Jest to sfetch polecenia, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu darmowych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
sfetch - pobierz sekwencję z bazy danych pliku płaskiego.
STRESZCZENIE
pobierać [opcje] sekwencja
OPIS
pobierać pobiera sekwencję o nazwie sekwencja z bazy danych sekwencji.
Która baza danych jest używana jest kontrolowana przez -d oraz -D opcje lub „małe bazy danych” i
„duże bazy danych”. Lokalizacja katalogu "dużych baz danych" może być określona przez
zmienne środowiskowe, takie jak $SWDIR dla Swissprot i $GBDIR dla Genbank (patrz -D dla
pełna lista). W przypadku „małych baz danych” należy podać pełną ścieżkę do pliku. Za pomocą
domyślnie, jeśli żadna opcja nie jest określona, a nazwa wygląda jak identyfikator Swissprot
(np. ma znak _), zmienna środowiskowa $SWDIR służy do próby
pobrać sekwencję sekwencja od Swissprot.
Dostępnych jest wiele innych opcji, które umożliwiają pobieranie podsekwencji (-f, -t);
pobieranie według numeru dostępu zamiast według nazwy (-a); formatowanie wyodrębnionej sekwencji
na wiele innych formatów (-F); itp.
Jeśli baza danych została zindeksowana SSI, wyszukiwanie sekwencji będzie niezwykle wydajne;
w przeciwnym razie pobieranie może być boleśnie powolne (może być konieczne wczytanie całej bazy danych do pamięci)
znaleźć sekwencja). Indeksowanie SSI jest zalecane dla wszystkich dużych lub stałych baz danych. ten
program sindeks tworzy indeksy SSI dla dowolnego pliku sekwencji.
pobierać został pierwotnie nazwany geteq, i został przemianowany, ponieważ kolidował z programem GCG
o tej samej nazwie.
OPCJE
-a interpretator sekwencja jako numer dostępu, a nie identyfikator.
-d
Pobierz sekwencję z pliku sekwencji o nazwie . Jeśli indeks GSI
.gsi istnieje, służy do przyspieszenia pobierania.
-f
Wyodrębnij podciąg zaczynając od pozycji , zamiast od 1. Zobacz -T.
If jest większa (zgodnie z -t opcja), a następnie sekwencja
jest ekstrahowany jako jego odwrotny komplement (przyjmuje się, że jest to sekwencja kwasu nukleinowego).
-h Wydrukuj krótką pomoc; zawiera numer wersji i podsumowanie wszystkich opcji, w tym
opcje eksperckie.
-o
Skieruj wyjście do pliku o nazwie . Domyślnie dane wyjściowe trafią do
wyjście.
-r
Zmień nazwę sekwencji w wyjściu po ekstrakcji. Domyślnie
oryginalny identyfikator sekwencji zostanie zachowany. Przydatne na przykład przy pobieraniu
fragment sekwencji; do nazwy można dodać współrzędne fragmentu
(tak robi Pfam).
-t
Wyodrębnij podciąg, który kończy się na pozycji , zamiast na końcu
sekwencja. Widzieć -F. If jest mniej niż (zgodnie z -f opcja),
następnie sekwencja jest wyodrębniana jako jej odwrotne uzupełnienie (przyjmuje się, że jest to
sekwencja kwasu nukleinowego)
-D
Pobierz sekwencję z głównej bazy danych sekwencji zakodowanej . Dla litu szacuje się każdy
kod, tam is an środowisko zmienna określająca ścieżkę do katalogu do tego
Baza danych. Rozpoznawane kody i odpowiadające im zmienne środowiskowe to -Dsw
(Swissprot, $SWDIR); -Dpir (PIR, $PIRDIR); -Dem (EMBL, $EMBLDIR); -DGB (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); oraz -Dowl (SOWA, $OWLDIR). Każda baza danych jest odczytywana
w swoim natywnym formacie plików płaskich.
-F
Sformatuj wyodrębnioną sekwencję na inny format. (Domyślnie sekwencja
jest wyodrębniany z bazy danych w tym samym formacie co baza danych). Dostępne
formaty są emblować, posta, genbank, gcg, wędrowiec, zuker, tak, pira, kałamarnica, oraz surowy.
EXPERT OPCJE
--informuj
Określ, że plik sekwencji jest w formacie , zamiast domyślnego FASTA
format. Typowe przykłady to Genbank, EMBL, GCG, PIR, Sztokholm, Clustal, MSF,
lub PHYLIP; zapoznaj się z dokumentacją drukowaną, aby uzyskać pełną listę akceptowanych formatów
nazwy. Ta opcja zastępuje domyślny format (FASTA) i -B Babelfish
opcja autodetekcji.
Korzystaj z pobierania online za pomocą usług onworks.net
