Jest to polecenie mipe2dbSTS, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu Mac OS
PROGRAM:
IMIĘ
mipe2dbSTS.pl - Generuje plik wejściowy do przesłania do dbSTS
zawarte w danych wyjściowych: sekcja STS składania dbSTS
oparty na MIPE w wersji v1.1
argumenty: * plik_mipe
* plik konfiguracyjny
* (opcjonalnie) lista identyfikatorów PCR
Plik konfiguracyjny składa się z linii zawierających klucz i wartość, oddzielonych znakiem równości ('=').
Klucz składa się z małej nazwy pliku zgłoszenia NCBI (patrz strona internetowa dbSTS), po której następuje
podkreślenie i mała litera nazwy pola w tym pliku.
W pliku konfiguracyjnym należy zdefiniować następujące pola:
tytuł_publiczny=
autorzy_wydawnictwa=
nazwa_źródła=
organizm_źródłowy=
nazwa_kont=
kont_fax=
kont_tel=
kont_e-mail=
laboratorium_kont=
kont_inst=
adres_kont=
nazwa_protokołu=
protokół_protokół=
nazwa_bufora=
bufor_bufor=
sts_pcr_profil=
Dla protocol_protocol, buffer_buffer i sts_pcr_profile potrzeba więcej wierszy (patrz przykład).
Przykładowy plik konfiguracyjny wygląda tak:
pub_title=Mapowanie genetyczne SNP z kurczaka
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal, T.; Crooijmans,RPMA; Groenen, MAM
source_name=Genomowe DNA kurczaka
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
kont_e-mail=[email chroniony]
cont_lab=Grupa Hodowli Zwierząt i Genomiki
cont_inst=Uniwersytet w Wageningen
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Holandia
protocol_name=Protokół_Aerts
protocol_protocol=Szablon: 30-60 ng
protocol_protocol=Podkład: każdy 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: każdy 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 jednostki
protocol_protocol=Głośność: 12 ul
buffer_name=Bufor_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
bufor_bufora=(NH4)2SO4: 20 mM
bufor_bufor=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (w/v)
bufor_bufora=pH: 8.8
Korzystaj z mipe2dbSTS online za pomocą usług onworks.net
