2dimage io dla obrazów jpeg w skali szarości
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg
Obsługiwane typy elementów:
8 bitów bez znaku
png wtyczka 2dimage io dla obrazów png
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .PNG, .png
Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku
surowy Obsługa wyjścia obrazu RAW 2D
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .RAW, .raw
Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8-bitowy ze znakiem, 8-bitowy bez znaku, 16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku,
32-bitowy ze znakiem, 32-bitowy bez znaku, zmiennoprzecinkowy 32-bitowy, zmiennoprzecinkowy 64
bit
tif Obsługa wejścia/wyjścia obrazu TIFF 2D
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .TIF, .TIFF, .tif, .tiff
Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8 bitów bez znaku, 16 bitów bez znaku, 32 bity bez znaku
wzroku wtyczka 2dimage io dla obrazów Vista
Rozpoznawane rozszerzenia plików: .V, .VISTA, .v, .vista
Obsługiwane typy elementów:
dane binarne, 8-bitowy ze znakiem, 8-bitowy bez znaku, 16-bitowy ze znakiem, 16-bitowy bez znaku,
32-bitowy ze znakiem, 32-bitowy bez znaku, zmiennoprzecinkowy 32-bitowy, zmiennoprzecinkowy 64
bit
WTYCZKI: obraz 2d/koszt maskowania
lnc lokalna znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania, obsługiwane parametry
należą:
w = 5; w [1, 256]
połowa szerokości okna służąca do oceny krzyża zlokalizowanego
korelacja.
mi Wzajemne informacje oparte na parzen splajnowych z maskowaniem. Obsługiwane parametry to:
ciąć = 0; pływać w [0, 40]
Procent pikseli do wycięcia przy wysokiej i niskiej intensywności do usunięcia
wartości odstające.
mbina = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu używanych do ruchomego obrazu.
kernel = [bspline:d=3]; fabryka
Jądro splajnu do ruchomego histogramu parzen. Obsługiwane wtyczki
zobacz WTYCZKI: 1d / splinekernel
rbiny = 64; w [1, 256]
Liczba pojemników histogramu użytych do obrazu referencyjnego.
jądro = [bspline:d=0]; fabryka
Jądro splajnu dla histogramu parzen obrazu referencyjnego. Dla obsługiwanej wtyczki
ins patrz WTYCZKI: 1d/splinekernel
Nc znormalizowana korelacja krzyżowa z obsługą maskowania.
(bez parametrów)
ssd Suma kwadratów różnic z maskowaniem.
(bez parametrów)
WTYCZKI: obraz 2d/transformacja
afiniczny Transformacja afiniczna (sześć stopni swobody). Obsługiwane parametry to:
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
sztywny Transformacje sztywne (tj. obrót i translacja, trzy stopnie
swobody), obsługiwane parametry to:
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
centrum zgnilizny = [[0,0]]; 2dfwektor
Względny środek obrotu, tj. <0.5,0.5> odpowiada środkowi
prostokąt wsparcia.
rotacja Transformacje rotacyjne (tj. obrót wokół danego środka, jeden stopień
swobody), obsługiwane parametry to:
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
centrum zgnilizny = [[0,0]]; 2dfwektor
Względny środek obrotu, tj. <0.5,0.5> odpowiada środkowi
prostokąt wsparcia.
klin Przekształcenie swobodne, które można opisać zbiorem współczynników B-splajn
i bazowego jądra B-spline., obsługiwane parametry to:
anizorat = [[0,0]]; 2dfwektor
współczynnik współczynnika anizotropowego w pikselach, wartości niedodatnie będą
nadpisany przez wartość „rate” ..
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
jądro = [bspline:d=3]; fabryka
transformacja spline kernel.. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
kara = ; fabryka
Termin kary przekształcenia. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI:2dtransform/splline kara
stawka = 10; pływać w [1, inf)
współczynnik izotropowy w pikselach.
tłumaczyć Tylko translacja (dwa stopnie swobody), obsługiwane parametry to:
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
vf Ta wtyczka implementuje transformację, która definiuje tłumaczenie dla każdego
punkt siatki określający dziedzinę transformacji., obsługiwane
parametry to:
bezgraniczna = lustro; fabryka
warunki brzegowe interpolacji obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1d/splinebc
imgkernel = [bspline:d=3]; fabryka
jądro interpolatora obrazu. Obsługiwane wtyczki patrz
WTYCZKI: 1 d / splinekernel
WTYCZKI: 2dtransform/splajna kara
divcurl kara divcurl na transformację, obsługiwane parametry to:
curl = 1; pływać w [0, inf)
waga karna na curl.
div = 1; pływać w [0, inf)
waga kary za rozbieżność.
norma = 0; głupota
Ustaw na 1, jeśli kara powinna być znormalizowana w odniesieniu do obrazu
rozmiar.
waga = 1; pływać w (0, inf)
waga karnej energii.
WTYCZKI: minimalizator/pojedynczy koszt
gdaś Opadanie gradientowe z automatyczną korektą wielkości kroku. Obsługiwane parametry to:
ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli względna zmiana kryterium jest poniżej..
maksymalny krok = 2; podwójne (0, inf)
Maksymalny bezwzględny rozmiar kroku.
maksiter = 200; uint w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.
min-krok = 0.1; podwójne (0, inf)
Minimalny bezwzględny rozmiar kroku.
xtola = 0.01; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm zmiany zastosowanej do x jest poniżej tej wartości.
gdkw Opadanie gradientowe z estymacją kroku kwadratowego, obsługiwane parametry to:
ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli względna zmiana kryterium jest poniżej..
gtola = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm gradientu jest poniżej tej wartości..
maksiter = 100; uint w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.
skala = 2; podwójne (1, inf)
Naprawiono skalowanie rozmiaru kroku powrotnego.
krok = 0.1; podwójne (0, inf)
Początkowy rozmiar kroku.
xtola = 0; podwójne w [0, inf)
Zatrzymaj się, jeśli inf-norm x-update jest poniżej tej wartości.
gsl Wtyczka optymalizatora oparta na multimin optymalizatorach z Biblioteki Naukowej GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, obsługiwane parametry to:
EPS = 0.01; podwójne (0, inf)
optymalizatory oparte na gradiencie: zatrzymaj się, gdy |grad| < eps, simplex: zatrzymaj się, gdy
rozmiar simplex < eps..
powtarzać = 100; uint w [1, inf)
maksymalna liczba iteracji.
optować = gd; dyktować
Konkretny optymalizator do użycia. Obsługiwane wartości to:
bfgs - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (najwydajniejsza wersja)
cg-fr ‐ sprzężony algorytm gradientu Flechera-Reevesa
gd ‐ Zejście gradientowe.
simplex ‐ Algorytm simpleks Neldera i Meada
cg-pr - Algorytm gradientu sprzężonego Polaka-Ribiere'a
krok = 0.001; podwójne (0, inf)
początkowy rozmiar kroku.
tol = 0.1; podwójne (0, inf)
jakiś parametr tolerancji.
nlopt Algorytmy minimalizatora wykorzystujące bibliotekę NLOPT, opisujące
optymalizatory zobacz 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', obsługiwane parametry to:
ftola = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: bezwzględna zmiana wartości celu jest poniżej
tę wartość.
ftolr = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: względna zmiana wartości celu jest poniżej
tę wartość.
wyższy = inf; podwójnie
Górna granica (jednakowa dla wszystkich parametrów).
lokalna opcja = brak; dyktować
lokalny algorytm minimalizacji, który może być wymagany dla głównego
algorytm minimalizacji. Obsługiwane wartości to:
gn-orig-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna realizacja,
stronniczy lokalnie)
gn-direct-l-noskal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie stronnicze)
gn-isres ‐ Ulepszona strategia ewolucji rankingu stochastycznego
stary-tnewton ‐ Obcięty Newton
gn-direct-l-rand ‐ Dzielenie prostokątów (lokalnie stronnicze, losowe)
In-newuoa ‐ Bezpochodna nieograniczona optymalizacja metodą iteracyjną
Skonstruowane przybliżenie kwadratowe
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie)
stronniczy, randomizowany)
gn-orig-direct ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna implementacja)
ld-tnewton-warunek wstępny ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty
ld-tnewton-restart ‐ Obcięty Newton z ponownym uruchomieniem przy najbardziej stromym opadaniu
gn-bezpośredni ‐ Dzielenie prostokątów
ln-eldermead ‐ Algorytm simpleks Neldera-Meada
In-cobyla ‐ Ograniczona optymalizacja przez przybliżenie liniowe
gn-crs2-lm ‐ Kontrolowane wyszukiwanie losowe z lokalną mutacją
ld-var2 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 2
ld-var1 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 1
stary-mma ‐ Metoda przesuwania asymptot
ld-lbfgs-nocedal - Nic
ld-lbfgs ‐ Niskomagazynowe BFGS
gn-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (strona lokalna)
Żaden ‐ nie podawaj algorytmu
in-bobyqa ‐ Bezpochodna optymalizacja z ograniczeniami
ln-sbplx ‐ Subplex wariant Nelder-Mead
In-newuoa-bound ‐ Bez pochodnej Optymalizacja z ograniczeniami związanymi przez
Iteracyjnie skonstruowane przybliżenie kwadratowe
w praktyce ‐ Bezgradientowa optymalizacja lokalna za pomocą osi głównej
Metoda wykonania
gn-direct-nocal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty z
ponowne uruchomienie przy najbardziej stromym zjeździe
niższy = -inf; podwójnie
Dolna granica (równa dla wszystkich parametrów).
maksiter = 100; int w [1, inf)
Kryterium zatrzymania: maksymalna liczba iteracji.
optować = ld-lbfgs; dyktować
główny algorytm minimalizacji. Obsługiwane wartości to:
gn-orig-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna realizacja,
stronniczy lokalnie)
g-mlsl-lds ‐ Wielopoziomowy pojedynczy mechanizm łączący (sekwencja o małej rozbieżności,
wymagają lokalnej optymalizacji gradientu i granic)
gn-direct-l-noskal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie stronnicze)
gn-isres ‐ Ulepszona strategia ewolucji rankingu stochastycznego
stary-tnewton ‐ Obcięty Newton
gn-direct-l-rand ‐ Dzielenie prostokątów (lokalnie stronnicze, losowe)
In-newuoa ‐ Bezpochodna nieograniczona optymalizacja metodą iteracyjną
Skonstruowane przybliżenie kwadratowe
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane, lokalnie)
stronniczy, randomizowany)
gn-orig-direct ‐ Dzielenie prostokątów (oryginalna implementacja)
ld-tnewton-warunek wstępny ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty
ld-tnewton-restart ‐ Obcięty Newton z ponownym uruchomieniem przy najbardziej stromym opadaniu
gn-bezpośredni ‐ Dzielenie prostokątów
auglag-równ ‐ Rozszerzony algorytm Lagrange'a z ograniczeniami równości
tylko
ln-eldermead ‐ Algorytm simpleks Neldera-Meada
In-cobyla ‐ Ograniczona optymalizacja przez przybliżenie liniowe
gn-crs2-lm ‐ Kontrolowane wyszukiwanie losowe z lokalną mutacją
ld-var2 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 2
ld-var1 ‐ Przesunięta zmienna metryczna o ograniczonej pamięci, ranga 1
stary-mma ‐ Metoda przesuwania asymptot
ld-lbfgs-nocedal - Nic
g-mlsl ‐ Wielopoziomowy pojedynczy łącznik (wymaga lokalnej optymalizacji i
miedza)
ld-lbfgs ‐ Niskomagazynowe BFGS
gn-direct-l ‐ Dzielenie prostokątów (strona lokalna)
in-bobyqa ‐ Bezpochodna optymalizacja z ograniczeniami
ln-sbplx ‐ Subplex wariant Nelder-Mead
In-newuoa-bound ‐ Bez pochodnej Optymalizacja z ograniczeniami związanymi przez
Iteracyjnie skonstruowane przybliżenie kwadratowe
Auglag ‐ Rozszerzony algorytm Lagrange'a
w praktyce ‐ Bezgradientowa optymalizacja lokalna za pomocą osi głównej
Metoda wykonania
gn-direct-nocal ‐ Dzielenie prostokątów (nieskalowane)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Wstępnie kondycjonowany Newton ścięty z
ponowne uruchomienie przy najbardziej stromym zjeździe
ld-slsqp ‐ Sekwencyjne programowanie kwadratów metodą najmniejszych kwadratów
krok = 0; podwójne w [0, inf)
Początkowa wielkość kroku dla metod bezgradientowych.
Zatrzymaj się = -inf; podwójnie
Kryterium zatrzymania: wartość funkcji spada poniżej tej wartości.
xtola = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: bezwzględna zmiana wszystkich wartości x jest poniżej tego
wartość.
xtolr = 0; podwójne w [0, inf)
Kryterium zatrzymania: względna zmiana wszystkich wartości x jest poniżej tego
wartość.
PRZYKŁAD
Zarejestruj serię perfuzji podaną w „segment.set”, korzystając z automatycznego oszacowania ICA.
Pomiń dwa obrazy na początku i w przeciwnym razie użyj parametrów domyślnych. Przechowuj
skutkować powstaniem „registered.set”.
mia-2dmyoica-full -i segment.set -o zarejestrowany.set -k 2
Autorski)
Gerta Wollnego
PRAWA AUTORSKIE
To oprogramowanie jest objęte prawami autorskimi (c) 1999‐2015 Lipsk, Niemcy i Madryt, Hiszpania. Nadchodzi
bez ABSOLUTNIE ŻADNEJ GWARANCJI i możesz ją redystrybuować zgodnie z warunkami GNU
OGÓLNA LICENCJA PUBLICZNA W wersji 3 (lub nowszej). Aby uzyskać więcej informacji, uruchom program za pomocą
opcja '--prawa autorskie'.
Korzystaj z mia-2dmyoica-full online, korzystając z usług onworks.net