seqsorte - Online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

seqsort - Usuń niejednoznaczne, sklasyfikowane sekwencje z plików DHF.

STRESZCZENIE

sortowanie kolejne -dhfindir katalog -zachodzić na siebie liczba całkowita -dorodziny przełącznik -dojednoznaczności przełącznik
-dhfoutdir przewyższyć -plik hitów plik wyjściowy -ambigplik plik wyjściowy

sortowanie kolejne -Pomoc

OPIS

sortowanie kolejne to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Pakiet oprogramowania"). Jest to część grup poleceń „Protein:3D Structure”.

OPCJE

Wkład Sekcja
-dhfindir katalog
Ta opcja określa lokalizację plików DHF (pliki trafień na domeny) (dane wejściowe). „Domena”
plik trafień” zawiera trafienia (sekwencje) bazy danych z informacją o klasyfikacji domen,
w formacie DHF (FASTA lub EMBL-like). Trafienia są spokrewnione z SCOP lub CATH
rodziny i są znalezione z przeszukiwania bazy danych sekwencji. Pliki zawierające trafienia
pobierane przez PSIBLAST są generowane przy użyciu SEQSEARCH. Domyślna wartość: ./

Wymagane Sekcja
-zachodzić na siebie liczba całkowita
Ta opcja określa liczbę nakładających się reszt wymaganych do połączenia dwóch
trafienia. Każda rodzina jest również przetwarzana w taki sposób, że nakładające się trafienia (trafienia z identycznymi
dostępu, które pokrywają się co najmniej zdefiniowaną przez użytkownika liczbą reszt).
zastąpione trafieniem powstałym w wyniku połączenia dwóch nakładających się trafień. Domyślny
wartość: 10

-dorodziny przełącznik
Ta opcja określa zapisanie pliku rodzin domen. Jeśli ta opcja jest ustawiona na domenę
zapisano plik rodzin. Wartość domyślna: N

-dojednoznaczności przełącznik
Ta opcja określa, czy zapisać plik niejednoznaczności domeny. Jeśli jest taka opcja
set zapisywany jest plik niejednoznaczności domeny. Wartość domyślna: N

Wydajność Sekcja
-dhfoutdir przewyższyć
Ta opcja określa lokalizację plików DHF (plików trafień domeny) (wyjście). A
„plik trafień domeny” zawiera trafienia z bazy danych (sekwencje) z klasyfikacją domeny
informacje w formacie DHF (podobnym do FASTA lub EMBL). Trafienia są spokrewnione z SCOP
lub CATH i można je znaleźć w wyniku przeszukiwania bazy danych sekwencji. Pliki zawierające
trafienia odzyskane przez PSIBLAST są generowane przy użyciu SEQSEARCH. Domyślna wartość: ./

-plik hitów plik wyjściowy
Ta opcja określa nazwę pliku rodzin domen (wyjście). Rodziny domeny
plik” zawiera względne sekwencje (trafienia) dla każdego z wielu różnych SCOP lub
Rodziny CATH znalezione podczas przeszukiwania bazy danych sekwencji, np. przy użyciu SEQSEARCH
(psiblast). Plik zawiera zestawienie wyników wyszukiwania dla poszczególnych rodzin;
uwzględniono tylko te trafienia o jednoznacznym przypisaniu rodzinnym. Hity niejednoznaczne
przydział rodziny jest przypisywany jako krewny do nadrodziny lub owczarni SCOP lub CATH
zamiast tego są gromadzone w „pliku niejednoznaczności domeny”. Rodziny domen i
pliki niejednoznaczności są generowane przy użyciu SEQSORT i mają ten sam format co plik DHF
(plik trafień domeny). Wartość domyślna: fam.dhf

-ambigplik plik wyjściowy
Ta opcja określa nazwę pliku niejednoznaczności domeny (wyjście). Rodziny domeny
plik” zawiera względne sekwencje (trafienia) dla każdego z wielu różnych SCOP lub
Rodziny CATH znalezione podczas przeszukiwania bazy danych sekwencji, np. przy użyciu SEQSEARCH
(psiblast). Plik zawiera zestawienie wyników wyszukiwania dla poszczególnych rodzin;
uwzględniono tylko te trafienia o jednoznacznym przypisaniu rodzinnym. Hity niejednoznaczne
przydział rodziny jest przypisywany jako krewny do nadrodziny lub owczarni SCOP lub CATH
zamiast tego są gromadzone w „pliku niejednoznaczności domeny”. Rodziny domen i
pliki niejednoznaczności są generowane przy użyciu SEQSORT i mają ten sam format co plik DHF
(plik trafień domeny). Wartość domyślna: oth.dhf

Korzystaj z seqsorte online, korzystając z usług onworks.net