To jest kod polecenia, który można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows lub emulator online MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
tcode - Identyfikuj regiony kodujące białka za pomocą statystyki Fickett TESTCODE
STRESZCZENIE
t-kod -sekwencja następna -plik danych plik danych -okno liczba całkowita -krok liczba całkowita -wątek przełącznik
-plik wyjściowy raport -wykres ksygraf
t-kod -Pomoc
OPIS
t-kod to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open Software
Zestaw"). Jest to część grupy komend "Nucleic:Ge find".
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
-plik danych plik danych
Domyślnym plikiem danych jest Etcode.dat i zawiera prawdopodobieństwa kodowania dla każdej bazy.
Prawdopodobieństwa dotyczą zarówno informacji pozycyjnych, jak i kompozycyjnych. Domyślny
wartość: Etcode.dat
Wymagane Sekcja
-okno liczba całkowita
Jest to liczba zasad nukleotydowych, powyżej której będzie znajdować się statystyka TESTCODE
wykonywane za każdym razem. Okno przesunie się następnie wzdłuż sekwencji, zakrywając to samo
liczba zasad za każdym razem. Wartość domyślna: 200
Zaawansowany Sekcja
-krok liczba całkowita
Wybrane okno domyślnie przesunie się wzdłuż sekwencji nukleotydów o trzy
baz na raz, zachowując ramkę (chociaż algorytm nie jest wrażliwy na ramkę).
Można to zmienić, aby zwiększyć lub zmniejszyć przyrost slajdu. Domyślna wartość:
3
Wydajność Sekcja
-wątek przełącznik
Po selekcji wykres sekwencji (oś X) wykreślony względem wyniku kodowania (Y
oś). Sekwencja powyżej zielonej linii koduje, że poniżej czerwonej
linia jest niekodująca. Wartość domyślna: N
-plik wyjściowy raport
-wykres ksygraf
Korzystaj z tcodee online za pomocą usług onworks.net
