Jest to zestaw poleceń, który można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
startery - Prosta wersja startera3 do wybierania starterów PCR
STRESZCZENIE
primery -sekwencja następna [- region docelowy zasięg] [-minimalny rozmiar liczba całkowita] [-największy rozmiar liczba całkowita]
[-maxdifftm unosić się] [-wyjaśnij flagę boolean] [-liczba zwrotu liczba całkowita] -plik wyjściowy plik wyjściowy
primery -Pomoc
OPIS
primery to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Primers”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Kolejność, z której należy wybierać startery. Sekwencja musi być przedstawiona 5' -> 3'
Dodatkowy Sekcja
- region docelowy zasięg
Jeśli określono jeden lub więcej celów, para legalnych starterów musi flankować co najmniej jeden
z nich. Cel może być prostym miejscem powtórzenia sekwencji (na przykład powtórzeniem CA) lub
polimorfizm pojedynczej pary zasad. Wartość powinna być listą oddzieloną spacjami
, pary gdzie jest indeksem pierwszej podstawy Celu, oraz
jest ostatnim. Eg 50,51 wymaga starterów otaczających 2 zasady w pozycjach 50
i 51.
-minimalny rozmiar liczba całkowita
Minimalna dopuszczalna długość podkładu. Musi być większa niż 0 i mniejsza lub równa
do MAX-SIZE. Wartość domyślna: 18
-największy rozmiar liczba całkowita
Maksymalna dopuszczalna długość (w bazach) podkładu. Obecnie ten parametr nie może być
większy niż 35. Limit ten jest regulowany przez maksymalny rozmiar oligo, dla którego Primer3 jest
obowiązuje temperatura topnienia. Wartość domyślna: 27
-maxdifftm unosić się
Maksymalna dopuszczalna (bez znaku) różnica między temperaturami topnienia
startery do przodu i do tyłu. Wartość domyślna: 100.0
Wydajność Sekcja
-wyjaśnij flagę boolean
Jeśli ta flaga jest różna od 0, wypisz LEWE WYJAŚNIENIE i PRAWE WYJAŚNIENIE, które są
ma na celu dostarczenie informacji o liczbie par starterów zbadanych przez Primer3,
oraz statystyki dotyczące liczby odrzuconych z różnych powodów. Wartość domyślna: N
-liczba zwrotu liczba całkowita
Maksymalna liczba par starterów do zwrócenia. Zwrócone pary starterów są sortowane według
ich „jakość”, czyli o wartość funkcji celu (gdzie niższy
liczba wskazuje na lepszą parę starterów). Uwaga: ustawienie tego parametru na dużą
wartość zwiększy czas pracy. Wartość domyślna: 5
-plik wyjściowy plik wyjściowy
Skorzystaj z Primerse online, korzystając z usług onworks.net
